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万見
- EMDB-24230: Cryo-EM structure of human TMEM120A -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24230
タイトルCryo-EM structure of human TMEM120A
マップデータ
試料
  • 複合体: Human TMEM120A with CoA
    • タンパク質・ペプチド: Ion channel TACAN
  • リガンド: COENZYME A
キーワードTransmembrane protein / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


protein heterooligomerization / nuclear inner membrane / fat cell differentiation / monoatomic ion channel activity / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / protein homooligomerization / monoatomic ion transmembrane transport / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ion channel TACAN/TMEM120B / TMPIT-like protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.24 Å
データ登録者Jing JX / Yan YH
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM079179 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: TMEM120A is a coenzyme A-binding membrane protein with structural similarities to ELOVL fatty acid elongase.
著者: Jing Xue / Yan Han / Hamid Baniasadi / Weizhong Zeng / Jimin Pei / Nick V Grishin / Junmei Wang / Benjamin P Tu / Youxing Jiang /
要旨: TMEM120A, also named as TACAN, is a novel membrane protein highly conserved in vertebrates and was recently proposed to be a mechanosensitive channel involved in sensing mechanical pain. Here we ...TMEM120A, also named as TACAN, is a novel membrane protein highly conserved in vertebrates and was recently proposed to be a mechanosensitive channel involved in sensing mechanical pain. Here we present the single-particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structure of human TMEM120A, which forms a tightly packed dimer with extensive interactions mediated by the N-terminal coiled coil domain (CCD), the C-terminal transmembrane domain (TMD), and the re-entrant loop between the two domains. The TMD of each TMEM120A subunit contains six transmembrane helices (TMs) and has no clear structural feature of a channel protein. Instead, the six TMs form an α-barrel with a deep pocket where a coenzyme A (CoA) molecule is bound. Intriguingly, some structural features of TMEM120A resemble those of elongase for very long-chain fatty acids (ELOVL) despite the low sequence homology between them, pointing to the possibility that TMEM120A may function as an enzyme for fatty acid metabolism, rather than a mechanosensitive channel.
履歴
登録2021年6月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年9月1日-
マップ公開2021年9月1日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7n7p
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_24230.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24230.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 288 pix.
= 243.072 Å		0.84 Å/pix.
x 288 pix.
= 243.072 Å		0.84 Å/pix.
x 288 pix.
= 243.072 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.844 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.10388241 - 0.17417048
平均 (標準偏差)0.00021772992 (±0.004613607)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 243.07199 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8440.8440.844
M x/y/z288288288
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z243.072243.072243.072
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ127131139
NX/NY/NZ1079278
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS288288288
D min/max/mean-0.1040.1740.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human TMEM120A with CoA

全体名称: Human TMEM120A with CoA
要素
  • 複合体: Human TMEM120A with CoA
    • タンパク質・ペプチド: Ion channel TACAN
  • リガンド: COENZYME A

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超分子 #1: Human TMEM120A with CoA

超分子名称: Human TMEM120A with CoA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Ion channel TACAN

分子名称: Ion channel TACAN / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 42.013457 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDYKDDDDKG GSASQPPPPG PLGDCLRDWE DLQQDFQNIQ ETHRLYRLKL EELTKLQNNC TSSITRQKKR LQELALALKK CKPSLPAEA EGAAQELENQ MKERQGLFFD MEAYLPKKNG LYLSLVLGNV NVTLLSKQAK FAYKDEYEKF KLYLTIILIL I SFTCRFLL ...文字列:
MDYKDDDDKG GSASQPPPPG PLGDCLRDWE DLQQDFQNIQ ETHRLYRLKL EELTKLQNNC TSSITRQKKR LQELALALKK CKPSLPAEA EGAAQELENQ MKERQGLFFD MEAYLPKKNG LYLSLVLGNV NVTLLSKQAK FAYKDEYEKF KLYLTIILIL I SFTCRFLL NSRVTDAAFN FLLVWYYCTL TIRESILINN GSRIKGWWVF HHYVSTFLSG VMLTWPDGLM YQKFRNQFLS FS MYQSFVQ FLQYYYQSGC LYRLRALGER HTMDLTVEGF QSWMWRGLTF LLPFLFFGHF WQLFNALTLF NLAQDPQCKE WQV LMCGFP FLLLFLGNFF TTLRVVHHKF HSQRHGSKKD

UniProtKB: Ion channel TACAN

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分子 #2: COENZYME A

分子名称: COENZYME A / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: COA
分子量理論値: 767.534 Da
Chemical component information

ChemComp-COA:
COENZYME A / CoA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.24 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 701283
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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