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万見
- EMDB-24763: Cryo-EM map of the phage AR9 non-virion RNA polymerase holoenzyme... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24763
タイトルCryo-EM map of the phage AR9 non-virion RNA polymerase holoenzyme in complex with DNA containing the AR9 P077 promoter
マップデータCryo-EM map of bacteriophage AR9 non-virion RNA polymerase in complex with two oligonucleotides containing two P077 promoters.
試料
  • 複合体: AR9 nvRNAP promoter complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II activity / DNA-directed RNA polymerase complex / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase beta subunit / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus phage AR9 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Fraser A / Leiman PG / Sokolova ML
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural basis of template strand deoxyuridine promoter recognition by a viral RNA polymerase.
著者: Alec Fraser / Maria L Sokolova / Arina V Drobysheva / Julia V Gordeeva / Sergei Borukhov / John Jumper / Konstantin V Severinov / Petr G Leiman /
要旨: Recognition of promoters in bacterial RNA polymerases (RNAPs) is controlled by sigma subunits. The key sequence motif recognized by the sigma, the -10 promoter element, is located in the non-template ...Recognition of promoters in bacterial RNA polymerases (RNAPs) is controlled by sigma subunits. The key sequence motif recognized by the sigma, the -10 promoter element, is located in the non-template strand of the double-stranded DNA molecule ~10 nucleotides upstream of the transcription start site. Here, we explain the mechanism by which the phage AR9 non-virion RNAP (nvRNAP), a bacterial RNAP homolog, recognizes the -10 element of its deoxyuridine-containing promoter in the template strand. The AR9 sigma-like subunit, the nvRNAP enzyme core, and the template strand together form two nucleotide base-accepting pockets whose shapes dictate the requirement for the conserved deoxyuridines. A single amino acid substitution in the AR9 sigma-like subunit allows one of these pockets to accept a thymine thus expanding the promoter consensus. Our work demonstrates the extent to which viruses can evolve host-derived multisubunit enzymes to make transcription of their own genes independent of the host.
履歴
登録2021年8月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月31日-
マップ公開2022年8月31日-
更新2023年3月15日-
現状2023年3月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_24763.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24763.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map of bacteriophage AR9 non-virion RNA polymerase in complex with two oligonucleotides containing two P077 promoters.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 200 pix.
= 216. Å		1.08 Å/pix.
x 200 pix.
= 216. Å		1.08 Å/pix.
x 200 pix.
= 216. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.0
最小 - 最大-6.6733656 - 17.809258
平均 (標準偏差)5.0541194e-12 (±0.99999994)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 216.00002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_24763_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_24763_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : AR9 nvRNAP promoter complex

全体名称: AR9 nvRNAP promoter complex
要素
  • 複合体: AR9 nvRNAP promoter complex

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超分子 #1: AR9 nvRNAP promoter complex

超分子名称: AR9 nvRNAP promoter complex / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: The complex consists of the AR9 nvRNAP holoenzyme and two copies of the same oligonucleotide containing the P077 promoter. Only three bases in one of the oligonucleotides are sufficiently ...詳細: The complex consists of the AR9 nvRNAP holoenzyme and two copies of the same oligonucleotide containing the P077 promoter. Only three bases in one of the oligonucleotides are sufficiently ordered for atomic model building.
由来(天然)生物種: Bacillus phage AR9 (ファージ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 6.8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 43.68 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio reconstruction.
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 106867
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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