EMDB-24782: in situ cryo-electron tomogram of nvj1-ko yeast lipid droplet aft...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-24782

タイトル

in situ cryo-electron tomogram of nvj1-ko yeast lipid droplet after 4-hour exposure to acute glucose restriction (AGR, 0.001% glucose media)

マップデータ

試料

細胞: lipid droplet of nvj1 yeast after 4-hour exposure to acute glucose restriction (AGR, 0.001% glucose media)

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法

データ登録者

Rogers S / Gui L / Kovalenko A / Reetz E / Nicastro D / Henne WM

資金援助

米国, 4件

Organization	Grant number	国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)	RR140082	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM119768	米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)	DK126887	米国
Welch Foundation	I-1873	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Liquid-crystalline lipid phase transitions in lipid droplets selectively remodel the LD proteome
著者: Rogers S / Gui L / Kovalenko A / Reetz E / Nicastro D / Henne WM

履歴

登録	2021年8月27日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2022年9月14日	-
マップ公開	2022年9月14日	-
更新	2022年9月14日	-
現状	2022年9月14日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_24782.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_24782.map.gz	95.1 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-24782-v30.xml emd-24782.xml	8.2 KB 8.2 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_24782.png	171.2 KB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24782 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24782	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_24782_validation.pdf.gz	572.3 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_24782_full_validation.pdf.gz	571.9 KB	表示
XML形式データ	emd_24782_validation.xml.gz	3.2 KB	表示
CIF形式データ	emd_24782_validation.cif.gz	3.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24782 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24782	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	24762C 24764C 24766C 24767C 24781C C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_24782.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 5.684 Å

密度

最小 - 最大	-47.0 - 51.0
平均 (標準偏差)	4.1463213 (±6.942746)

対称性

空間群: 1

詳細

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全体 : lipid droplet of nvj1 yeast after 4-hour exposure to acute glucos...

全体	名称: lipid droplet of nvj1 yeast after 4-hour exposure to acute glucose restriction (AGR, 0.001% glucose media)
要素	細胞: lipid droplet of nvj1 yeast after 4-hour exposure to acute glucose restriction (AGR, 0.001% glucose media)

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超分子 #1: lipid droplet of nvj1 yeast after 4-hour exposure to acute glucos...

超分子	名称: lipid droplet of nvj1 yeast after 4-hour exposure to acute glucose restriction (AGR, 0.001% glucose media) タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	電子線トモグラフィー法
試料の集合状態	cell

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試料調製

緩衝液	pH: 7
凍結	凍結剤: ETHANE
切片作成	集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 kV / 集束イオンビーム - 電流: 0.01 nA / 集束イオンビーム - 時間: 600 sec. / 集束イオンビーム - 温度: 88 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 1000 nm / 集束イオンビーム - 最終厚さ: 150 nm 集束イオンビーム - 詳細: The value given for _emd_sectioning_focused_ion_beam.instrument is FEI Aquilos. This is not in a list of allowed values {'OTHER', 'DB235'} so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.5 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終再構成	使用した粒子像数: 57

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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