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万見
- EMDB-2435: Protein Interactions in the Murine Cytomegalovirus Capsid Reveale... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2435
タイトルProtein Interactions in the Murine Cytomegalovirus Capsid Revealed by CryoEM
マップデータReconstruction of Murine Cytomegalovirus
試料
  • 試料: Murine cytomegalovirus capsid
  • ウイルス: Murid herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
キーワードcytomegalovirus / herpes simplex virus type 1 / electron cryo microscopy / three-dimensional / major capsid protein.
生物種Murid herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 9.1 Å
データ登録者Hui W / Tang Q / Liu H / Atanasov I / Zhu H / Zhou ZH
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2013
タイトル: Protein interactions in the murine cytomegalovirus capsid revealed by cryoEM.
著者: Wong H Hui / Qiyi Tang / Hongrong Liu / Ivo Atanasov / Fenyong Liu / Hua Zhu / Z Hong Zhou /
要旨: Cytomegalovirus (CMV) is distinct among members of the Herpesviridae family for having the largest dsDNA genome (230 kb). Packaging of large dsDNA genome is known to give rise to a highly pressurized ...Cytomegalovirus (CMV) is distinct among members of the Herpesviridae family for having the largest dsDNA genome (230 kb). Packaging of large dsDNA genome is known to give rise to a highly pressurized viral capsid, but molecular interactions conducive to the formation of CMV capsid resistant to pressurization have not been described. Here, we report a cryo electron microscopy (cryoEM) structure of the murine cytomegalovirus (MCMV) capsid at a 9.1 Å resolution and describe the molecular interactions among the ∼3000 protein molecules in the MCMV capsid at the secondary structure level. Secondary structural elements are resolved to provide landmarks for correlating with results from sequence-based prediction and for structure-based homology modeling. The major capsid protein (MCP) upper domain (MCPud) contains α-helices and β-sheets conserved with those in MCPud of herpes simplex virus type 1 (HSV-1), with the largest differences identified as a "saddle loop" region, located at the tip of MCPud and involved in interaction with the smallest capsid protein (SCP). Interactions among the bacteriophage HK97-like floor domain of MCP, the middle domain of MCP, the hook and clamp domains of the triplex proteins (hoop and clamp domains of TRI-1 and clamp domain of TRI-2) contribute to the formation of a mature capsid. These results offer a framework for understanding how cytomegalovirus uses various secondary structural elements of its capsid proteins to build a robust capsid for packaging its large dsDNA genome inside and for attaching unique functional tegument proteins outside.
履歴
登録2013年8月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年9月4日-
マップ公開2013年9月18日-
更新2013年11月20日-
現状2013年11月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 15
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 15
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2435.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2435.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 817.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of Murine Cytomegalovirus
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.8 Å/pix.
x 380 pix.
= 684. Å		1.8 Å/pix.
x 760 pix.
= 1368. Å		1.8 Å/pix.
x 760 pix.
= 1368. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.8 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 15.0 / ムービー #1: 15
最小 - 最大-21.674497599999999 - 45.755878449999997
平均 (標準偏差)1.05608952 (±5.15527439)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin100100530
サイズ760760380
Spacing760760380
セルA: 1368.0 Å / B: 1368.0 Å / C: 684.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.81.81.8
M x/y/z760760380
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1368.0001368.000684.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ00-40
NX/NY/NZ555581
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS100100530
NC/NR/NS760760380
D min/max/mean-21.67445.7561.056

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Murine cytomegalovirus capsid

全体名称: Murine cytomegalovirus capsid
要素
  • 試料: Murine cytomegalovirus capsid
  • ウイルス: Murid herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)

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超分子 #1000: Murine cytomegalovirus capsid

超分子名称: Murine cytomegalovirus capsid / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample is monodisperse in PBS buffer / 集合状態: icosahedral virus capsid / Number unique components: 4
分子量理論値: 186.4 MDa

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超分子 #1: Murid herpesvirus 1

超分子名称: Murid herpesvirus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Murine cytomegalovirus
詳細: The virus is enveloped but the structure presented here is for the capsid only.
NCBI-ID: 10366 / 生物種: Murid herpesvirus 1 / Sci species strain: strain Smith / ウイルスタイプ: OTHER / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: Yes / Syn species name: Murine cytomegalovirus
宿主生物種: Murine / 株: strain Smith / 別称: INVERTEBRATES
分子量理論値: 186.4 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Capsid / 直径: 1310 Å / T番号(三角分割数): 16

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7 / 詳細: PBS
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: vitreous ice, no staining
グリッド詳細: across holes in Quantifoil grids
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 90 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I / 詳細: Vitrification instrument: FEI Vitrobot / 手法: Blot for 7-9 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 80 K / 最高: 100 K / 平均: 90 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 250,000 times magnification
Legacy - Electron beam tilt params: 0
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: FEI
日付2009年10月15日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 6.35 µm / 実像数: 1299 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 47000
試料ステージ試料ホルダー: Autoloader of Titan Krios at liquid nitrogen temperature
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Individual particle images were automatically boxed out from micrographs by the autoBox program in the IMIRS package, followed by manual screening to select good capsid particle images that appear perfectly intact and without contamination and signs of specimen charging. Defocus value and astigmatism parameters of each micrographs were determined with CTFFIND. Subsequent data processing includes the determination of particle orientation/center parameters, 3D reconstruction and iterative, projection-based refinement by a distributed computing approach using modular programs in the IMIRS package with recent enhancements. The distributed computing was performed entirely through on six Microsoft Windows personal computers and four Windows servers within a custom-designed MPI network. Astigmatism was taken into consideration during the correction of contrast transfer function (CTF) both in the orientation/center refinement step and the 3D reconstruction step. Using this procedure, we first obtained a 3D map from 6402 particle images from the Polara micrographs. This map has a resolution of about 11 angstrom and was used as the starting model to assist processing the higher resolution particle images of the Titan micrographs. To process the Titan micrographs, we discarded micrographs with specimen charging by evaluating the Fourier transform of the micrographs and selected 669 micrographs for in-depth data processing. From the 669 good Titan micrographs selected out through this process, we boxed 5383 particle images and determined their orientation/center parameters by using the 11 angstrom map as the starting model. These orientation/center parameters were iteratively refined against the latest 3D map by gradually including Fourier data at regions of higher spatial frequency. The iterative process was terminated when the reconstruction converges to a stable solution and no further improvement in the resolution of the map was observed. Our reconstruction converges when the high spatial frequency cut-off of the included image data reached 1/6.9 angstrom-1. The final map was obtained from 3467 particles images, all from the Titan micrographs.
CTF補正詳細: CTFFIND
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMIRS / 使用した粒子像数: 3467

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1no7


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: Chimera
詳細Manual fitting in Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Chimera fit-to-map

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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