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基本情報
登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24416
タイトル
Microtubule subtomogram average, randomized azimuth and restricted angular search
マップデータ
A subtomogram average of a purified microtubule, where the alignment was done by randomizing the azimuthal angle of each particle, and restricting the azimuth rotational search to 30.
National Institutes of Health/Office of the Director
DP2 GM123494
米国
引用
ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021 タイトル: Entropy-regularized deconvolution of cellular cryotransmission electron tomograms. 著者: Matthew Croxford / Michael Elbaum / Muthuvel Arigovindan / Zvi Kam / David Agard / Elizabeth Villa / John Sedat / 要旨: Cryo-electron tomography (cryo-ET) allows for the high-resolution visualization of biological macromolecules. However, the technique is limited by a low signal-to-noise ratio (SNR) and variance in ...Cryo-electron tomography (cryo-ET) allows for the high-resolution visualization of biological macromolecules. However, the technique is limited by a low signal-to-noise ratio (SNR) and variance in contrast at different frequencies, as well as reduced Z resolution. Here, we applied entropy-regularized deconvolution (ER-DC) to cryo-ET data generated from transmission electron microscopy (TEM) and reconstructed using weighted back projection (WBP). We applied deconvolution to several in situ cryo-ET datasets and assessed the results by Fourier analysis and subtomogram analysis (STA).
ダウンロード / ファイル: emd_24416.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 844.7 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈
A subtomogram average of a purified microtubule, where the alignment was done by randomizing the azimuthal angle of each particle, and restricting the azimuth rotational search to 30.
ボクセルのサイズ
X=Y=Z: 8.984 Å
密度
表面レベル
登録者による: 2.0 / ムービー #1: 2
最小 - 最大
-3.8310523 - 4.8616724
平均 (標準偏差)
-0.65657043 (±1.2353503)
対称性
空間群: 1
詳細
EMDB XML:
マップ形状
Axis order
X
Y
Z
Origin
0
0
0
サイズ
60
60
60
Spacing
60
60
60
セル
A=B=C: 539.04004 Å α=β=γ: 90.0 °
CCP4マップ ヘッダ情報:
mode
Image stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z
8.984
8.984
8.984
M x/y/z
60
60
60
origin x/y/z
0.000
0.000
0.000
length x/y/z
539.040
539.040
539.040
α/β/γ
90.000
90.000
90.000
MAP C/R/S
1
2
3
start NC/NR/NS
0
0
0
NC/NR/NS
60
60
60
D min/max/mean
-3.831
4.862
-0.657
-
添付データ
-
試料の構成要素
-
全体 : Microtubule
全体
名称: Microtubule
要素
細胞器官・細胞要素: Microtubule
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超分子 #1: Microtubule
超分子
名称: Microtubule / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: Subtomogram average of a polymerized microtubule.
由来(天然)
生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: HEK293 / 器官: Kidney
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実験情報
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構造解析
手法
クライオ電子顕微鏡法
解析
サブトモグラム平均法
試料の集合状態
filament
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試料調製
緩衝液
pH: 7.4
グリッド
モデル: Quantifoil / 支持フィルム - 材質: CARBON
凍結
凍結剤: ETHANE-PROPANE
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電子顕微鏡法
顕微鏡
FEI TITAN KRIOS
撮影
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 96.0 e/Å2
電子線
加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系
照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージ
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
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画像解析
最終 再構成
想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / ソフトウェア - 名称: Dynamo (ver. 11514) / 使用したサブトモグラム数: 300