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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24238 | |||||||||
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タイトル | Melbournevirus nucleosome like particle | |||||||||
![]() | Melbournevirus nucleosome like particle | |||||||||
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![]() | nucleosome / Virus / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.89 Å | |||||||||
![]() | Liu Y / Toner CM | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Virus-encoded histone doublets are essential and form nucleosome-like structures. 著者: Yang Liu / Hugo Bisio / Chelsea Marie Toner / Sandra Jeudy / Nadege Philippe / Keda Zhou / Samuel Bowerman / Alison White / Garrett Edwards / Chantal Abergel / Karolin Luger / ![]() ![]() 要旨: The organization of genomic DNA into defined nucleosomes has long been viewed as a hallmark of eukaryotes. This paradigm has been challenged by the identification of "minimalist" histones in archaea ...The organization of genomic DNA into defined nucleosomes has long been viewed as a hallmark of eukaryotes. This paradigm has been challenged by the identification of "minimalist" histones in archaea and more recently by the discovery of genes that encode fused remote homologs of the four eukaryotic histones in Marseilleviridae, a subfamily of giant viruses that infect amoebae. We demonstrate that viral doublet histones are essential for viral infectivity, localize to cytoplasmic viral factories after virus infection, and ultimately are found in the mature virions. Cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structures of viral nucleosome-like particles show strong similarities to eukaryotic nucleosomes despite the limited sequence identify. The unique connectors that link the histone chains contribute to the observed instability of viral nucleosomes, and some histone tails assume structural roles. Our results further expand the range of "organisms" that require nucleosomes and suggest a specialized function of histones in the biology of these unusual viruses. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 2.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14.7 KB 14.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 8.9 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 22.3 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 64 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 5.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Melbournevirus nucleosome like particle | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.065 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Melbournevirus nucleosome like particle
全体 | 名称: Melbournevirus nucleosome like particle |
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要素 |
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-超分子 #1: Melbournevirus nucleosome like particle
超分子 | 名称: Melbournevirus nucleosome like particle / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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分子量 | 理論値: 218 KDa |
-超分子 #2: Histone H4-H3 doublet, Histone H2B-H2A doublet
超分子 | 名称: Histone H4-H3 doublet, Histone H2B-H2A doublet / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-超分子 #3: DNA 147-mer
超分子 | 名称: DNA 147-mer / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Histone H4-H3 doublet
分子 | 名称: Histone H4-H3 doublet / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 26.73718 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MHHHHHHGKP IPNPLLGLDS TENLYFQGSS KAGKKVKAQQ HGHLADHVSV GETQIPKAST QHLLRKAGSL SAAGDTEVPI RGFVHMKLH KLVQKSLLAM QLAKRKTIMK SDVKKAAELM HLPVFAIPTK DSGAKGSVFL SCRQKGAGSA GTGSETNSQE V RSQMKSTC ...文字列: MHHHHHHGKP IPNPLLGLDS TENLYFQGSS KAGKKVKAQQ HGHLADHVSV GETQIPKAST QHLLRKAGSL SAAGDTEVPI RGFVHMKLH KLVQKSLLAM QLAKRKTIMK SDVKKAAELM HLPVFAIPTK DSGAKGSVFL SCRQKGAGSA GTGSETNSQE V RSQMKSTC LIIPKERFRT MAKEISKKEG HDVHIAEAAL DMLQVIVESC TVRLLEKALV ITYSGKRTRV TSKDIETAFM LE HGPL UniProtKB: Histone H3-like protein |
-分子 #2: Histone H2B-H2A doublet
分子 | 名称: Histone H2B-H2A doublet / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 32.05816 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MHHHHHHGKP IPNPLLGLDS TENLYFQGSA TQKETTRKRD KSVNFRLGLR NMLAQIHPDI SVQTEALSEL SNIAVFLGKK ISHGAVTLL PEGTKTIKSS AVLLAAGDLY GKDLGRHAVG EMTKAVTRYG SAKESKEGSR SSKAKLQISV ARSERLLREH G GCSRVSEG ...文字列: MHHHHHHGKP IPNPLLGLDS TENLYFQGSA TQKETTRKRD KSVNFRLGLR NMLAQIHPDI SVQTEALSEL SNIAVFLGKK ISHGAVTLL PEGTKTIKSS AVLLAAGDLY GKDLGRHAVG EMTKAVTRYG SAKESKEGSR SSKAKLQISV ARSERLLREH G GCSRVSEG AAVALAAAIE YFMGEVLELA GNAARDSKKV RISVKHITLA IQNDAALFAV VGKGVFSGAG VSLISVPIPR KK ARKTTEK EASSPKKKAA PKKKKAASKQ KKSLSDKELA KLTKKELAKY EKEQGMSPGY UniProtKB: Histone H2B/H2A fusion protein |
-分子 #3: DNA (147-MER)
分子 | 名称: DNA (147-MER) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 45.153781 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA) (DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC) ...文字列: (DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA) (DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT) (DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT) (DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG) (DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT) (DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC) (DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT) (DC)(DT)(DC)(DC)(DA) (DG)(DG)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA)(DT)(DC) (DC)(DG)(DA)(DT) |
-分子 #4: DNA (147-MER)
分子 | 名称: DNA (147-MER) / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 45.594043 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT) ...文字列: (DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT) (DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG) (DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC) (DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT) (DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT) (DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC) (DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG) (DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC) (DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DC)(DT)(DC) (DA)(DG)(DA)(DT) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.8 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |