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- EMDB-2437: Mechanism of Membranous Tunnelling Nanotube Formation in Viral Ge... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2437
タイトルMechanism of Membranous Tunnelling Nanotube Formation in Viral Genome Delivery
マップデータSubtomogram averaged gate. Contour level in sigma as defined by the threshold level displayed by Chimera over the RMS of the map. Individual volumes were subboxed from PRD1-tube particles
試料
  • 試料: Lipid-containing bacteriophage PRD1
  • ウイルス: Enterobacteria phage PRD1 (ファージ)
キーワードvirus / structural virology / viral genome delivery / proteo-lipidic structures / membrane remodelling / nanotube formation / single-particle tomography / cellular tomography
生物種Enterobacteria phage PRD1 (ファージ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 57.0 Å
データ登録者Peralta B / Gil-Carton D / Castano-Diez D / Bertin A / Boulogne C / Oksanen HM / Bamford DH / Abrescia NGA
引用ジャーナル: Nature / 年: 2004
タイトル: Membrane structure and interactions with protein and DNA in bacteriophage PRD1.
著者: Joseph J B Cockburn / Nicola G A Abrescia / Jonathan M Grimes / Geoffrey C Sutton / Jonathan M Diprose / James M Benevides / George J Thomas / Jaana K H Bamford / Dennis H Bamford / David I Stuart /
要旨: Membranes are essential for selectively controlling the passage of molecules in and out of cells and mediating the response of cells to their environment. Biological membranes and their associated ...Membranes are essential for selectively controlling the passage of molecules in and out of cells and mediating the response of cells to their environment. Biological membranes and their associated proteins present considerable difficulties for structural analysis. Although enveloped viruses have been imaged at about 9 A resolution by cryo-electron microscopy and image reconstruction, no detailed crystallographic structure of a membrane system has been described. The structure of the bacteriophage PRD1 particle, determined by X-ray crystallography at about 4 A resolution, allows the first detailed analysis of a membrane-containing virus. The architecture of the viral capsid and its implications for virus assembly are presented in the accompanying paper. Here we show that the electron density also reveals the icosahedral lipid bilayer, beneath the protein capsid, enveloping the viral DNA. The viral membrane contains about 26,000 lipid molecules asymmetrically distributed between the membrane leaflets. The inner leaflet is composed predominantly of zwitterionic phosphatidylethanolamine molecules, facilitating a very close interaction with the viral DNA, which we estimate to be packaged to a pressure of about 45 atm, factors that are likely to be important during membrane-mediated DNA translocation into the host cell. In contrast, the outer leaflet is enriched in phosphatidylglycerol and cardiolipin, which show a marked lateral segregation within the icosahedral asymmetric unit. In addition, the lipid headgroups show a surprising degree of order.
履歴
登録2013年8月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年9月11日-
マップ公開2013年10月2日-
更新2013年10月16日-
現状2013年10月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2437.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2437.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 422.9 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Subtomogram averaged gate. Contour level in sigma as defined by the threshold level displayed by Chimera over the RMS of the map. Individual volumes were subboxed from PRD1-tube particles
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
8.8 Å/pix.
x 48 pix.
= 422.4 Å		8.8 Å/pix.
x 48 pix.
= 422.4 Å		8.8 Å/pix.
x 48 pix.
= 422.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 8.8 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.1 / ムービー #1: 1.1
最小 - 最大-2.41711402 - 3.30758119
平均 (標準偏差)-0.00628973 (±0.70539248)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ484848
Spacing484848
セルA=B=C: 422.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z8.88.88.8
M x/y/z484848
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z422.400422.400422.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ00-40
NX/NY/NZ555581
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS484848
D min/max/mean-2.4173.308-0.006

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Lipid-containing bacteriophage PRD1

全体名称: Lipid-containing bacteriophage PRD1
要素
  • 試料: Lipid-containing bacteriophage PRD1
  • ウイルス: Enterobacteria phage PRD1 (ファージ)

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超分子 #1000: Lipid-containing bacteriophage PRD1

超分子名称: Lipid-containing bacteriophage PRD1 / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: The sample contained intact PRD1 particles and PRD1 particles with protruding tubes
集合状態: A pseudo T=25 assembly / Number unique components: 1
分子量理論値: 70 MDa

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超分子 #1: Enterobacteria phage PRD1

超分子名称: Enterobacteria phage PRD1 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: PRD1
詳細: PRD1 particles exhibit a tube protruding from one of the 12 vertices. Infects both Escherichia coli and Salmonella enterica
NCBI-ID: 10658 / 生物種: Enterobacteria phage PRD1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: PRD1
宿主生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA)
分子量理論値: 70 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: P3

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.6 mg/mL
緩衝液pH: 7.2 / 詳細: 20 mM Phosphate Buffer 1 mM MgCl2
グリッド詳細: 200 mesh QUANTIFOIL R 2/1 (or R 3.5/1) copper grid, glow discharged in air atmosphere
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 120 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 手法: Blot for 4 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FS
温度最低: 80 K / 最高: 105 K / 平均: 99 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 120,000 times magnification
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega filter
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 10.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 30.0 eV
日付2012年1月4日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
平均電子線量: 100 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 34138 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 倍率（公称値）: 25000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: -64 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 64 °

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画像解析

詳細The subtomograms were extracted from volumes of PRD1-tube particles. The 138 subtomograms fulfilled the > 0.4 cross-correlation criteria.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 57.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMOD, Dynamo / 使用したサブトモグラム数: 138
最終 3次元分類クラス数: 1

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1w8x

ソフトウェア名称: Chimera
詳細For the docking, please, see the protocol described in the primary reference
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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