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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24652 | |||||||||
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タイトル | Structure of ribosomal complex bound with Rbg1/Tma46 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribosomal subunit / positive regulation of translational termination / positive regulation of translational elongation / pre-mRNA 5'-splice site binding / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits ...ribosomal subunit / positive regulation of translational termination / positive regulation of translational elongation / pre-mRNA 5'-splice site binding / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / protein-RNA complex assembly / translation elongation factor activity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translation initiation factor activity / maturation of LSU-rRNA / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / positive regulation of apoptotic signaling pathway / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA / macroautophagy / modification-dependent protein catabolic process / rRNA processing / protein tag activity / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / ribosome binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / translation / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Baker's yeast (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.23 Å | |||||||||
データ登録者 | Zeng F / Li X / Pires-Alves M / Chen X / Hawk CW / Jin H | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021 タイトル: Conserved heterodimeric GTPase Rbg1/Tma46 promotes efficient translation in eukaryotic cells. 著者: Fuxing Zeng / Xin Li / Melissa Pires-Alves / Xin Chen / Christopher W Hawk / Hong Jin / 要旨: Conserved developmentally regulated guanosine triphosphate (GTP)-binding proteins (Drgs) and their binding partner Drg family regulatory proteins (Dfrps) are important for embryonic development, ...Conserved developmentally regulated guanosine triphosphate (GTP)-binding proteins (Drgs) and their binding partner Drg family regulatory proteins (Dfrps) are important for embryonic development, cellular growth control, differentiation, and proliferation. Here, we report that the yeast Drg1/Dfrp1 ortholog Rbg1/Tma46 facilitates translational initiation, elongation, and termination by suppressing prolonged ribosome pausing. Consistent with the genome-wide observations, deletion of Rbg1 exacerbates the growth defect resulting from translation stalling, and Rbg1 stabilizes mRNAs against no-go decay. Furthermore, we provide a cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of the 80S ribosome bound with Rbg1/Tma46 that reveals the molecular interactions responsible for Rbg1/Tma46 function. The Rbg1 subunit binds to the GTPase association center of the ribosome and the A-tRNA, and the N-terminal zinc finger domain of the Tma46 subunit binds to the 40S, establishing an interaction critical for the ribosomal association. Our results answer the fundamental question of how a paused ribosome resumes translation and show that Drg1/Dfrp1 play a critical role in ensuring orderly translation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24652.map.gz | 46.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-24652-v30.xml emd-24652.xml | 111.5 KB 111.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_24652_fsc.xml | 15.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_24652.png | 80.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24652 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24652 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24652.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Ribosomal complex with Rbg1/Tma46
+超分子 #1: Ribosomal complex with Rbg1/Tma46
+超分子 #2: 60S subunit
+超分子 #3: 40S subunit
+超分子 #4: Rbg1/Tma46
+超分子 #5: A-tRNA
+超分子 #6: P-tRNA
+超分子 #7: eIF5A
+超分子 #8: mRNA
+分子 #1: 25S rRNA
+分子 #2: 5S rRNA
+分子 #3: 5.8S rRNA
+分子 #47: 18S rRNA
+分子 #81: A-tRNA
+分子 #82: P-tRNA
+分子 #83: mRNA
+分子 #4: 60S ribosomal protein L2-B
+分子 #5: RPL3 isoform 1
+分子 #6: RPL4A isoform 1
+分子 #7: RPL5 isoform 1
+分子 #8: 60S ribosomal protein L6
+分子 #9: 60S ribosomal protein L7-A
+分子 #10: 60S ribosomal protein L8-A
+分子 #11: 60S ribosomal protein L9-A
+分子 #12: RPL10 isoform 1
+分子 #13: RPL11B isoform 1
+分子 #14: 60S ribosomal protein L13
+分子 #15: 60S ribosomal protein L14-A
+分子 #16: 60S ribosomal protein L15-A
+分子 #17: 60S ribosomal protein L16-A
+分子 #18: 60S ribosomal protein L17-A
+分子 #19: 60S ribosomal protein L18-B
+分子 #20: 60S ribosomal protein L19-A
+分子 #21: 60S ribosomal protein L20-A
+分子 #22: 60S ribosomal protein L21-A
+分子 #23: 60S ribosomal protein L22-A
+分子 #24: 60S ribosomal protein L23-B
+分子 #25: RPL24A isoform 1
+分子 #26: 60S ribosomal protein L25
+分子 #27: 60S ribosomal protein L26-A
+分子 #28: 60S ribosomal protein L27
+分子 #29: 60S ribosomal protein L28
+分子 #30: RPL29 isoform 1
+分子 #31: 60S ribosomal protein L30
+分子 #32: 60S ribosomal protein L31-A
+分子 #33: RPL32 isoform 1
+分子 #34: 60S ribosomal protein L33-A
+分子 #35: 60S ribosomal protein L34-A
+分子 #36: 60S ribosomal protein L35-A
+分子 #37: 60S ribosomal protein L36-A
+分子 #38: Ribosomal protein L37
+分子 #39: RPL38 isoform 1
+分子 #40: 60S ribosomal protein L39
+分子 #41: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
+分子 #42: 60S ribosomal protein L41-A
+分子 #43: 60S ribosomal protein L42-A
+分子 #44: 60S ribosomal protein L43-A
+分子 #45: RPP0 isoform 1
+分子 #46: RPL12A isoform 1
+分子 #48: 40S ribosomal protein S0
+分子 #49: RPS1A isoform 1
+分子 #50: RPS2 isoform 1
+分子 #51: RPS3 isoform 1
+分子 #52: 40S ribosomal protein S4
+分子 #53: Rps5p
+分子 #54: 40S ribosomal protein S6
+分子 #55: 40S ribosomal protein S7
+分子 #56: RPS8A isoform 1
+分子 #57: 40S ribosomal protein S9-A
+分子 #58: 40S ribosomal protein S10-A
+分子 #59: 40S ribosomal protein S11-B
+分子 #60: 40S ribosomal protein S12
+分子 #61: 40S ribosomal protein S13
+分子 #62: 40S ribosomal protein S14-B
+分子 #63: RPS15 isoform 1
+分子 #64: 40S ribosomal protein S16-A
+分子 #65: 40S ribosomal protein S17-A
+分子 #66: 40S ribosomal protein S18-B
+分子 #67: 40S ribosomal protein S19-A
+分子 #68: RPS20 isoform 1
+分子 #69: 40S ribosomal protein S21-A
+分子 #70: RPS22A isoform 1
+分子 #71: 40S ribosomal protein S23
+分子 #72: 40S ribosomal protein S24
+分子 #73: RPS25A isoform 1
+分子 #74: RPS26B isoform 1
+分子 #75: 40S ribosomal protein S27-A
+分子 #76: RPS28A isoform 1
+分子 #77: RPS29A isoform 1
+分子 #78: 40S ribosomal protein S30
+分子 #79: Ubiquitin-40S ribosomal protein S31
+分子 #80: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
+分子 #84: Eukaryotic translation initiation factor 5A
+分子 #85: Ribosome-interacting GTPase 1
+分子 #86: Translation machinery-associated protein 46
+分子 #87: 60S ribosomal protein L1
+分子 #88: MAGNESIUM ION
+分子 #89: ASPARTIC ACID
+分子 #90: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | 位相板: OTHER |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |