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万見
- EMDB-24258: Structure of the in situ yeast NPC -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24258
タイトルStructure of the in situ yeast NPC
マップデータfull in situ NPC map recombined from 90 degree wedge focused alignment
試料
  • 細胞器官・細胞要素: yeast NPC
    • タンパク質・ペプチド: x 21種
キーワードNPC / nucleocytoplasmic transport / TRANSLOCASE
機能・相同性
機能・相同性情報


response to spindle checkpoint signaling / nuclear pore linkers / peroxisomal importomer complex / regulation of protein desumoylation / mRNA export from nucleus in response to heat stress / nuclear pore inner ring / Seh1-associated complex / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / protein exit from endoplasmic reticulum / COPII-coated vesicle budding ...response to spindle checkpoint signaling / nuclear pore linkers / peroxisomal importomer complex / regulation of protein desumoylation / mRNA export from nucleus in response to heat stress / nuclear pore inner ring / Seh1-associated complex / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / protein exit from endoplasmic reticulum / COPII-coated vesicle budding / protein localization to nuclear inner membrane / chromosome, subtelomeric region / COPII-mediated vesicle transport / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore localization / adenyl-nucleotide exchange factor activity / nuclear pore central transport channel / regulation of nucleocytoplasmic transport / establishment of mitotic spindle localization / nuclear migration along microtubule / regulation of TORC1 signaling / nuclear pore organization / nuclear pore outer ring / nuclear pore complex assembly / telomere tethering at nuclear periphery / COPII vesicle coat / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / nuclear pore cytoplasmic filaments / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / nuclear pore nuclear basket / tRNA export from nucleus / SUMOylation of SUMOylation proteins / cytoplasmic dynein complex / protein localization to kinetochore / SUMOylation of RNA binding proteins / structural constituent of nuclear pore / SUMOylation of chromatin organization proteins / RNA export from nucleus / silent mating-type cassette heterochromatin formation / nucleocytoplasmic transport / vacuolar membrane / poly(A)+ mRNA export from nucleus / nuclear localization sequence binding / regulation of mitotic nuclear division / dynein intermediate chain binding / NLS-bearing protein import into nucleus / cytoplasmic microtubule / establishment of mitotic spindle orientation / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / ribosomal large subunit export from nucleus / positive regulation of TOR signaling / subtelomeric heterochromatin formation / mRNA transport / mRNA export from nucleus / nuclear pore / ribosomal small subunit export from nucleus / ERAD pathway / Neutrophil degranulation / positive regulation of TORC1 signaling / protein export from nucleus / cellular response to amino acid starvation / nuclear periphery / cell periphery / chromosome segregation / promoter-specific chromatin binding / molecular condensate scaffold activity / heterochromatin formation / phospholipid binding / protein import into nucleus / transcription corepressor activity / double-strand break repair / protein transport / nuclear envelope / single-stranded DNA binding / cellular response to heat / nuclear membrane / amyloid fibril formation / chromosome, telomeric region / hydrolase activity / cell division / chromatin binding / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / positive regulation of DNA-templated transcription / structural molecule activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleoporin Nup159/Nup146, N-terminal / Nucleoporin or Nuclear pore complex subunit NUP214=Nup159 / Nucleoporin NUP120, helical domain / RNA-recognition motif (RRM) Nup35-type domain / Nucleoporin, NUP53 / Nucleoporin NUP88/NUP82 / Nup53/35/40-type RNA recognition motif / RNA-recognition motif (RRM) Nup35-type domain profile. / Nuclear pore protein Nup188, C-terminal / Nuclear pore protein NUP188 C-terminal domain ...Nucleoporin Nup159/Nup146, N-terminal / Nucleoporin or Nuclear pore complex subunit NUP214=Nup159 / Nucleoporin NUP120, helical domain / RNA-recognition motif (RRM) Nup35-type domain / Nucleoporin, NUP53 / Nucleoporin NUP88/NUP82 / Nup53/35/40-type RNA recognition motif / RNA-recognition motif (RRM) Nup35-type domain profile. / Nuclear pore protein Nup188, C-terminal / Nuclear pore protein NUP188 C-terminal domain / Nucleoporin Nup188, N-terminal / Nucleoporin Nup188, N-terminal / Nucleoporin Nup54/Nup57/Nup44 / Nucleoporin p58/p45 / Nucleoporin Nup54, alpha-helical domain / Nucleoporin Nup188 / : / Nucleoporin complex subunit 54 / Nucleoporin Nup188, N-terminal subdomain III / Nucleoporin, NSP1-like, C-terminal / Nucleoporin NSP1/NUP62 / Nsp1-like C-terminal region / Nucleoporin Nup85-like / Nucleoporin Nup120/160 / Nup85 Nucleoporin / Nuclear pore protein 84/107 / Nuclear pore protein 84 / 107 / Nuclear pore complex protein Nup133-like / Nucleoporin, Nup155-like / Nucleoporin, Nup155-like, C-terminal, subdomain 1 / Nucleoporin, Nup155-like, C-terminal, subdomain 2 / Nucleoporin Nup186/Nup192/Nup205 / Nuclear pore complex scaffold, nucleoporins 186/192/205 / Nucleoporin, Nup133/Nup155-like, C-terminal / Non-repetitive/WGA-negative nucleoporin C-terminal / Nucleoporin interacting component Nup93/Nic96 / Nup93/Nic96 / Nucleoporin FG repeat / Nucleoporin FG repeat region / Dynein light chain, type 1/2, conserved site / Dynein light chain type 1 signature. / Nucleoporin, Nup133/Nup155-like, N-terminal / Nup133 N terminal like / Sec13/Seh1 family / Nuclear pore complex protein NUP96, C-terminal domain / Nuclear protein 96 / Dynein light chain, type 1/2 / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain superfamily / Nucleoporin peptidase S59-like / Nucleoporin autopeptidase / NUP C-terminal domain profile. / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain superfamily / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoporin NSP1 / Nucleoporin NIC96 / Nucleoporin NUP120 / Nucleoporin NUP133 / Nucleoporin NUP170 / Nucleoporin NUP157 / Nucleoporin NUP82 / Nucleoporin NUP159 / Nucleoporin NUP85 / Nucleoporin NUP192 ...Nucleoporin NSP1 / Nucleoporin NIC96 / Nucleoporin NUP120 / Nucleoporin NUP133 / Nucleoporin NUP170 / Nucleoporin NUP157 / Nucleoporin NUP82 / Nucleoporin NUP159 / Nucleoporin NUP85 / Nucleoporin NUP192 / Nucleoporin NUP57 / Nucleoporin NUP145 / Nucleoporin NUP188 / Nucleoporin NUP84 / Nucleoporin SEH1 / Nucleoporin NUP49/NSP49 / Dynein light chain 1, cytoplasmic / Nucleoporin NUP53 / Protein transport protein SEC13 / Nucleoporin ASM4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 37.0 Å
データ登録者Villa E / Singh D
資金援助 米国, 7件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)DP2 GM123494 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MRI DBI 1920374 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P01 GM121203 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM121443 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41 GM109824 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM121443 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM45377 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2022
タイトル: Comprehensive structure and functional adaptations of the yeast nuclear pore complex.
著者: Christopher W Akey / Digvijay Singh / Christna Ouch / Ignacia Echeverria / Ilona Nudelman / Joseph M Varberg / Zulin Yu / Fei Fang / Yi Shi / Junjie Wang / Daniel Salzberg / Kangkang Song / ...著者: Christopher W Akey / Digvijay Singh / Christna Ouch / Ignacia Echeverria / Ilona Nudelman / Joseph M Varberg / Zulin Yu / Fei Fang / Yi Shi / Junjie Wang / Daniel Salzberg / Kangkang Song / Chen Xu / James C Gumbart / Sergey Suslov / Jay Unruh / Sue L Jaspersen / Brian T Chait / Andrej Sali / Javier Fernandez-Martinez / Steven J Ludtke / Elizabeth Villa / Michael P Rout /
要旨: Nuclear pore complexes (NPCs) mediate the nucleocytoplasmic transport of macromolecules. Here we provide a structure of the isolated yeast NPC in which the inner ring is resolved by cryo-EM at sub- ...Nuclear pore complexes (NPCs) mediate the nucleocytoplasmic transport of macromolecules. Here we provide a structure of the isolated yeast NPC in which the inner ring is resolved by cryo-EM at sub-nanometer resolution to show how flexible connectors tie together different structural and functional layers. These connectors may be targets for phosphorylation and regulated disassembly in cells with an open mitosis. Moreover, some nucleoporin pairs and transport factors have similar interaction motifs, which suggests an evolutionary and mechanistic link between assembly and transport. We provide evidence for three major NPC variants that may foreshadow functional specializations at the nuclear periphery. Cryo-electron tomography extended these studies, providing a model of the in situ NPC with a radially expanded inner ring. Our comprehensive model reveals features of the nuclear basket and central transporter, suggests a role for the lumenal Pom152 ring in restricting dilation, and highlights structural plasticity that may be required for transport.
履歴
登録2021年6月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年1月26日-
マップ公開2022年1月26日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1950
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1950
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7n9f
  • 表面レベル: 1950
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7n9f
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_24258.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24258.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈full in situ NPC map recombined from 90 degree wedge focused alignment
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
6.74 Å/pix.
x 320 pix.
= 2156.8 Å		6.74 Å/pix.
x 320 pix.
= 2156.8 Å		6.74 Å/pix.
x 320 pix.
= 2156.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 6.74 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1950.0 / ムービー #1: 1950
最小 - 最大-3.9280643 - 4082.771200000000135
平均 (標準偏差)1772.169699999999921 (±428.825159999999983)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 2156.7998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z6.746.746.74
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z2156.8002156.8002156.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-3.9284082.7711772.170

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_24258_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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マスク #2

ファイルemd_24258_msk_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
マスク #3

ファイルemd_24258_msk_3.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: zoned 3D map of Nsp1-FG-connections

ファイルemd_24258_additional_1.map
注釈zoned 3D map of Nsp1-FG-connections
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: zoned 3D map of inner ring of spokes

ファイルemd_24258_additional_2.map
注釈zoned 3D map of inner ring of spokes
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: full in situ NPC map recombined from 90...

ファイルemd_24258_additional_3.map
注釈full in situ NPC map recombined from 90 degree wedge focused alignment and masked to remove central channel density
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: zoned 3D map of the N-ring

ファイルemd_24258_additional_4.map
注釈zoned 3D map of the N-ring
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: zoned 3D map of C-ring plus Nup82 complex with 3 Dyn 2 dimers

ファイルemd_24258_additional_5.map
注釈zoned 3D map of C-ring plus Nup82 complex with 3 Dyn 2 dimers
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: zoned 3D map of Pom152 ring

ファイルemd_24258_additional_6.map
注釈zoned 3D map of Pom152 ring
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: difference map for pore membrane

ファイルemd_24258_additional_7.map
注釈difference map for pore membrane
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map

ファイルemd_24258_half_map_1.map
注釈half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
ハーフマップ: half map

ファイルemd_24258_half_map_2.map
注釈half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

+
全体 : yeast NPC

全体名称: yeast NPC
要素
  • 細胞器官・細胞要素: yeast NPC
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoporin NUP170
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoporin NUP157
    • タンパク質・ペプチド: orphans bound to Nup192 NTD
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoporin NSP1
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoporin NUP57
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoporin NUP49/NSP49
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoporin NUP192
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoporin NUP188
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoporin NIC96
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoporin NUP53
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoporin ASM4
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoporin NUP82
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoporin NUP159
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoporin NUP120
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoporin NUP85
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoporin 145c
    • タンパク質・ペプチド: Protein transport protein SEC13
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoporin SEH1
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoporin NUP84
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoporin NUP133
    • タンパク質・ペプチド: Dynein light chain 1, cytoplasmic

+
超分子 #1: yeast NPC

超分子名称: yeast NPC / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Complete yeast NPC from vitrified cells
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 52.0 MDa

+
分子 #1: Nucleoporin NUP170

分子名称: Nucleoporin NUP170 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 169.651969 KDa
配列文字列: MFQSFFHNNG PAAAGETFSD SRSYPLTNHQ EVPRNGLNEL ASSATKAQQQ PTHILNSYPI TGSNPLMRAS AMGATSGSIN PNMSNMNEH IRVSGMGTSK PLDLAGKYID HLQHKDSNTP VLDERSYYNS GVDYNFSREK NGLGAFTPFE KQDVFNIPDE I LHEFSTSQ ...文字列:
MFQSFFHNNG PAAAGETFSD SRSYPLTNHQ EVPRNGLNEL ASSATKAQQQ PTHILNSYPI TGSNPLMRAS AMGATSGSIN PNMSNMNEH IRVSGMGTSK PLDLAGKYID HLQHKDSNTP VLDERSYYNS GVDYNFSREK NGLGAFTPFE KQDVFNIPDE I LHEFSTSQ TKTDMGIFPE LNRCWITIDN KLILWNINND NEYQVVDDMK HTIQKVALVR PKPNTFVPAV KHLLLISTTM EL FMFAISL DKATNELSVF NTHLSVPVQG IDVIDIVSHE RSGRIFFAGQ ASGLNIWELH YSGSDDWFNS KCSKVCLTKS ALL SLLPTN MLSQIPGVDF IQALFEDNSN GNGGFSQETI TQLTIDQQRG IIYSLSSKST IRAYVITEKS LEGPMSIEPA YISR IIGTT TARAAPILGP KYLKIVKISS VAPEENNNLF LVALTVGGVR LYFNGSMGRF NIEALRLESI KFPPSSVTPE VIQQE LLHQ QQEQAKRSFP FFSNLMSSEP VLLKFQKKSS VLLETTKAST IISPGIFFSA VIKSSQQTHQ QEKKENSSVT GTTATA GSK TVKQQPVTLQ HKLFVSVPDY GILKTHGKYV ENATFLETAG PVQQIIPLSG LFNATTKPQG FANEFATQYT SETLRVA VL TSTSIEIYKY RTPDEIFEDL IDNPLPFVLN YGAAEACSTA LFVTCKSNKS EKLRSNALTF LTMGIPGVVD IKPVYNRY S VSTVSSLLSK PTLSTATTNL QQSITGFSKP SPANKEDFDL DDVILSPRFY GIALLITRLL RDIWGRHVFM TFTDNRVTS HAFISSSDPI TPSINNLKSD EISQNRNIIS KVSISKDCIE YYLSSINILN EFFITYGDSI SQISAPYVLA NNSNGRVIDK TEEVANQAE SIAINAMIKM VQSIKEGLSF LNVLYEESEV EGFDNQYLGF KDIISFVSLD VQKDLVKLDF KDLFAPNDKT K SLIREILL SIINRNITKG ASIEYTATAL QERCGSFCSA SDILGFRAIE HLRRAKEIGL RNYDSLNYHL KNATALLEQI VD DLSIEKL KEAVSMMLSV NYYPKSIEFL LNIANSMDKG KLACQYVANG FLENDDRKQY YDKRILVYDL VFDTLIKVDE LAE KKQSSK TQNQISISND DEVKLRQKSY EAALKYNDRL FHYHMYDWLV SQNREEKLLD IETPFILPYL MEKAGSSLKI SNIL WVYYS RRSKFFESAE ILYRLATSNF DITLFERIEF LSRANGFCNS VSPLSQKQRI VQLASRIQDA CEVAGIQGDI LSLVY TDAR IDSAIKDELI KTLDGKILST SELFNDFAVP LSYHEIALFI FKIADFRDHE VIMAKWDELF QSLRMEFNNT GKKEDS MNF INLLSNVLIK IGKNVQDSEF IFPIFELFPI VCNFFYETLP KEHIVSGSIV SIFITAGVSF NKMYYILKEL IETSDSD NS VFNKEMTWLI HEWYKSDRKF RDIISYNDII HLKEYKIDND PIEKYVKNSG NNLGICFYKE

UniProtKB: Nucleoporin NUP170

+
分子 #2: Nucleoporin NUP157

分子名称: Nucleoporin NUP157 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 156.827484 KDa
配列文字列: MYSTPLKKRI DYDRETFTAS ASLGGNRLRN RPRDDQNNGK PNLSSRSFLS ERKTRKDVLN KYGEAGNTIE SELRDVTTHV KISGLTSSE PLQLASEFVQ DLSFRDRNTP ILDNPDYYSK GLDYNFSDEV GGLGAFTPFQ RQQVTNIPDE VLSQVSNTEI K SDMGIFLE ...文字列:
MYSTPLKKRI DYDRETFTAS ASLGGNRLRN RPRDDQNNGK PNLSSRSFLS ERKTRKDVLN KYGEAGNTIE SELRDVTTHV KISGLTSSE PLQLASEFVQ DLSFRDRNTP ILDNPDYYSK GLDYNFSDEV GGLGAFTPFQ RQQVTNIPDE VLSQVSNTEI K SDMGIFLE LNYCWITSDN KLILWNINNS SEYHCIDEIE HTILKVKLVK PSPNTFVSSV ENLLIVATLF DIYILTISFN DR THELNIF NTGLKVNVTG FNVSNIISYE RTGQIFFTGA TDGVNVWELQ YNCSENLFNS KSNKICLTKS NLANLLPTKL IPS IPGGKL IQKVLEGDAG TEEETISQLE VDQSRGVLHT LSTKSIVRSY LITSNGLVGP VLIDAAHIRR GMNALGVKNS PLLS NRAFK IAKIVSISMC ENNDLFLAVI TTTGVRLYFK GSISRRSIGS LKLDSVKFPP TSISSSLEQN KSFIIGHHPL NTHDT GPLS TQKASSTYIN TTCASTIISP GIYFTCVRKR ANSGELSKGI TNKALLENKE EHKLYVSAPD YGILKNYGKY VENTAL LDT TDEIKEIVPL TRSFNYTSTP QGYANVFASQ YSAEPLKVAV LTSNALEIYC YRTPDEVFES LIENPLPFIH SYGLSEA CS TALYLACKFN KSEHIKSSAL AFFSAGIPGV VEIKPKSSRE SGSVPPISQN LFDKSGECDG IVLSPRFYGS ALLITRLF S QIWEERVFVF KRASKTEKMD AFGISITRPQ VEYYLSSISV LADFFNIHRP SFVSFVPPKG SNAITASDAE SIAMNALIL LINSIKDALS LINVFYEDID AFKSLLNTLM GAGGVYDSKT REYFFDLKFH DLFTPNAKTK QLIKEILIEV VNANIASGTS ADYIVNVLK ERFGSFCHSA DILCYRAGEH LEAAQKFEMI DSKISRNHLD TAIDLYERCA ENIELCELRR VVDIMVKLNY Q PKTVGFLL RFADKIDKGN QAQEYVSRGC NTADPRKVFY DKRINVYTLI FEIVKSVDDY TSIEQSPSIA NISIFSPASS LK KRVYSVI MNSNNRFFHY CFYDWLVANK RQDYLLRLDS QFVLPYLKER AEKSLEISNL LWFYLFKEEH FLEAADVLYA LAS SDFDLK LSERIECLAR ANGLCDSSTS FDQKPALVQL SENIHELFDI ASIQDDLLNL VRNETRIDED YRKQLTLKLN GRVL PLSDL FNDCADPLDY YEIKLRIFKV SQFKDEKVIQ GEWNRLLDSM KNAPSPDVGS VGQESFLSSI SNTLIRIGKT TRDTD VVFP VHFLMNKILE SFIDKSSAAD GSVCSMFLLA GVSHLKLYYI LSRIIENSEG NVELAKKEMV WLIKDWYQSD SDLRGS IAP EQIKKLEKYD PNTDPVQDYV KDRHHGLK

UniProtKB: Nucleoporin NUP157

+
分子 #3: orphans bound to Nup192 NTD

分子名称: orphans bound to Nup192 NTD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 3.08179 KDa
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #4: Nucleoporin NSP1

分子名称: Nucleoporin NSP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 86.611672 KDa
配列文字列: MNFNTPQQNK TPFSFGTANN NSNTTNQNSS TGAGAFGTGQ STFGFNNSAP NNTNNANSSI TPAFGSNNTG NTAFGNSNPT SNVFGSNNS TTNTFGSNSA GTSLFGSSSA QQTKSNGTAG GNTFGSSSLF NNSTNSNTTK PAFGGLNFGG GNNTTPSSTG N ANTSNNLF ...文字列:
MNFNTPQQNK TPFSFGTANN NSNTTNQNSS TGAGAFGTGQ STFGFNNSAP NNTNNANSSI TPAFGSNNTG NTAFGNSNPT SNVFGSNNS TTNTFGSNSA GTSLFGSSSA QQTKSNGTAG GNTFGSSSLF NNSTNSNTTK PAFGGLNFGG GNNTTPSSTG N ANTSNNLF GATANANKPA FSFGATTNDD KKTEPDKPAF SFNSSVGNKT DAQAPTTGFS FGSQLGGNKT VNEAAKPSLS FG SGSAGAN PAGASQPEPT TNEPAKPALS FGTATSDNKT TNTTPSFSFG AKSDENKAGA TSKPAFSFGA KPEEKKDDNS SKP AFSFGA KSNEDKQDGT AKPAFSFGAK PAEKNNNETS KPAFSFGAKS DEKKDGDASK PAFSFGAKPD ENKASATSKP AFSF GAKPE EKKDDNSSKP AFSFGAKSNE DKQDGTAKPA FSFGAKPAEK NNNETSKPAF SFGAKSDEKK DGDASKPAFS FGAKS DEKK DSDSSKPAFS FGTKSNEKKD SGSSKPAFSF GAKPDEKKND EVSKPAFSFG AKANEKKESD ESKSAFSFGS KPTGKE EGD GAKAAISFGA KPEEQKSSDT SKPAFTFGAQ KDNEKKTEES STGKSTADVK SSDSLKLNSK PVELKPVSLD NKTLDDL VT KWTNQLTESA SHFEQYTKKI NSWDQVLVKG GEQISQLYSD AVMAEHSQNK IDQSLQYIER QQDELENFLD NFETKTEA L LSDVVSTSSG AAANNNDQKR QQAYKTAQTL DENLNSLSSN LSSLIVEINN VSNTFNKTTN IDINNEDENI QLIKILNSH FDALRSLDDN STSLEKQINS IKK

UniProtKB: Nucleoporin NSP1

+
分子 #5: Nucleoporin NUP57

分子名称: Nucleoporin NUP57 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 57.547145 KDa
配列文字列: MFGFSGSNNG FGNKPAGSTG FSFGQNNNNT NTQPSASGFG FGGSQPNSGT ATTGGFGANQ ATNTFGSNQQ SSTGGGLFGN KPALGSLGS SSTTASGTTA TGTGLFGQQT AQPQQSTIGG GLFGNKPTTT TGGLFGNSAQ NNSTTSGGLF GNKVGSTGSL M GGNSTQNT ...文字列:
MFGFSGSNNG FGNKPAGSTG FSFGQNNNNT NTQPSASGFG FGGSQPNSGT ATTGGFGANQ ATNTFGSNQQ SSTGGGLFGN KPALGSLGS SSTTASGTTA TGTGLFGQQT AQPQQSTIGG GLFGNKPTTT TGGLFGNSAQ NNSTTSGGLF GNKVGSTGSL M GGNSTQNT SNMNAGGLFG AKPQNTTATT GGLFGSKPQG STTNGGLFGS GTQNNNTLGG GGLFGQSQQP QTNTAPGLGN TV STQPSFA WSKPSTGSNL QQQQQQQIQV PLQQTQAIAQ QQQLSNYPQQ IQEQVLKCKE SWDPNTTKTK LRAFVYNKVN ETE AILYTK PGHVLQEEWD QAMEKKPSPQ TIPIQIYGFE GLNQRNQVQT ENVAQARIIL NHILEKSTQL QQKHELDTAS RILK AQSRN VEIEKRILKL GTQLATLKNR GLPLGIAEEK MWSQFQTLLQ RSEDPAGLGK TNELWARLAI LKERAKNISS QLDSK LMVF NDDTKNQDSM SKGTGEESND RINKIVEILT NQQRGITYLN EVLEKDAAIV KKYKNKT

UniProtKB: Nucleoporin NUP57

+
分子 #6: Nucleoporin NUP49/NSP49

分子名称: Nucleoporin NUP49/NSP49 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 49.174762 KDa
配列文字列: MFGLNKASST PAGGLFGQAS GASTGNANTG FSFGGTQTGQ NTGPSTGGLF GAKPAGSTGG LGASFGQQQQ QSQTNAFGGS ATTGGGLFG NKPNNTANTG GGLFGANSNS NSGSLFGSNN AQTSRGLFGN NNTNNINNSS SGMNNASAGL FGSKPAGGTS L FGNTSTSS ...文字列:
MFGLNKASST PAGGLFGQAS GASTGNANTG FSFGGTQTGQ NTGPSTGGLF GAKPAGSTGG LGASFGQQQQ QSQTNAFGGS ATTGGGLFG NKPNNTANTG GGLFGANSNS NSGSLFGSNN AQTSRGLFGN NNTNNINNSS SGMNNASAGL FGSKPAGGTS L FGNTSTSS APAQNQGMFG AKPAGTSLFG NNAGNTTTGG GLFGSKPTGA TSLFGSSNNN NNNNNSNNIM SASGGLFGNQ QQ QLQQQPQ MQCALQNLSQ LPITPMTRIS ELPPQIRQEI EQLDQYIQKQ VQISHHLKAD TIDHDELIDS IPRDVAYLLK SES ATSQYL KQDLKKISSF KSLIDEDLLD TQTFSVLLQQ LLTPGSKISS NDLDKFFQKK IHLYEKKLED YCRILSDIET AVNG IDTDL FGAPNNPNST AITADLGSSE AENLLQLKTG LAAIVSTVIE EFTLFMDIAE RIAVLHQKTK TLASLSI

UniProtKB: Nucleoporin NUP49/NSP49

+
分子 #7: Nucleoporin NUP192

分子名称: Nucleoporin NUP192 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 191.718125 KDa
配列文字列: MKWSAIPFQT LYRSIESGEF DFDLFKEVLP DLQNLNLNTD KLKNNASRSQ LEKGEIELSD GSTFKVNQEF IFEAISLSDE LNLDEIVAC ELILSGDTTA NNGKVQYFLR RQYILQIVSF IVNCFHEDTE LYQELIKNGA LVSNILSAFK FIHTQLSEIK Q QINKAQIL ...文字列:
MKWSAIPFQT LYRSIESGEF DFDLFKEVLP DLQNLNLNTD KLKNNASRSQ LEKGEIELSD GSTFKVNQEF IFEAISLSDE LNLDEIVAC ELILSGDTTA NNGKVQYFLR RQYILQIVSF IVNCFHEDTE LYQELIKNGA LVSNILSAFK FIHTQLSEIK Q QINKAQIL ENYNALFQQN IKFRRDFLLR EYDILSQILY GLVDKGAIMK NKDFILSLLH HVSELDSNDF FIIYYTPAFF HL FASLRVL PDADVKLLHS QFMKDLKDDS IYTKPVKVAL IFIFFAYFIG WCKEDPKRRA DTMDFKTDVD EPMTSAVELG AIE QILIFA ADTSIVEQDK SMELFYDIRS LLERHIPRLI PKQLLDDEKI FSQTTNSTYN PASATDNMSG RGLWNPSYPG MMST TGTAR LNSMPNNVNE YSYTTIVLSD QTQEFFLSSF DDVLQTIITD CAFLLTKIKD AEEDSLLSGE DLTLDDISLK ADLER FFLS IYFFYASRPE YSCTFWSDKE SNAYGFIEWC SRCNDNLMRS CFYLMVSSLS FGPENALNVY HYFGENSSIS WKNIAQ CLS DYTKKISNFN SSLHKRQQFS ESTHNDIDST AVALEEGLNE EAVIFLSSLL TLVGSVTYQV DEDVKSSLSK VFSDVLF EF TKINTPLVGA AFKVISNLVP KLESSRTKFW SFLDSLIFKD SSLNYSSESY RNAFTNVLTK YSDVLGFLQL FHNLISIH S RENNSEYMVF GKLAFPTRLG QGYRKVGIWP YFDYIFNDIL AHVDQIVDIR NKRAVQLPIL KIIYTGLCSF DYSVILNSI PAAANLDALV DCENFFNYVQ ECPAIPIFNY IFTEKIYKSI FNVVDVGVDQ LSIELEGGKN QAELLQLAVK IINKVLDYQE TYVEELFPI VKKHGKTDYF LPKNYSLHGL RSFYDAIFFN IPLVAHLGLY VGVDDQILAT NSLRILAKLS ERSNGSVASL S KRNKLLTI FDSVDESARI KDAFITQLES SITDAGVLAL KLELLDFLTS NLSNYSRTMT ISHLLLGFQV SNVISLGPNL AT FISSGTS LLDSLISVLE ASLNSITKDN IDYAPMRLAT AALEIILKLC RNPLTSGLLY SYLIKENFFE RIMILDPQVT RFT TWNGSP FDNSTEEKCK NFIESESVGA FLSFLAYRNY WTQYLGLFIH KISFSGTKSE VLTYVNYLIS NTMYSVRLFS FLDP LNYGN ICEPKETLSI FTNVPLNLEQ VTLNKYCSGN IYDFHKMENL MRLIKRVRAE SLHSNSFSLT VSKEQFLKDA DVECI KAKS HFTNIISRNK ALELNLSVLH SWVQLVQIIV TDGKLEPSTR SNFILEVFGT IIPKISDYIE FNITFSEELV SLAVFL FDI YNRDRKLITD KGTVDGRLYQ LFKTCIQGIN SPLSSVALRS DFYILANHYL SRVLSDQVGS EKVLQDLRLG SKKLVEI IW NDVVYGEGTS RVTGILLLDS LIQLANRSKE NFILDSLMKT TRLLLIIRSL KNTDALLNST TEHINIDDLL YELTAFKA T VFFLIRVAET RGGASALIEN NLFRIIAELS FLKVDPDLGL DLMFDEVYVQ NSKFLKVNVT LDNPLLVDKD ANGVSLFEL IVPIFQLISA VLVSMGSSNK AVVQTVKGLL NTYKRLVIGI FKRDLLREKE DKKNSSDPNN QSLNEMVKLI VMLCTLTGYQ NND

UniProtKB: Nucleoporin NUP192

+
分子 #8: Nucleoporin NUP188

分子名称: Nucleoporin NUP188 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 188.753281 KDa
配列文字列: MATPSFGNSS PQLTFTHVAN FMNDAAADVS AVDAKQLAQI RQFLKANKTN LIESLNTIRQ NVTSSGDHNK LRSTIANLLQ INVDNDPFF AQSEDLSHAV EFFMSERSSR LHIVYSLLVN PDIDLETYSF IDNDRFNVVG KLISIISSVI QNYDIITASS L AHDYNNDQ ...文字列:
MATPSFGNSS PQLTFTHVAN FMNDAAADVS AVDAKQLAQI RQFLKANKTN LIESLNTIRQ NVTSSGDHNK LRSTIANLLQ INVDNDPFF AQSEDLSHAV EFFMSERSSR LHIVYSLLVN PDIDLETYSF IDNDRFNVVG KLISIISSVI QNYDIITASS L AHDYNNDQ DMFTIVSLVQ LKKFSDLKFI LQILQILNLM ILNTKVPVDI VNQWFLQYQN QFVEFCRNIN STDKSIDTSS LQ LYKFQNF QDLSYLSETL ISRISSLFTI TTILILGLNT SIAQFDIQSP LYMDTETFDT VNSALENDVA TNIVNEDPIF HPM IHYSWS FILYYRRALQ SSESFDDSDI TKFALFAESH DVLQKLNTLS EILSFDPVYT TVITVFLEFS LNFIPITAST SRVF AKIIS KAPEQFIENF LTNDTFEKKL SIIKAKLPLL NESLIPLINL ALIDTEFANF ELKDICSFAV TKSSLNDLDY DLIAD TITN SSSSSDIIVP DLIELKSDLL VAPPLENENS NCLLSIPKST KGKILTIKQQ QQQQQQQNGQ QPPTTSNLII FLYKFN GWS LVGRILQNLL HSYMEKGTQL DDLQHELMIS IIKLVTNVVD PKTSIEKSSE ILSYLSNSLD TSASTINGAS IIQVIFE IF EISLQRKDYT SIVQCCEFMT MLTPNYLHLV SSYLNKSDLL DKYGKTGLSN MILGSVELST GDYTFTIQLL KLTKVFIR E SLSLKNIHIS KRSKIDIINK LILHAIHIFE SYYNWKYNNF LQKFEIAFHL TLIFYDVLHD VFTINPHQKD QLIISSSAN KLLQLFLTPM DSIDLAPNTL TNILISPLNT TTKILGDKIL GNLYSKVMNN SFKLCTLLIA IRGSNRDLKP SNLEKLLFIN SSKLVDVYT LPSYVHFKVQ IIELLSYLVE APWNDDYPFL LSFLGEAKSM AFLKEVLSDL SSPVQDWNLL RSLYIFFTTL L ESKQDGLS ILFLTGQFAS NKKINDESSI DKKSSILTVL QKNSLLLDST PEEVSCKLLE TITYVLNTWT NSKIFIKDPK FV NSLLAKL KDSKKLFQKK ENLTRDETVS LIKKYKLISR IVEIFALCIY NSTDSNSEIL NFLNQEDLFE LVHHFFQIDG FNK TFHDEL NLKFKEKWPS LELQSFQKIP LSRINENENF GYDIPLLDIV LKADRSWNEP SKSQTNFKEE ITDASLNLQY VNYE ISTAK AWGALITTFV KRSTVPLNDG FVDLVEHFLK LNIDFGSDKQ MFTQIYLERI ELSFYILYSF KLSGKLLKEE KIIEL MNKI FTIFKSGEID FIKNIGKSLK NNFYRPLLRS VLVLLELVSS GDRFIELISD QLLEFFELVF SKGVYLILSE ILCQIN KCS TRGLSTDHTT QIVNLEDNTQ DLLLLLSLFK KITNVNPSKN FNVILASSLN EVGTLKVILN LYSSAHLIRI NDEPILG QI TLTFISELCS IEPIAAKLIN SGLYSVLLES PLSVAIQQGD IKPEFSPRLH NIWSNGLLSI VLLLLSQFGI KVLPETCL F VSYFGKQIKS TIYNWGDNKL AVSSSLIKET NQLVLLQKML NLLNYQELFI QPKNSDDQQE AVELVIGLDS EHDKKRLSA ALSKFLTHPK YLNSRIIPTT LEEQQQLEDE SSRLEFVKGI SRDIKALQDS LFKDV

UniProtKB: Nucleoporin NUP188

+
分子 #9: Nucleoporin NIC96

分子名称: Nucleoporin NIC96 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 96.291586 KDa
配列文字列: MLETLRGNKL HSGTSKGANK KLNELLESSD NLPSASSELG SIQVSINELR RRVFQLRSKN KASKDYTKAH YLLANSGLSF EDVDAFIKD LQTNQFLEPN PPKIIESEEL EFYIRTKKEE NILMSIEQLL NGATKDFDNF INHNLNLDWA QHKNEVMKNF G ILIQDKKT ...文字列:
MLETLRGNKL HSGTSKGANK KLNELLESSD NLPSASSELG SIQVSINELR RRVFQLRSKN KASKDYTKAH YLLANSGLSF EDVDAFIKD LQTNQFLEPN PPKIIESEEL EFYIRTKKEE NILMSIEQLL NGATKDFDNF INHNLNLDWA QHKNEVMKNF G ILIQDKKT VDHKKSISSL DPKLPSWGNK GNNILNSNES RLNVNENNIL REKFENYARI VFQFNNSRQA NGNFDIANEF IS ILSSANG TRNAQLLESW KILESMKSKD INIVEVGKQY LEQQFLQYTD NLYKKNMNEG LATNVNKIKS FIDTKLKKAD KSW KISNLT VINGVPIWAL IFYLLRAGLI KEALQVLVEN KANIKKVEQS FLTYFKAYAS SKDHGLPVEY STKLHTEYNQ HIKS SLDGD PYRLAVYKLI GRCDLSRKNI PAVTLSIEDW LWMHLMLIKE KDAENDPVYE RYSLEDFQNI IISYGPSRFS NYYLQ TLLL SGLYGLAIDY TYTFSEMDAV HLAIGLASLK LFKIDSSTRL TKKPKRDIRF ANILANYTKS FRYSDPRVAV EYLVLI TLN EGPTDVELCH EALRELVLET KEFTVLLGKI GRDGARIPGV IEERQPLLHV RDEKEFLHTI TEQAARRADE DGRIYDS IL LYQLAEEYDI VITLVNSLLS DTLSASDLDQ PLVGPDDNSE TNPVLLARRM ASIYFDNAGI SRQIHVKNKE ICMLLLNI S SIRELYFNKQ WQETLSQMEL LDLLPFSDEL SARKKAQDFS NLDDNIVKNI PNLLIITLSC ISNMIHILNE SKYQSSTKG QQIDSLKNVA RQCMIYAGMI QYRMPRETYS TLINIDVSL

UniProtKB: Nucleoporin NIC96

+
分子 #10: Nucleoporin NUP53

分子名称: Nucleoporin NUP53 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 52.688668 KDa
配列文字列: MADLQKQENS SRFTNVSVIA PESQGQHEQQ KQQEQLEQQK QPTGLLKGLN GFPSAPQPLF MEDPPSTVSG ELNDNPAWFN NPRKRAIPN SIIKRSNGQS LSPVRSDSAD VPAFSNSNGF NNVTFGSKKD PRILKNVSPN DNNSANNNAH SSDLGTVVFD S NEAPPKTS ...文字列:
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UniProtKB: Nucleoporin NUP53

+
分子 #11: Nucleoporin ASM4

分子名称: Nucleoporin ASM4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 58.853902 KDa
配列文字列: MFGIRSGNNN GGFTNLTSQA PQTTQMFQSQ SQLQPQPQPQ PQQQQQHLQF NGSSDASSLR FGNSLSNTVN ANNYSSNIGN NSINNNNIK NGTNNISQHG QGNNPSWVNN PKKRFTPHTV IRRKTTKQNS SSDINQNDDS SSMNATMRNF SKQNQDSKHN E RNKSAANN ...文字列:
MFGIRSGNNN GGFTNLTSQA PQTTQMFQSQ SQLQPQPQPQ PQQQQQHLQF NGSSDASSLR FGNSLSNTVN ANNYSSNIGN NSINNNNIK NGTNNISQHG QGNNPSWVNN PKKRFTPHTV IRRKTTKQNS SSDINQNDDS SSMNATMRNF SKQNQDSKHN E RNKSAANN DINSLLSNFN DIPPSVTLQD WQREDEFGSI PSLTTQFVTD KYTAKKTNRS AYDSKNTPNV FDKDSYVRIA NI EQNHLDN NYNTAETNNK VHETSSKSSS LSAIIVFGYP ESISNELIEH FSHFGHIMED FQVLRLGRGI NPNTFRIFHN HDT GCDEND STVNKSITLK GRNNESNNKK YPIFTGESWV KLTYNSPSSA LRALQENGTI FRGSLIGCIP YSKNAVEQLA GCKI DNVDD IGEFNVSMYQ NSSTSSTSNT PSPPNVIITD GTLLREDDNT PAGHAGNPTN ISSPIVANSP NKRLDVIDGK LPFMQ NAGP NSNIPNLLRN LESKMRQQEA KYRNNEPAGF THKLSNWLFG WNDL

UniProtKB: Nucleoporin ASM4

+
分子 #12: Nucleoporin NUP82

分子名称: Nucleoporin NUP82 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 82.174047 KDa
配列文字列: MSQSSRLSAL PIFQASLSAS QSPRYIFSSQ NGTRIVFIQD NIIRWYNVLT DSLYHSLNFS RHLVLDDTFH VISSTSGDLL CLFNDNEIF VMEVPWGYSN VEDVSIQDAF QIFHYSIDEE EVGPKSSIKK VLFHPKSYRD SCIVVLKEDD TITMFDILNS Q EKPIVLNK ...文字列:
MSQSSRLSAL PIFQASLSAS QSPRYIFSSQ NGTRIVFIQD NIIRWYNVLT DSLYHSLNFS RHLVLDDTFH VISSTSGDLL CLFNDNEIF VMEVPWGYSN VEDVSIQDAF QIFHYSIDEE EVGPKSSIKK VLFHPKSYRD SCIVVLKEDD TITMFDILNS Q EKPIVLNK PNNSFGLDAR VNDITDLEFS KDGLTLYCLN TTEGGDIFAF YPFLPSVLLL NEKDLNLILN KSLVMYESLD ST TDVIVKR NVIKQLQFVS KLHENWNSRF GKVDIQKEYR LAKVQGPFTI NPFPGELYDY TATNIATILI DNGQNEIVCV SFD DGSLIL LFKDLEMSMS WDVDNYVYNN SLVLIERVKL QREIKSLITL PEQLGKLYVI SDNIIQQVNF MSWASTLSKC INES DLNPL AGLKFESKLE DIATIERIPN LAYINWNDQS NLALMSNKTL TFQNISSDMK PQSTAAETSI STEKSDTVGD GFKMS FTQP INEILILNDN FQKACISPCE RIIPSADRQI PLKNEASENQ LEIFTDISKE FLQRIVKAQT LGVSIHNRIH EQQFEL TRQ LQSTCKIISK DDDLRRKFEA QNKKWDAQLS RQSELMERFS KLSKKLSQIA ESNKFKEKKI SHGEMKWFKE IRNQILQ FN SFVHSQKSLQ QDLSYLKSEL TRIEAETIKV DKKSQNEWDE LRKMLEIDSK IIKECNEELL QVSQEFTTKT Q

UniProtKB: Nucleoporin NUP82

+
分子 #13: Nucleoporin NUP159

分子名称: Nucleoporin NUP159 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 159.067188 KDa
配列文字列: MSSLKDEVPT ETSEDFGFKF LGQKQILPSF NEKLPFASLQ NLDISNSKSL FVAASGSKAV VGELQLLRDH ITSDSTPLTF KWEKEIPDV IFVCFHGDQV LVSTRNALYS LDLEELSEFR TVTSFEKPVF QLKNVNNTLV ILNSVNDLSA LDLRTKSTKQ L AQNVTSFD ...文字列:
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UniProtKB: Nucleoporin NUP159

+
分子 #14: Nucleoporin NUP120

分子名称: Nucleoporin NUP120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 120.560328 KDa
配列文字列: MACLSRIDAN LLQYYEKPEP NNTVDLYVSN NSNNNGLKEG DKSISTPVPQ PYGSEYSNCL LLSNSEYICY HFSSRSTLLT FYPLSDAYH GKTINIHLPN ASMNQRYTLT IQEVEQQLLV NVILKDGSFL TLQLPLSFLF SSANTLNGEW FHLQNPYDFT V RVPHFLFY ...文字列:
MACLSRIDAN LLQYYEKPEP NNTVDLYVSN NSNNNGLKEG DKSISTPVPQ PYGSEYSNCL LLSNSEYICY HFSSRSTLLT FYPLSDAYH GKTINIHLPN ASMNQRYTLT IQEVEQQLLV NVILKDGSFL TLQLPLSFLF SSANTLNGEW FHLQNPYDFT V RVPHFLFY VSPQFSVVFL EDGGLLGLKK VDGVHYEPLL FNDNSYLKSL TRFFSRSSKS DYDSVISCKL FHERYLIVLT QN CHLKIWD LTSFTLIQDY DMVSQSDSDP SHFRKVEAVG EYLSLYNNTL VTLLPLENGL FQMGTLLVDS SGILTYTFQN NIP TNLSAS AIWSIVDLVL TRPLELNVEA SYLNLIVLWK SGTASKLQIL NVNDESFKNY EWIESVNKSL VDLQSEHDLD IVTK TGDVE RGFCNLKSRY GTQIFERAQQ ILSENKIIMA HNEDEEYLAN LETILRDVKT AFNEASSITL YGDEIILVNC FQPYN HSLY KLNTTVENWF YNMHSETDGS ELFKYLRTLN GFASTLSNDV LRSISKKFLD IITGELPDSM TTVEKFTDIF KNCLEN QFE ITNLKILFDE LNSFDIPVVL NDLINNQMKP GIFWKKDFIS AIKFDGFTSI ISLESLHQLL SIHYRITLQV LLTFVLF DL DTEIFGQHIS TLLDLHYKQF LLLNLYRQDK CLLAEVLLKD SSEFSFGVKF FNYGQLIAYI DSLNSNVYNA SITENSFF M TFFRSYIIEN TSHKNIRFFL ENVECPFYLR HNEVQEFMFA MTLFSCGNFD QSYEIFQLHD YPEAINDKLP TFLEDLKSE NYHGDSIWKD LLCTFTVPYR HSAFYYQLSL LFDRNNSQEF ALKCISKSAE YSLKEIQIEE LQDFKEKQHI HYLNLLIHFR MFEEVLDVL RLGHECLSDT VRTNFLQLLL QEDIYSRDFF STLLRLCNAH SDNGELYLRT VDIKIVDSIL SQNLRSGDWE C FKKLYCFR MLNKSERAAA EVLYQYILMQ ADLDVIRKRK CYLMVINVLS SFDSAYDQWI LNGSKVVTLT DLRDELRGL

UniProtKB: Nucleoporin NUP120

+
分子 #15: Nucleoporin NUP85

分子名称: Nucleoporin NUP85 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 84.972438 KDa
配列文字列: MTIDDSNRLL MDVDQFDFLD DGTAQLSNNK TDEEEQLYKR DPVSGAILVP MTVNDQPIEK NGDKMPLKFK LGPLSYQNMA FITAKDKYK LYPVRIPRLD TSKEFSAYVS GLFEIYRDLG DDRVFNVPTI GVVNSNFAKE HNATVNLAME AILNELEVFI G RVKDQDGR ...文字列:
MTIDDSNRLL MDVDQFDFLD DGTAQLSNNK TDEEEQLYKR DPVSGAILVP MTVNDQPIEK NGDKMPLKFK LGPLSYQNMA FITAKDKYK LYPVRIPRLD TSKEFSAYVS GLFEIYRDLG DDRVFNVPTI GVVNSNFAKE HNATVNLAME AILNELEVFI G RVKDQDGR VNRFYELEES LTVLNCLRTM YFILDGQDVE ENRSEFIESL LNWINRSDGE PDEEYIEQVF SVKDSTAGKK VF ETQYFWK LLNQLVLRGL LSQAIGCIER SDLLPYLSDT CAVSFDAVSD SIELLKQYPK DSSSTFREWK NLVLKLSQAF GSS ATDISG ELRDYIEDFL LVIGGNQRKI LQYSRTWYES FCGFLLYYIP SLELSAEYLQ MSLEANVVDI TNDWEQPCVD IISG KIHSI LPVMESLDSC TAAFTAMICE AKGLIENIFE GEKNSDDYSN EDNEMLEDLF SYRNGMASYM LNSFAFELCS LGDKE LWPV AIGLIALSAT GTRSAKKMVI AELLPHYPFV TNDDIEWMLS ICVEWRLPEI AKEIYTTLGN QMLSAHNIIE SIANFS RAG KYELVKSYSW LLFEASCMEG QKLDDPVLNA IVSKNSPAED DVIIPQDILD CVVTNSMRQT LAPYAVLSQF YELRDRE DW GQALRLLLLL IEFPYLPKHY LVLLVAKFLY PIFLLDDKKL MDEDSVATVI EVIETKWDDA DEKSSNLYET IIEADKSL P SSMATLLKNL RKKLNFKLCQ AFM

UniProtKB: Nucleoporin NUP85

+
分子 #16: Nucleoporin 145c

分子名称: Nucleoporin 145c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 81.157852 KDa
配列文字列: SIWGLVNEED AEIDEDDLSK QEDGGEQPLR KVRTLAQSKP SDKEVILKTD GTFGTLSGKD DSIVEEKAYE PDLSDADFEG IEASPKLDV SKDWVEQLIL AGSSLRSVFA TSKEFDGPCQ NEIDLLFSEC NDEIDNAKLI MKERRFTASY TFAKFSTGSM L LTKDIVGK ...文字列:
SIWGLVNEED AEIDEDDLSK QEDGGEQPLR KVRTLAQSKP SDKEVILKTD GTFGTLSGKD DSIVEEKAYE PDLSDADFEG IEASPKLDV SKDWVEQLIL AGSSLRSVFA TSKEFDGPCQ NEIDLLFSEC NDEIDNAKLI MKERRFTASY TFAKFSTGSM L LTKDIVGK SGVSIKRLPT ELQRKFLFDD VYLDKEIEKV TIEARKSNPY PQISESSLLF KDALDYMEKT SSDYNLWKLS SI LFDPVSY PYKTDNDQVK MALLKKERHC RLTSWIVSQI GPEIEEKIRN SSNEIEQIFL YLLLNDVVRA SKLAIESKNG HLS VLISYL GSNDPRIRDL AELQLQKWST GGCSIDKNIS KIYKLLSGSP FEGLFSLKEL ESEFSWLCLL NLTLCYGQID EYSL ESLVQ SHLDKFSLPY DDPIGVIFQL YAANENTEKL YKEVRQRTNA LDVQFCWYLI QTLRFNGTRV FSKETSDEAT FAFAA QLEF AQLHGHSLFV SCFLNDDKAA EDTIKRLVMR EITLLRASTN DHILNRLKIP SQLIFNAQAL KDRYEGNYLS EVQNLL LGS SYDLAEMAIV TSLGPRLLLS NNPVQNNELK TLREILNEFP DSERDKWSVS INVFEVYLKL VLDNVETQET IDSLISG MK IFYDQYKHCR EVAACCNVMS QEIVSKILEK NNPSIGDSKA KLLELPLGQP EKAYLRGEFA QDLMKCTYKI

UniProtKB: Nucleoporin NUP145

+
分子 #17: Protein transport protein SEC13

分子名称: Protein transport protein SEC13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 33.082965 KDa
配列文字列: MVVIANAHNE LIHDAVLDYY GKRLATCSSD KTIKIFEVEG ETHKLIDTLT GHEGPVWRVD WAHPKFGTIL ASCSYDGKVL IWKEENGRW SQIAVHAVHS ASVNSVQWAP HEYGPLLLVA SSDGKVSVVE FKENGTTSPI IIDAHAIGVN SASWAPATIE E DGEHNGTK ...文字列:
MVVIANAHNE LIHDAVLDYY GKRLATCSSD KTIKIFEVEG ETHKLIDTLT GHEGPVWRVD WAHPKFGTIL ASCSYDGKVL IWKEENGRW SQIAVHAVHS ASVNSVQWAP HEYGPLLLVA SSDGKVSVVE FKENGTTSPI IIDAHAIGVN SASWAPATIE E DGEHNGTK ESRKFVTGGA DNLVKIWKYN SDAQTYVLES TLEGHSDWVR DVAWSPTVLL RSYLASVSQD RTCIIWTQDN EQ GPWKKTL LKEEKFPDVL WRASWSLSGN VLALSGGDNK VTLWKENLEG KWEPAGEVHQ

UniProtKB: Protein transport protein SEC13

+
分子 #18: Nucleoporin SEH1

分子名称: Nucleoporin SEH1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 39.170758 KDa
配列文字列: MQPFDSGHDD LVHDVVYDFY GRHVATCSSD QHIKVFKLDK DTSNWELSDS WRAHDSSIVA IDWASPEYGR IIASASYDKT VKLWEEDPD QEECSGRRWN KLCTLNDSKG SLYSVKFAPA HLGLKLACLG NDGILRLYDA LEPSDLRSWT LTSEMKVLSI P PANHLQSD ...文字列:
MQPFDSGHDD LVHDVVYDFY GRHVATCSSD QHIKVFKLDK DTSNWELSDS WRAHDSSIVA IDWASPEYGR IIASASYDKT VKLWEEDPD QEECSGRRWN KLCTLNDSKG SLYSVKFAPA HLGLKLACLG NDGILRLYDA LEPSDLRSWT LTSEMKVLSI P PANHLQSD FCLSWCPSRF SPEKLAVSAL EQAIIYQRGK DGKLHVAAKL PGHKSLIRSI SWAPSIGRWY QLIATGCKDG RI RIFKITE KLSPLASEES LTNSNMFDNS ADVDMDAQGR SDSNTEEKAE LQSNLQVELL SEHDDHNGEV WSVSWNLTGT ILS SAGDDG KVRLWKATYS NEFKCMSVIT AQQ

UniProtKB: Nucleoporin SEH1

+
分子 #19: Nucleoporin NUP84

分子名称: Nucleoporin NUP84 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 83.718867 KDa
配列文字列: MELSPTYQTE RFTKFSDTLK EFKIEQNNEQ NPIDPFNIIR EFRSAAGQLA LDLANSGDES NVISSKDWEL EARFWHLVEL LLVFRNADL DLDEMELHPY NSRGLFEKKL MQDNKQLYQI WIVMVWLKEN TYVMERPKNV PTSKWLNSIT SGGLKSCDLD F PLRENTNV ...文字列:
MELSPTYQTE RFTKFSDTLK EFKIEQNNEQ NPIDPFNIIR EFRSAAGQLA LDLANSGDES NVISSKDWEL EARFWHLVEL LLVFRNADL DLDEMELHPY NSRGLFEKKL MQDNKQLYQI WIVMVWLKEN TYVMERPKNV PTSKWLNSIT SGGLKSCDLD F PLRENTNV LDVKDKEEDH IFFKYIYELI LAGAIDEALE EAKLSDNISI CMILCGIQEY LNPVIDTQIA NEFNTQQGIK KH SLWRRTV YSLSQQAGLD PYERAIYSYL SGAIPNQEVL QYSDWESDLH IHLNQILQTE IENYLLENNQ VGTDELILPL PSH ALTVQE VLNRVASRHP SESEHPIRVL MASVILDSLP SVIHSSVEML LDVVKGTEAS NDIIDKPYLL RIVTHLAICL DIIN PGSVE EVDKSKLITT YISLLKLQGL YENIPIYATF LNESDCLEAC SFILSSLEDP QVRKKQIETI NFLRLPASNI LRRTT QRVF DETEQEYSPS NEISISFDVN NIDMHLIYGV EWLIEGKLYV DAVHSIIALS RRFLLNGRVK ALEQFMERNN IGEICK NYE LEKIADNISK DENEDQFLEE ITQYEHLIKG IREYEEWQKS VSLLSSESNI PTLIEKLQGF SKDTFELIKT FLVDLTS SN FADSADYEIL YEIRALYTPF LLMELHKKLV EAAKLLKIPK FISEALAFTS LVANENDKIY LLFQSSGKLK EYLDLVAR T ATLSN

UniProtKB: Nucleoporin NUP84

+
分子 #20: Nucleoporin NUP133

分子名称: Nucleoporin NUP133 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 133.452672 KDa
配列文字列: MSEKKVHLRL RKELSVPIAV VENESLAQLS YEEESQASLM DISMEQQQLR LHSHFDNSKV FTENNRYIVK TLQTDYSSGF SNDDELNGY IDMQIGYGLV NDHKKVYIWN IHSTQKDTPY ITVPFRSDDN DEIAVAPRCI LTFPATMDES PLALNPNDQD E TGGLIIIK ...文字列:
MSEKKVHLRL RKELSVPIAV VENESLAQLS YEEESQASLM DISMEQQQLR LHSHFDNSKV FTENNRYIVK TLQTDYSSGF SNDDELNGY IDMQIGYGLV NDHKKVYIWN IHSTQKDTPY ITVPFRSDDN DEIAVAPRCI LTFPATMDES PLALNPNDQD E TGGLIIIK GSKAIYYEDI NSINNLNFKL SEKFSHELEL PINSSGGEKC DLMLNCEPAG IVLSTNMGRI FFITIRNSMG KP QLKLGKL LNKPFKLGIW SKIFNTNSSV VSLRNGPILG KGTRLVYITT NKGIFQTWQL SATNSHPTKL IDVNIYEAIL ESL QDLYPF AHGTLKIWDS HPLQDESSQL FLSSIYDSSC NETYYILSTI IFDSSSNSFT IFSTYRLNTF MESITDTKFK PKIF IPQME NANDTNEVTS ILVMFPNAVV ITQVNSKLDS SYSMRRKWED IVSLRNDIDI IGSGYDSKSL YVLTKQMGVL QFFVK ENEE TNSKPEVGFV KSHVDQAVYF SKINANPIDF NLPPEISLDQ ESIEHDLKLT SEEIFHSNGK YIPPMLNTLG QHLSVR KEF FQNFLTFVAK NFNYKISPEL KLDLIEKFEI LNCCIKFNSI IRQSDVLNDI WEKTLSNYNL TQNEHLTTKT VVINSPD VF PVIFKQFLNH VVFVLFPSQN QNFKLNVTNL INLCFYDGIL EEGEKTIRYE LLELDPMEVD TSKLPWFINF DYLNCINQ C FFDFTFACEE EGSLDSYKEG LLKIVKILYY QFNQFKIWIN TQPVKSVNAN DNFININNLY DDNHLDWNHV LCKVNLKEQ CIQIAEFYKD LSGLVQTLQT LDQNDSTTVS LYETFFNEFP KEFSFTLFEY LIKHKKLNDL IFRFPQQHDV LIQFFQESAP KYGHVAWIQ QILDGSYADA MNTLKNITVD DSKKGESLSE CELHLNVAKL SSLLVEKDNL DINTLRKIQY NLDTIDAEKN I SNKLKKGE VQICKRFKNG SIREVFNILV EELKSTTVVN LSDLVELYSM LDDEESLFIP LRLLSVDGNL LNFEVKKFLN AL VWRRIVL LNASNEGDKL LQHIVKRVFD EELPKNNDFP LPSVDLLCDK SLLTPEYISE TYGRFPIDQN AIREEIYEEI SQV ETLNSD NSLEIKLHST IGSVAKEKNY TINYETNTVE Y

UniProtKB: Nucleoporin NUP133

+
分子 #21: Dynein light chain 1, cytoplasmic

分子名称: Dynein light chain 1, cytoplasmic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 10.45698 KDa
配列文字列:
MSDENKSTPI VKASDITDKL KEDILTISKD ALDKYQLERD IAGTVKKQLD VKYGNTWHVI VGKNFGSYVT HEKGHFVYFY IGPLAFLVF KTA

UniProtKB: Dynein light chain 1, cytoplasmic

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE
詳細: A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich).
詳細W303 yeast cells were harvested during log-phase growth and diluted to an 0.8 x 107 cells/mL in YPD media. Five uL of this diluted sample was applied to glow-discharged 200-mesh, Quantafoil R2/1 grids (Electron Microscopy Sciences), excess media was manually blotted from the grid back side (opposite to the carbon substrate where the cells were deposited) and the grid was plunge frozen in a liquid ethane-propane mixture (50/50 volume, Airgas) then cryogenic, FIB milling was performed in an Aquilos DualBeam (Thermo Fisher Scientific)

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
詳細Tilt series collection: dose-symmetric & bi-directional
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3708 pixel / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 4.5 e/Å2
詳細: Images were collected in movie-mode at ~8 frames per second
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 2.5 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 倍率（公称値）: 42000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

詳細The tilt images were motion-corrected but not dose-weighted.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C8 (8回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 37.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.9) / 使用したサブトモグラム数: 518
抽出トモグラム数: 293 / 使用した粒子像数: 577 / 手法: Manual boxing
詳細: The full nuclear pores were manually identified in the tomograms for the manual boxing.
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

詳細Manual docking and limited molecular dynamics flexible fitting
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: cross-correlation
得られたモデル

PDB-7n9f:
Structure of the in situ yeast NPC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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