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- EMDB-24283: Exon-free state of the Tetrahymena group I intron, symmetry-expan... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24283
タイトルExon-free state of the Tetrahymena group I intron, symmetry-expanded monomer from a synthetic trimeric construct
マップデータExon-free state of Tetrahymena group I intron, symmetry-expanded monomer from a synthetic trimeric construct
試料
  • 複合体: Exon-free state of Tetrahymena group I intron, symmetry-expanded monomer from a synthetic trimeric construct
    • RNA: Group I intron
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードRibozyme / catalytic RNA / RNA
生物種Tetrahymena thermophila (真核生物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Thelot F / Liu D
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM122797 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5DP1GM133052 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CMMI-1333215 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CMMI-1344915 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CBET-1729397 米国
引用ジャーナル: Nat Methods / 年: 2022
タイトル: Sub-3-Å cryo-EM structure of RNA enabled by engineered homomeric self-assembly.
著者: Di Liu / François A Thélot / Joseph A Piccirilli / Maofu Liao / Peng Yin /
要旨: High-resolution structural studies are essential for understanding the folding and function of diverse RNAs. Herein, we present a nanoarchitectural engineering strategy for efficient structural ...High-resolution structural studies are essential for understanding the folding and function of diverse RNAs. Herein, we present a nanoarchitectural engineering strategy for efficient structural determination of RNA-only structures using single-particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM). This strategy-ROCK (RNA oligomerization-enabled cryo-EM via installing kissing loops)-involves installing kissing-loop sequences onto the functionally nonessential stems of RNAs for homomeric self-assembly into closed rings with multiplied molecular weights and mitigated structural flexibility. ROCK enables cryo-EM reconstruction of the Tetrahymena group I intron at 2.98-Å resolution overall (2.85 Å for the core), allowing de novo model building of the complete RNA, including the previously unknown peripheral domains. ROCK is further applied to two smaller RNAs-the Azoarcus group I intron and the FMN riboswitch, revealing the conformational change of the former and the bound ligand in the latter. ROCK holds promise to greatly facilitate the use of cryo-EM in RNA structural studies.
履歴
登録2021年6月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年5月4日-
マップ公開2022年5月4日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_24283.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24283.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Exon-free state of Tetrahymena group I intron, symmetry-expanded monomer from a synthetic trimeric construct
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.24 Å/pix.
x 96 pix.
= 119.04 Å		1.24 Å/pix.
x 81 pix.
= 100.44 Å		1.24 Å/pix.
x 80 pix.
= 99.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.24 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.225
最小 - 最大-1.9306813 - 2.6865819
平均 (標準偏差)0.000000000003653 (±0.20125549)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin1367592
サイズ818096
Spacing968180
セルA: 119.04 Å / B: 100.44 Å / C: 99.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Exon-free state of Tetrahymena group I intron, symmetry-expanded ...

全体名称: Exon-free state of Tetrahymena group I intron, symmetry-expanded monomer from a synthetic trimeric construct
要素
  • 複合体: Exon-free state of Tetrahymena group I intron, symmetry-expanded monomer from a synthetic trimeric construct
    • RNA: Group I intron
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Exon-free state of Tetrahymena group I intron, symmetry-expanded ...

超分子名称: Exon-free state of Tetrahymena group I intron, symmetry-expanded monomer from a synthetic trimeric construct
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) / Synthetically produced: Yes
分子量理論値: 130 KDa

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分子 #1: Group I intron

分子名称: Group I intron / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 127.005961 KDa
配列文字列: UGGAGGGAAA AGUUAUCAGG CAUGCACCUG GUAGCUAGUC UUUAAACCAA UAGAUUGCAU CGGUUUAAAA GGCAAGACCG UCAAAUUGC GGGAAAGGGG UCAACAGCCG UUCAGUACCA AGUCUCAGGG GAAACUUUGA GAUGGCCUUG CAAAGGGUAU G GUAAUAAG ...文字列:
UGGAGGGAAA AGUUAUCAGG CAUGCACCUG GUAGCUAGUC UUUAAACCAA UAGAUUGCAU CGGUUUAAAA GGCAAGACCG UCAAAUUGC GGGAAAGGGG UCAACAGCCG UUCAGUACCA AGUCUCAGGG GAAACUUUGA GAUGGCCUUG CAAAGGGUAU G GUAAUAAG CUGACGGACA UGGUCCUAAC CACGCAGCCA AGUCCUAAGU CAACAGGAUG GUUCUGUUGA UAUGGAUGCA GU UCACAGA CUAAAUGUCG GUCGGGGAAG AUGUAUUCUU CUCAUAAGAU AUAGUCGGAC CUCUCCUUAA UGGGAGCUAG CGG AUGAAG UGAUGCAACA CUGGAGCCGC UGGGAACUAA UCAGUGAACC AUCCACUGAU UAGUUUUGGA GUACUCG

GENBANK: GENBANK: V01416.1

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分子 #2: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 12 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMTris-acetateTris-acetate
30.0 mMMgCl2Magnesium chloride
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 47.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 105000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 85596
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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