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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24580 | |||||||||
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タイトル | Human ASIC1a-Nb.C1 complex | |||||||||
マップデータ | ASIC1a-Nb.C1 complex | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 sensory perception of sour taste / monoatomic ion-gated channel activity / pH-gated monoatomic ion channel activity / ligand-gated sodium channel activity / cellular response to pH / negative regulation of neurotransmitter secretion / neurotransmitter secretion / response to acidic pH / sodium ion transport / protein homotrimerization ...sensory perception of sour taste / monoatomic ion-gated channel activity / pH-gated monoatomic ion channel activity / ligand-gated sodium channel activity / cellular response to pH / negative regulation of neurotransmitter secretion / neurotransmitter secretion / response to acidic pH / sodium ion transport / protein homotrimerization / associative learning / sodium ion transmembrane transport / behavioral fear response / response to amphetamine / regulation of membrane potential / calcium ion transmembrane transport / postsynaptic density membrane / Stimuli-sensing channels / memory / presynapse / glutamatergic synapse / cell surface / Golgi apparatus / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Vicugna pacos (アルパカ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.86 Å | |||||||||
データ登録者 | Wu Y / Chen Z / Sigworth FJ / Canessa CM | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2021 タイトル: Structure and analysis of nanobody binding to the human ASIC1a ion channel. 著者: Yangyu Wu / Zhuyuan Chen / Fred J Sigworth / Cecilia M Canessa / 要旨: ASIC1a is a proton-gated sodium channel involved in modulation of pain, fear, addiction, and ischemia-induced neuronal injury. We report isolation and characterization of alpaca-derived nanobodies ...ASIC1a is a proton-gated sodium channel involved in modulation of pain, fear, addiction, and ischemia-induced neuronal injury. We report isolation and characterization of alpaca-derived nanobodies (Nbs) that specifically target human ASIC1a. Cryo-electron microscopy of the human ASIC1a channel at pH 7.4 in complex with one of these, Nb.C1, yielded a structure at 2.9 Å resolution. It is revealed that Nb.C1 binds to a site overlapping with that of the Texas coral snake toxin (MitTx1) and the black mamba venom Mambalgin-1; however, the Nb.C1-binding site does not overlap with that of the inhibitory tarantula toxin psalmotoxin-1 (PcTx1). Fusion of Nb.C1 with PcTx1 in a single polypeptide markedly enhances the potency of PcTx1, whereas competition of Nb.C1 and MitTx1 for binding reduces channel activation by the toxin. Thus, Nb.C1 is a molecular tool for biochemical and structural studies of hASIC1a; a potential antidote to the pain-inducing component of coral snake bite; and a candidate to potentiate PcTx1-mediated inhibition of hASIC1a in vivo for therapeutic applications. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24580.map.gz | 65.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-24580-v30.xml emd-24580.xml | 16.1 KB 16.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_24580.png | 141.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24580 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24580 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24580.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | ASIC1a-Nb.C1 complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Human ASIC1a in complex with Nb.C1
全体 | 名称: Human ASIC1a in complex with Nb.C1 |
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要素 |
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-超分子 #1: Human ASIC1a in complex with Nb.C1
超分子 | 名称: Human ASIC1a in complex with Nb.C1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Nanobodies Nb.C1
分子 | 名称: Nanobodies Nb.C1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Vicugna pacos (アルパカ) |
分子量 | 理論値: 12.76221 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: QVQLVESGGG LVQPRGSLRL SCAASGFTFS RAAMSWYRQA PGKEREMVST IGSFGVSTNY SDSVKGRFTI SRDNAKNTVY LHMNSLKPE DTAVYYCNAR YRSSYPWGQG TQVTVSS |
-分子 #2: Acid-sensing ion channel 1
分子 | 名称: Acid-sensing ion channel 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 60.001309 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MELKAEEEEV GGVQPVSIQA FASSSTLHGL AHIFSYERLS LKRALWALCF LGSLAVLLCV CTERVQYYFH YHHVTKLDEV AASQLTFPA VTFCNLNEFR FSQVSKNDLY HAGELLALLN NRYEIPDTQM ADEKQLEILQ DKANFRSFKP KPFNMREFYD R AGHDIRDM ...文字列: MELKAEEEEV GGVQPVSIQA FASSSTLHGL AHIFSYERLS LKRALWALCF LGSLAVLLCV CTERVQYYFH YHHVTKLDEV AASQLTFPA VTFCNLNEFR FSQVSKNDLY HAGELLALLN NRYEIPDTQM ADEKQLEILQ DKANFRSFKP KPFNMREFYD R AGHDIRDM LLSCHFRGEV CSAEDFKVVF TRYGKCYTFN SGRDGRPRLK TMKGGTGNGL EIMLDIQQDE YLPVWGETDE TS FEAGIKV QIHSQDEPPF IDQLGFGVAP GFQTFVACQE QRLIYLPPPW GTCKAVTMDS DLDFFDSYSI TACRIDCETR YLV ENCNCR MVHMPGDAPY CTPEQYKECA DPALDFLVEK DQEYCVCEMP CNLTRYGKEL SMVKIPSKAS AKYLAKKYNK SEQY IGENI LVLDIFFEVL NYETIEQKKA YEIAGLLGDI GGQMGLFIGA SILTVLELFD YAYEVIKHKL CRRGKCQKEA KRSSA DKGV ALSLDDVKRH NPCEGLRGHP AGMTYAANIL PHHPARGTFE DFTC |
-分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3.8 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
詳細: Solutions were filtered with 0.22um to avoid contamination. | |||||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: OTHER | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 詳細: blot for 3s before plunging. | |||||||||||||||
詳細 | This sample was monodisperse. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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詳細 | Preliminary grid screening was performed manually |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 7318 / 平均露光時間: 1.4 sec. / 平均電子線量: 45.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |