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万見
- EMDB-24721: Complex of AMPPNP-Kif7 and Gli2 Zinc-Finger domain bound to micro... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24721
タイトルComplex of AMPPNP-Kif7 and Gli2 Zinc-Finger domain bound to microtubules
マップデータComplex of Kif7_AMPPNP and Gli2 Zinc-finger domain bound to microtubules
試料
  • 複合体: Microtubule-bound complex of Kif7 and Gli2 zinc finger domain
    • 複合体: Kinesin Kif7
      • タンパク質・ペプチド: Kinesin-like protein KIF7
    • 複合体: Zinc-finger protein Gli2
      • タンパク質・ペプチド: Zinc finger protein GLI2
    • 複合体: Microtubules
      • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha-1A chain
      • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta chain
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードKinesin / Microtubule / Transcription factor / motor domain / MOTOR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ciliary tip / positive regulation of smoothened signaling pathway / microtubule motor activity / kinesin complex / microtubule-based movement / Hedgehog 'off' state / negative regulation of smoothened signaling pathway / ciliary basal body / Hedgehog 'on' state / cilium ...ciliary tip / positive regulation of smoothened signaling pathway / microtubule motor activity / kinesin complex / microtubule-based movement / Hedgehog 'off' state / negative regulation of smoothened signaling pathway / ciliary basal body / Hedgehog 'on' state / cilium / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / mitotic cell cycle / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule binding / microtubule / hydrolase activity / GTPase activity / GTP binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Kinesin-like protein / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. ...Kinesin-like protein / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Tubulin alpha-1A chain / Tubulin beta chain / Kinesin-like protein KIF7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Sus scrofa (ブタ)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.89 Å
データ登録者Wilson-Kubalek EM / Mani N / Haque F / Freniere C / Milligan RA / Subramanian R
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
American Cancer Society 米国
引用ジャーナル: Nat Cell Biol / 年: 2022
タイトル: Cytoskeletal regulation of a transcription factor by DNA mimicry via coiled-coil interactions.
著者: Farah Haque / Christian Freniere / Qiong Ye / Nandini Mani / Elizabeth M Wilson-Kubalek / Pei-I Ku / Ronald A Milligan / Radhika Subramanian /
要旨: A long-established strategy for transcription regulation is the tethering of transcription factors to cellular membranes. By contrast, the principal effectors of Hedgehog signalling, the GLI ...A long-established strategy for transcription regulation is the tethering of transcription factors to cellular membranes. By contrast, the principal effectors of Hedgehog signalling, the GLI transcription factors, are regulated by microtubules in the primary cilium and the cytoplasm. How GLI is tethered to microtubules remains unclear. Here, we uncover DNA mimicry by the ciliary kinesin KIF7 as a mechanism for the recruitment of GLI to microtubules, wherein the coiled-coil dimerization domain of KIF7, characterized by its striking shape, size and charge similarity to DNA, forms a complex with the DNA-binding zinc fingers in GLI, thus revealing a mode of tethering a DNA-binding protein to the cytoskeleton. GLI increases KIF7 microtubule affinity and consequently modulates the localization of both proteins to microtubules and the cilium tip. Thus, the kinesin-microtubule system is not a passive GLI tether but a regulatable platform tuned by the kinesin-transcription factor interaction. We retooled this coiled-coil-based GLI-KIF7 interaction to inhibit the nuclear and cilium localization of GLI. This strategy can potentially be exploited to downregulate erroneously activated GLI in human cancers.
履歴
登録2021年8月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月15日-
マップ公開2022年6月15日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_24721.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24721.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Complex of Kif7_AMPPNP and Gli2 Zinc-finger domain bound to microtubules
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.3 Å/pix.
x 101 pix.
= 131.3 Å		1.3 Å/pix.
x 130 pix.
= 169. Å		1.3 Å/pix.
x 121 pix.
= 157.3 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.3 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.015
最小 - 最大-0.031489246 - 0.06969108
平均 (標準偏差)0.0019961398 (±0.009818419)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ130121101
Spacing121130101
セルA: 157.29999 Å / B: 169.0 Å / C: 131.29999 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Microtubule-bound complex of Kif7 and Gli2 zinc finger domain

全体名称: Microtubule-bound complex of Kif7 and Gli2 zinc finger domain
要素
  • 複合体: Microtubule-bound complex of Kif7 and Gli2 zinc finger domain
    • 複合体: Kinesin Kif7
      • タンパク質・ペプチド: Kinesin-like protein KIF7
    • 複合体: Zinc-finger protein Gli2
      • タンパク質・ペプチド: Zinc finger protein GLI2
    • 複合体: Microtubules
      • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha-1A chain
      • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta chain
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION

+
超分子 #1: Microtubule-bound complex of Kif7 and Gli2 zinc finger domain

超分子名称: Microtubule-bound complex of Kif7 and Gli2 zinc finger domain
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4

+
超分子 #2: Kinesin Kif7

超分子名称: Kinesin Kif7 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: Zinc-finger protein Gli2

超分子名称: Zinc-finger protein Gli2 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #4: Microtubules

超分子名称: Microtubules / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)

+
分子 #1: Kinesin-like protein KIF7

分子名称: Kinesin-like protein KIF7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 59.525902 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: GMGLEAQRLP GAEEAPVRVA LRVRPLLPKE LLHGHQSCLQ VEPGLGRVTL GRDRHFGFHV VLAEDAGQEA VYQACVQPLL EAFFEGFNA TVFAYGQTGS GKTYTMGEAS VASLLEDEQG IVPRAMAEAF KLIDENDLLD CLVHVSYLEV YKEEFRDLLE V GTASRDIQ ...文字列:
GMGLEAQRLP GAEEAPVRVA LRVRPLLPKE LLHGHQSCLQ VEPGLGRVTL GRDRHFGFHV VLAEDAGQEA VYQACVQPLL EAFFEGFNA TVFAYGQTGS GKTYTMGEAS VASLLEDEQG IVPRAMAEAF KLIDENDLLD CLVHVSYLEV YKEEFRDLLE V GTASRDIQ LREDERGNVV LCGVKEVDVE GLDEVLSLLE MGNAARHTGA THLNHLSSRS HTVFTVTLEQ RGRAPSRLPR PA PGQLLVS KFHFVDLAGS ERVLKTGSTG ERLKESIQIN SSLLALGNVI SALGDPQRRG SHIPYRDSKI TRILKDSLGG NAK TVMIAC VSPSSSDFDE TLNTLNYASR AQNIRNRATV NWRPEAERPP EETASGARGP PRHRSETRII HRGRRAPGPA TASA AAAMR LGAECARYRA CTDAAYSLLR ELQAEPGLPG AAARKVRDWL CAVEGERSAL SSASGPDSGI ESASVEDQAA QGAGG RKED EGAQQLLTLQ NQVARLEEEN RDFLAALEDA MEQYKLQSDR LREQQEEMVE LRLRLELVRP

UniProtKB: Kinesin-like protein KIF7

+
分子 #2: Zinc finger protein GLI2

分子名称: Zinc finger protein GLI2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.847665 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #3: Tubulin alpha-1A chain

分子名称: Tubulin alpha-1A chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 50.121266 KDa
配列文字列: MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVDL EPTVIDEVRT GTYRQLFHP EQLITGKEDA ANNYARGHYT IGKEIIDLVL DRIRKLADQC TGLQGFSVFH SFGGGTGSGF TSLLMERLSV D YGKKSKLE ...文字列:
MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVDL EPTVIDEVRT GTYRQLFHP EQLITGKEDA ANNYARGHYT IGKEIIDLVL DRIRKLADQC TGLQGFSVFH SFGGGTGSGF TSLLMERLSV D YGKKSKLE FSIYPAPQVS TAVVEPYNSI LTTHTTLEHS DCAFMVDNEA IYDICRRNLD IERPTYTNLN RLIGQIVSSI TA SLRFDGA LNVDLTEFQT NLVPYPRAHF PLATYAPVIS AEKAYHEQLS VAEITNACFE PANQMVKCDP RHGKYMACCL LYR GDVVPK DVNAAIATIK TKRTIQFVDW CPTGFKVGIN YEPPTVVPGG DLAKVQRAVC MLSNTTAIAE AWARLDHKFD LMYA KRAFV HWYVGEGMEE GEFSEAREDM AALEKDYEEV GVDSVEGEGE EEGEEY

UniProtKB: Tubulin alpha-1A chain

+
分子 #4: Tubulin beta chain

分子名称: Tubulin beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 49.90777 KDa
配列文字列: MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGSYHGDS DLQLERINVY YNEAAGNKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDN FVFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV VRKESESCDC LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRIMNTFS ...文字列:
MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGSYHGDS DLQLERINVY YNEAAGNKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDN FVFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV VRKESESCDC LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRIMNTFS VVPSPKVSDT VVEPYNATLS VHQLVENTDE TYCIDNEALY DICFRTLKLT TPTYGDLNHL VSATMSGVTT CL RFPGQLN ADLRKLAVNM VPFPRLHFFM PGFAPLTSRG SQQYRALTVP ELTQQMFDAK NMMAACDPRH GRYLTVAAVF RGR MSMKEV DEQMLNVQNK NSSYFVEWIP NNVKTAVCDI PPRGLKMSAT FIGNSTAIQE LFKRISEQFT AMFRRKAFLH WYTG EGMDE MEFTEAESNM NDLVSEYQQY QDATADEQGE FEEEGEEDEA

UniProtKB: Tubulin beta chain

+
分子 #5: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: ANP
分子量理論値: 506.196 Da
Chemical component information

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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分子 #6: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #7: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: G2P
分子量理論値: 521.208 Da
Chemical component information

ChemComp-G2P:
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / GMPCPP / GMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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分子 #8: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 6.8
構成要素:
濃度式名称
80.0 mMC8H18N2O6S2PIPES
1.0 mMMgCl2Magnesium Chloride
2.0 mMEGTA
1.0 mMAMPPNP
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 280 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Blotted from behind the grid for 2 seconds.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 0-40 / 平均露光時間: 9.0 sec. / 平均電子線量: 36.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

詳細The images were corrected by motionCorr2
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 8.956 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -25.747 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.89 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIX / 使用した粒子像数: 25730
Segment selection選択した数: 50639
詳細: Segments were picked along helical segments manually using Appion
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

3j6e

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

3j6e

chain_id: B, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6mlr

chain_id: C, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

2gli

chain_id: G, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 150 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-7rx0:
Complex of AMPPNP-Kif7 and Gli2 Zinc-Finger domain bound to microtubules

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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