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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24407 | |||||||||
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タイトル | High-resolution structure of photosystem II from the mesophilic cyanobacterium, Synechocystis sp. PCC 6803 | |||||||||
マップデータ | Photosystem II from Synechocystis sp. PCC 6803 at low dose sharpened | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 plasma membrane-derived thylakoid photosystem II / photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide ...plasma membrane-derived thylakoid photosystem II / photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / extrinsic component of membrane / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis / respiratory electron transport chain / manganese ion binding / protein stabilization / electron transfer activity / iron ion binding / calcium ion binding / heme binding / identical protein binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.01 Å | |||||||||
データ登録者 | Gisriel CJ / Brudvig GW | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022 タイトル: High-resolution cryo-electron microscopy structure of photosystem II from the mesophilic cyanobacterium, sp. PCC 6803. 著者: Christopher J Gisriel / Jimin Wang / Jinchan Liu / David A Flesher / Krystle M Reiss / Hao-Li Huang / Ke R Yang / William H Armstrong / M R Gunner / Victor S Batista / Richard J Debus / Gary W Brudvig / 要旨: Photosystem II (PSII) enables global-scale, light-driven water oxidation. Genetic manipulation of PSII from the mesophilic cyanobacterium sp. PCC 6803 has provided insights into the mechanism of ...Photosystem II (PSII) enables global-scale, light-driven water oxidation. Genetic manipulation of PSII from the mesophilic cyanobacterium sp. PCC 6803 has provided insights into the mechanism of water oxidation; however, the lack of a high-resolution structure of oxygen-evolving PSII from this organism has limited the interpretation of biophysical data to models based on structures of thermophilic cyanobacterial PSII. Here, we report the cryo-electron microscopy structure of PSII from sp. PCC 6803 at 1.93-Å resolution. A number of differences are observed relative to thermophilic PSII structures, including the following: the extrinsic subunit PsbQ is maintained, the C terminus of the D1 subunit is flexible, some waters near the active site are partially occupied, and differences in the PsbV subunit block the Large (O1) water channel. These features strongly influence the structural picture of PSII, especially as it pertains to the mechanism of water oxidation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24407.map.gz | 29.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-24407-v30.xml emd-24407.xml | 37.6 KB 37.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_24407_fsc.xml | 13.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_24407.png | 57.4 KB | ||
その他 | emd_24407_additional_1.map.gz | 169.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24407 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24407 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_24407_validation.pdf.gz | 395.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_24407_full_validation.pdf.gz | 394.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_24407_validation.xml.gz | 13.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_24407_validation.cif.gz | 18 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24407 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24407 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24407.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Photosystem II from Synechocystis sp. PCC 6803 at low dose sharpened | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.832 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Photosystem II from Synechocystis sp. PCC 6803 at...
ファイル | emd_24407_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Photosystem II from Synechocystis sp. PCC 6803 at low dose unsharpened | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Photosystem II
+超分子 #1: Photosystem II
+分子 #1: Photosystem II protein D1 2
+分子 #2: Photosystem II CP47 reaction center protein
+分子 #3: Photosystem II CP43 reaction center protein
+分子 #4: Photosystem II D2 protein
+分子 #5: Cytochrome b559 subunit alpha
+分子 #6: Cytochrome b559 subunit beta
+分子 #7: Photosystem II reaction center protein H
+分子 #8: Photosystem II reaction center protein I
+分子 #9: Photosystem II reaction center protein J
+分子 #10: Photosystem II reaction center protein K
+分子 #11: Photosystem II reaction center protein L
+分子 #12: Photosystem II reaction center protein M
+分子 #13: Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide
+分子 #14: Sll1638 protein
+分子 #15: Photosystem II protein Y
+分子 #16: Photosystem II reaction center protein T
+分子 #17: Photosystem II 12 kDa extrinsic protein
+分子 #18: Cytochrome c-550
+分子 #19: Photosystem II reaction center X protein
+分子 #20: Photosystem II reaction center protein Ycf12
+分子 #21: Photosystem II reaction center protein Z
+分子 #22: CA-MN4-O5 CLUSTER
+分子 #23: FE (II) ION
+分子 #24: CHLORIDE ION
+分子 #25: CHLOROPHYLL A
+分子 #26: PHEOPHYTIN A
+分子 #27: BETA-CAROTENE
+分子 #28: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
+分子 #29: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
+分子 #30: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,...
+分子 #31: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
+分子 #32: BICARBONATE ION
+分子 #33: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
+分子 #34: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
+分子 #35: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
+分子 #36: CALCIUM ION
+分子 #37: (3R)-beta,beta-caroten-3-ol
+分子 #38: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6.8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.8 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |