+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24690 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of monomeric TTYH2 | |||||||||
マップデータ | Monomeric TTYH2 | |||||||||
試料 |
| |||||||||
機能・相同性 | volume-sensitive chloride channel activity / Tweety / Tweety / intracellularly calcium-gated chloride channel activity / Stimuli-sensing channels / chloride channel complex / 生体膜 / 細胞膜 / Protein tweety homolog 2 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.96 Å | |||||||||
データ登録者 | Li B / Brohawn SG / Hoel CM | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Structures of tweety homolog proteins TTYH2 and TTYH3 reveal a Ca-dependent switch from intra- to intermembrane dimerization. 著者: Baobin Li / Christopher M Hoel / Stephen G Brohawn / 要旨: Tweety homologs (TTYHs) comprise a conserved family of transmembrane proteins found in eukaryotes with three members (TTYH1-3) in vertebrates. They are widely expressed in mammals including at high ...Tweety homologs (TTYHs) comprise a conserved family of transmembrane proteins found in eukaryotes with three members (TTYH1-3) in vertebrates. They are widely expressed in mammals including at high levels in the nervous system and have been implicated in cancers and other diseases including epilepsy, chronic pain, and viral infections. TTYHs have been reported to form Ca- and cell volume-regulated anion channels structurally distinct from any characterized protein family with potential roles in cell adhesion, migration, and developmental signaling. To provide insight into TTYH family structure and function, we determined cryo-EM structures of Mus musculus TTYH2 and TTYH3 in lipid nanodiscs. TTYH2 and TTYH3 adopt a previously unobserved fold which includes an extended extracellular domain with a partially solvent exposed pocket that may be an interaction site for hydrophobic molecules. In the presence of Ca, TTYH2 and TTYH3 form homomeric cis-dimers bridged by extracellularly coordinated Ca. Strikingly, in the absence of Ca, TTYH2 forms trans-dimers that span opposing membranes across a ~130 Å intermembrane space as well as a monomeric state. All TTYH structures lack ion conducting pathways and we do not observe TTYH2-dependent channel activity in cells. We conclude TTYHs are not pore forming subunits of anion channels and their function may involve Ca-dependent changes in quaternary structure, interactions with hydrophobic molecules near the extracellular membrane surface, and/or association with additional protein partners. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24690.map.gz | 16.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-24690-v30.xml emd-24690.xml | 11.2 KB 11.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_24690.png | 28.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24690 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24690 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7rtvMC 7rttC 7rtuC 7rtwC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10843 (タイトル: Cryo-EM structures of TTYH2 in the abscence of calcium Data size: 4.8 TB Data #1: Unaligned multi-frame micrographs of ttyh2 without calcium - transdimer [micrographs - multiframe] Data #2: Unaligned multi-frame micrographs of ttyh2 without calcium - monomer [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24690.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 18.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Monomeric TTYH2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.699 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : TTYH2
全体 | 名称: TTYH2 |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: TTYH2
超分子 | 名称: TTYH2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
組換発現 | 生物種: Mammalia (哺乳類) |
-分子 #1: Protein tweety homolog 2
分子 | 名称: Protein tweety homolog 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 59.941434 KDa |
組換発現 | 生物種: Mammalia (哺乳類) |
配列 | 文字列: PAARVEYIAP WWVVWLHSVP HLGLRLQRVD STFSPGDETY QESLLFLGVL AAIGLGLNLI FLTVYLVCTC CCRRDHTVQT KQQESCCVT WTAVVAGLLC CAAVGVGFYG NSETNDGMHQ LIYSLDNANH TFSGMDELVS ANTQRMKVDL EQHLARLSEI I AARGDYIQ ...文字列: PAARVEYIAP WWVVWLHSVP HLGLRLQRVD STFSPGDETY QESLLFLGVL AAIGLGLNLI FLTVYLVCTC CCRRDHTVQT KQQESCCVT WTAVVAGLLC CAAVGVGFYG NSETNDGMHQ LIYSLDNANH TFSGMDELVS ANTQRMKVDL EQHLARLSEI I AARGDYIQ TLKFMQQMAG NVVSQLSGLP VWREVTTQLT KLSHQTAYVE YYRWLSYLLL FILDLVICLV TCLGLARRSK CL LASMLCC GILTLILSWA SLAADAAAAV GTSDFCMAPD IYILNNTGSQ INSEVTRYYL HCSQSLISPF QQSLTTFQRS LTT MQIQVG GLLQFAVPLF PTAEKDLLGI QLLLNNSEIS LHQLTAMLDC RGLHKDYLDA LTGICYDGIE GLLFLGLFSL LAAL AFSTL TCAGPRAWKY FINRDRDYDD IDDDDPFNPQ ARRIAAHNPT RGQLHSFCSY SSGLGSQCSL QPPSQTISNA PVSEY MNQA ILFGGNPRYE NVPLIGRGSP PPTYSPSMRP TYMSVADEHL RHYEFPSSNS LEVLFQ |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.1 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 20 mM Tris pH 8.0, 150 mM NaCl, 5 mM EDTA |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
詳細 | This sample was monodisperse |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI ARCTICA |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1.13) |
---|---|
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0) |
最終 3次元分類 | ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0) |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0) |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 186697 |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
---|---|
得られたモデル | PDB-7rtv: |