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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24679 | |||||||||
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タイトル | SARS-CoV-2 S/S2M11/SNAP1 Local Refinement | |||||||||
マップデータ | SARS-CoV-2 S/S2M11/SNAP1 Local Refinement unsharpened map | |||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Dang HV / Veesler D | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Angew Chem Int Ed Engl / 年: 2021 タイトル: Discovery and Characterization of Spike N-Terminal Domain-Binding Aptamers for Rapid SARS-CoV-2 Detection. 著者: Nataly Kacherovsky / Lucy F Yang / Ha V Dang / Emmeline L Cheng / Ian I Cardle / Alexandra C Walls / Matthew McCallum / Drew L Sellers / Frank DiMaio / Stephen J Salipante / Davide Corti / ...著者: Nataly Kacherovsky / Lucy F Yang / Ha V Dang / Emmeline L Cheng / Ian I Cardle / Alexandra C Walls / Matthew McCallum / Drew L Sellers / Frank DiMaio / Stephen J Salipante / Davide Corti / David Veesler / Suzie H Pun / 要旨: The coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic has devastated families and disrupted healthcare, economies and societies across the globe. Molecular recognition agents that are specific for ...The coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic has devastated families and disrupted healthcare, economies and societies across the globe. Molecular recognition agents that are specific for distinct viral proteins are critical components for rapid diagnostics and targeted therapeutics. In this work, we demonstrate the selection of novel DNA aptamers that bind to the SARS-CoV-2 spike glycoprotein with high specificity and affinity (<80 nM). Through binding assays and high resolution cryo-EM, we demonstrate that SNAP1 (SARS-CoV-2 spike protein N-terminal domain-binding aptamer 1) binds to the S N-terminal domain. We applied SNAP1 in lateral flow assays (LFAs) and ELISAs to detect UV-inactivated SARS-CoV-2 at concentrations as low as 5×10 copies mL . SNAP1 is therefore a promising molecular tool for SARS-CoV-2 diagnostics. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24679.map.gz | 122.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-24679-v30.xml emd-24679.xml | 16 KB 16 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_24679.png | 60.7 KB | ||
マスクデータ | emd_24679_msk_1.map | 244.1 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_24679_additional_1.map.gz emd_24679_half_map_1.map.gz emd_24679_half_map_2.map.gz | 618.8 KB 226.4 MB 226.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24679 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24679 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_24679_validation.pdf.gz | 981.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_24679_full_validation.pdf.gz | 981 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_24679_validation.xml.gz | 16 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_24679_validation.cif.gz | 19 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24679 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24679 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24679.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | SARS-CoV-2 S/S2M11/SNAP1 Local Refinement unsharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.16 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_24679_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: SARS-CoV-2 S/S2M11/SNAP1 Local Refinement locally-filtered map
ファイル | emd_24679_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | SARS-CoV-2 S/S2M11/SNAP1 Local Refinement locally-filtered map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: SARS-CoV-2 S/S2M11/SNAP1 Local Refinement half map 1
ファイル | emd_24679_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | SARS-CoV-2 S/S2M11/SNAP1 Local Refinement half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: SARS-CoV-2 S/S2M11/SNAP1 Local Refinement half map 2
ファイル | emd_24679_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | SARS-CoV-2 S/S2M11/SNAP1 Local Refinement half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : SARS-CoV-2 S in complex with S2M11 Fab and DNA aptamer SNAP1
全体 | 名称: SARS-CoV-2 S in complex with S2M11 Fab and DNA aptamer SNAP1 |
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要素 |
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-超分子 #1: SARS-CoV-2 S in complex with S2M11 Fab and DNA aptamer SNAP1
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 S in complex with S2M11 Fab and DNA aptamer SNAP1 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 142 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.3 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
詳細: TBS pH 8.0, 25mM Tris-HCl, 150mM NaCl and 0.1% octyl-glucoside | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 55369 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |