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- EMDB-2427: Negative stain Electron Microscopy of BG505 SOSIP.664 gp140 in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2427
タイトルNegative stain Electron Microscopy of BG505 SOSIP.664 gp140 in complex with PGV04
マップデータBg505 SOSIP.664 with PGV04
試料
  • 試料: HIV spike protein 664G construct in complex with Fab fragment of PGV04 monoclonal antibody
  • タンパク質・ペプチド: HIV spike protein BG505 SOSIP.664
  • タンパク質・ペプチド: PGV04 FAB
キーワードHIV antibody Env trimer / Bg505 SOSIP.664 / PGV04
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 23.0 Å
データ登録者Sanders RW / Derking R / Cupo A / Julien JP / Yasmeen A / de Val N / Kim HJ / Blattner C / Torrents A / Korzun J ...Sanders RW / Derking R / Cupo A / Julien JP / Yasmeen A / de Val N / Kim HJ / Blattner C / Torrents A / Korzun J / Golabek M / de los Reyes K / Ketas TJ / van Gils MJ / King CR / Wilson IA / Ward AB / Klasse PJ / Moore JP
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2013
タイトル: A next-generation cleaved, soluble HIV-1 Env trimer, BG505 SOSIP.664 gp140, expresses multiple epitopes for broadly neutralizing but not non-neutralizing antibodies.
著者: Rogier W Sanders / Ronald Derking / Albert Cupo / Jean-Philippe Julien / Anila Yasmeen / Natalia de Val / Helen J Kim / Claudia Blattner / Alba Torrents de la Peña / Jacob Korzun / Michael ...著者: Rogier W Sanders / Ronald Derking / Albert Cupo / Jean-Philippe Julien / Anila Yasmeen / Natalia de Val / Helen J Kim / Claudia Blattner / Alba Torrents de la Peña / Jacob Korzun / Michael Golabek / Kevin de Los Reyes / Thomas J Ketas / Marit J van Gils / C Richter King / Ian A Wilson / Andrew B Ward / P J Klasse / John P Moore /
要旨: A desirable but as yet unachieved property of a human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) vaccine candidate is the ability to induce broadly neutralizing antibodies (bNAbs). One approach to the ...A desirable but as yet unachieved property of a human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) vaccine candidate is the ability to induce broadly neutralizing antibodies (bNAbs). One approach to the problem is to create trimeric mimics of the native envelope glycoprotein (Env) spike that expose as many bNAb epitopes as possible, while occluding those for non-neutralizing antibodies (non-NAbs). Here, we describe the design and properties of soluble, cleaved SOSIP.664 gp140 trimers based on the subtype A transmitted/founder strain, BG505. These trimers are highly stable, more so even than the corresponding gp120 monomer, as judged by differential scanning calorimetry. They are also homogenous and closely resemble native virus spikes when visualized by negative stain electron microscopy (EM). We used several techniques, including ELISA and surface plasmon resonance (SPR), to determine the relationship between the ability of monoclonal antibodies (MAbs) to bind the soluble trimers and neutralize the corresponding virus. In general, the concordance was excellent, in that virtually all bNAbs against multiple neutralizing epitopes on HIV-1 Env were highly reactive with the BG505 SOSIP.664 gp140 trimers, including quaternary epitopes (CH01, PG9, PG16 and PGT145). Conversely, non-NAbs to the CD4-binding site, CD4-induced epitopes or gp41ECTO did not react with the trimers, even when their epitopes were present on simpler forms of Env (e.g. gp120 monomers or dissociated gp41 subunits). Three non-neutralizing MAbs to V3 epitopes did, however, react strongly with the trimers but only by ELISA, and not at all by SPR and to only a limited extent by EM. These new soluble trimers are useful for structural studies and are being assessed for their performance as immunogens.
履歴
登録2013年7月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年8月7日-
マップ公開2013年10月9日-
更新2013年10月9日-
現状2013年10月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2427.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2427.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Bg505 SOSIP.664 with PGV04
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.1 Å/pix.
x 96 pix.
= 393.6 Å		4.1 Å/pix.
x 96 pix.
= 393.6 Å		4.1 Å/pix.
x 96 pix.
= 393.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.5 / ムービー #1: 3.5
最小 - 最大-6.3263607 - 14.41932201
平均 (標準偏差)0.0 (±0.86508)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-12-12-12
サイズ969696
Spacing969696
セルA=B=C: 393.59998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.14.14.1
M x/y/z969696
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z393.600393.600393.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ00-40
NX/NY/NZ555581
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-12-12-12
NC/NR/NS969696
D min/max/mean-6.32614.419-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : HIV spike protein 664G construct in complex with Fab fragment of ...

全体名称: HIV spike protein 664G construct in complex with Fab fragment of PGV04 monoclonal antibody
要素
  • 試料: HIV spike protein 664G construct in complex with Fab fragment of PGV04 monoclonal antibody
  • タンパク質・ペプチド: HIV spike protein BG505 SOSIP.664
  • タンパク質・ペプチド: PGV04 FAB

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超分子 #1000: HIV spike protein 664G construct in complex with Fab fragment of ...

超分子名称: HIV spike protein 664G construct in complex with Fab fragment of PGV04 monoclonal antibody
タイプ: sample / ID: 1000
詳細: The PGV04 Fab was incubated for 40 minutes at 4C with BG505 SOSIP.664. This complex was purified using a size exclusion chromatography and concentrated.
集合状態: One trimer binds to three Fabs / Number unique components: 2
分子量実験値: 510 KDa / 理論値: 510 KDa / 手法: Size exclusion Chromatography

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分子 #1: HIV spike protein BG505 SOSIP.664

分子名称: HIV spike protein BG505 SOSIP.664 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: BG505 SOSIP.664 / 詳細: BG505 SOSIP.664 was complexed with PGV04 / コピー数: 1 / 集合状態: Trimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量実験値: 360 KDa / 理論値: 360 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293T / 組換プラスミド: pPPI4
配列UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #2: PGV04 FAB

分子名称: PGV04 FAB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: produced as an IgG in mammalian cells and digested with papain into Fab
コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293T

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.03 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 50mM TRIS-HCl 150mM NaCl
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: 2% w/v Uranyl Formate for 25 seconds
グリッド詳細: 400 mesh copper grid
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度最低: 292 K / 最高: 294 K / 平均: 293 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
Legacy - Electron beam tilt params: -2
日付2013年4月16日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
実像数: 834 / 平均電子線量: 55 e/Å2 / Od range: 1.4
Tilt angle min0
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系倍率（補正後）: 52050 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 52000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / Tilt angle max: 50
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Particles were picked automatically using DoG Picker and put into a particle stack using the Appion software package Initial, reference-free, two-dimensional (2D) class averages were calculated using particles binned by five via the Xmipp Clustering 2D Alignment and sorted into classes. EMAN was used for the 3D reconstruction.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2, EMAN1
詳細: The particles were selected using a DoG Picker, and cleaned using reference free class averaging. The final map was calculated from a single dataset
使用した粒子像数: 32867
最終 2次元分類クラス数: 256

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3se9

ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
当てはまり具合の基準: Correlation, Fit in Map, Chimera

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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