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- EMDB-2422: Molecular architecture of the 80S-eIF5B-Met-itRNAMet Eukaryotic T... -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2422
タイトルMolecular architecture of the 80S-eIF5B-Met-itRNAMet Eukaryotic Translation Initiation Complex
マップデータReconstruction of 80S-eIF5B-Met-itRNAMet Eukaryotic Translation Initiation Complex with tRNA in the P/I-site and density for all four domains of eIF5B.
試料
  • 試料: Reconstruction of 80S-eIF5B-Met-itRNAMet Eukaryotic Translation Initiation Complex with tRNA in the P/I-site and density for all four domains of eIF5B.
  • 複合体: 80S-Met-itRNAMet Eukaryotic Translation Initiation Complex
  • タンパク質・ペプチド: eiF5B
キーワードRibosome initiation complex / initiator factor eiF5B / cryo EM / single particle analysis
機能・相同性
機能・相同性情報


triplex DNA binding / ribosome hibernation / translation elongation factor binding / Platelet degranulation / formation of cytoplasmic translation initiation complex / regulation of translational initiation in response to stress / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA,5S) / eukaryotic 48S preinitiation complex / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / regulation of amino acid metabolic process ...triplex DNA binding / ribosome hibernation / translation elongation factor binding / Platelet degranulation / formation of cytoplasmic translation initiation complex / regulation of translational initiation in response to stress / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA,5S) / eukaryotic 48S preinitiation complex / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / regulation of amino acid metabolic process / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / positive regulation of translational fidelity / RMTs methylate histone arginines / Protein methylation / mTORC1-mediated signalling / protein-synthesizing GTPase / Protein hydroxylation / regulation of translational initiation / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / GDP-dissociation inhibitor activity / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / pre-mRNA 5'-splice site binding / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / preribosome, small subunit precursor / nonfunctional rRNA decay / response to cycloheximide / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / telomeric DNA binding / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / mRNA destabilization / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / negative regulation of translational frameshifting / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / TOR signaling / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / Formation of a pool of free 40S subunits / preribosome, large subunit precursor / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translational elongation / ribosomal large subunit export from nucleus / G-protein alpha-subunit binding / 90S preribosome / positive regulation of protein kinase activity / Ub-specific processing proteases / ribosomal subunit export from nucleus / regulation of translational fidelity / protein-RNA complex assembly / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translational termination / maturation of LSU-rRNA / ribosomal small subunit export from nucleus / translation regulator activity / translation repressor activity / translation initiation factor binding / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / rescue of stalled ribosome / translation initiation factor activity / telomere maintenance / cellular response to amino acid starvation / ribosome assembly / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / cytosolic ribosome assembly / protein kinase C binding / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / translational initiation / small-subunit processome / maintenance of translational fidelity / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / cytoplasmic stress granule / rRNA processing / ribosome biogenesis / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / rRNA binding / protein ubiquitination / ribosome / structural constituent of ribosome / G protein-coupled receptor signaling pathway / translation / negative regulation of gene expression / response to antibiotic / GTPase activity
類似検索 - 分子機能
Translation initiation factor aIF-2, archaea / Elongation factor Tu-type domain / Elongation factor Tu domain 4 / Stm1-like, N-terminal / Stm1 / Hyaluronan/mRNA-binding protein / Hyaluronan / mRNA binding family / Translation initiation factor IF- 2, domain 3 / Translation-initiation factor 2 / Translation initiation factor IF- 2 ...Translation initiation factor aIF-2, archaea / Elongation factor Tu-type domain / Elongation factor Tu domain 4 / Stm1-like, N-terminal / Stm1 / Hyaluronan/mRNA-binding protein / Hyaluronan / mRNA binding family / Translation initiation factor IF- 2, domain 3 / Translation-initiation factor 2 / Translation initiation factor IF- 2 / Translation initiation factor IF-2, domain 3 superfamily / 60s Acidic ribosomal protein / 60S acidic ribosomal protein P0 / : / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein S2, eukaryotic / S27a-like superfamily / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L10e / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / : / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / : / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein L13e / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S17e, conserved site / : / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L30e signature 1. / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / 40S ribosomal protein S4 C-terminus
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein uS4A / Probable translation initiation factor IF-2 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Small ribosomal subunit protein eS17A / Large ribosomal subunit protein eL24A / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL30A / Large ribosomal subunit protein uL6A ...Small ribosomal subunit protein uS4A / Probable translation initiation factor IF-2 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Small ribosomal subunit protein eS17A / Large ribosomal subunit protein eL24A / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL30A / Large ribosomal subunit protein uL6A / Large ribosomal subunit protein uL22A / Large ribosomal subunit protein uL24A / Large ribosomal subunit protein eL33A / Large ribosomal subunit protein eL36A / Large ribosomal subunit protein eL29 / Large ribosomal subunit protein eL15A / Large ribosomal subunit protein eL22A / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Small ribosomal subunit protein uS11A / Small ribosomal subunit protein eS19A / Small ribosomal subunit protein eS21A / Small ribosomal subunit protein uS8A / Large ribosomal subunit protein uL5A / Large ribosomal subunit protein eL27A / Large ribosomal subunit protein eL31A / Ubiquitin-ribosomal protein eL40A fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL20B / Large ribosomal subunit protein eL42A / Small ribosomal subunit protein uS12A / Small ribosomal subunit protein eS24A / Small ribosomal subunit protein eS30A / Small ribosomal subunit protein eS4A / Small ribosomal subunit protein eS6A / Small ribosomal subunit protein eS8A / Large ribosomal subunit protein uL14A / Large ribosomal subunit protein uL2B / Small ribosomal subunit protein uS17A / Large ribosomal subunit protein eL18A / Small ribosomal subunit protein uS9A / Small ribosomal subunit protein uS13A / Large ribosomal subunit protein eL19 / Large ribosomal subunit protein uL29B / Small ribosomal subunit protein eS32B / Large ribosomal subunit protein uL4A / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein eL8A / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL13A / Small ribosomal subunit protein eS7A / Small ribosomal subunit protein uS2A / Small ribosomal subunit protein eS1A / Small ribosomal subunit protein eS27A / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein eL14B / Suppressor protein STM1 / Eukaryotic translation initiation factor 5B / Small ribosomal subunit protein eS26A / Small ribosomal subunit protein uS14A / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Large ribosomal subunit protein eL37A / Large ribosomal subunit protein eL38 / Large ribosomal subunit protein eL34A / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein eL6A / Large ribosomal subunit protein eL21A / Small ribosomal subunit protein eS10A / Large ribosomal subunit protein eL13A / Small ribosomal subunit protein eS25A / Small ribosomal subunit protein eS28A
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 6.6 Å
データ登録者Fernandez IS / Bai XC / Hussain T / Kelley AC / Lorsch JR / Ramakrishnan V / Scheres SHW
引用ジャーナル: Science / 年: 2013
タイトル: Molecular architecture of a eukaryotic translational initiation complex.
著者: Israel S Fernández / Xiao-Chen Bai / Tanweer Hussain / Ann C Kelley / Jon R Lorsch / V Ramakrishnan / Sjors H W Scheres /
要旨: The last step in eukaryotic translational initiation involves the joining of the large and small subunits of the ribosome, with initiator transfer RNA (Met-tRNA(i)(Met)) positioned over the start ...The last step in eukaryotic translational initiation involves the joining of the large and small subunits of the ribosome, with initiator transfer RNA (Met-tRNA(i)(Met)) positioned over the start codon of messenger RNA in the P site. This step is catalyzed by initiation factor eIF5B. We used recent advances in cryo-electron microscopy (cryo-EM) to determine a structure of the eIF5B initiation complex to 6.6 angstrom resolution from <3% of the population, comprising just 5143 particles. The structure reveals conformational changes in eIF5B, initiator tRNA, and the ribosome that provide insights into the role of eIF5B in translational initiation. The relatively high resolution obtained from such a small fraction of a heterogeneous sample suggests a general approach for characterizing the structure of other dynamic or transient biological complexes.
履歴
登録2013年7月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年8月7日-
マップ公開2013年11月20日-
更新2013年11月27日-
現状2013年11月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.15
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.15
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-4v8z
  • 表面レベル: 0.15
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2422.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2422.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 51.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of 80S-eIF5B-Met-itRNAMet Eukaryotic Translation Initiation Complex with tRNA in the P/I-site and density for all four domains of eIF5B.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.77 Å/pix.
x 240 pix.
= 424.8 Å		1.77 Å/pix.
x 240 pix.
= 424.8 Å		1.77 Å/pix.
x 240 pix.
= 424.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.77 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15 / ムービー #1: 0.15
最小 - 最大-0.36233455 - 0.64289874
平均 (標準偏差)0.00315953 (±0.05503737)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-120-120-120
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 424.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.771.771.77
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z424.800424.800424.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ00-40
NX/NY/NZ555581
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-120-120-120
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-0.3620.6430.003

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Reconstruction of 80S-eIF5B-Met-itRNAMet Eukaryotic Translation I...

全体名称: Reconstruction of 80S-eIF5B-Met-itRNAMet Eukaryotic Translation Initiation Complex with tRNA in the P/I-site and density for all four domains of eIF5B.
要素
  • 試料: Reconstruction of 80S-eIF5B-Met-itRNAMet Eukaryotic Translation Initiation Complex with tRNA in the P/I-site and density for all four domains of eIF5B.
  • 複合体: 80S-Met-itRNAMet Eukaryotic Translation Initiation Complex
  • タンパク質・ペプチド: eiF5B

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超分子 #1000: Reconstruction of 80S-eIF5B-Met-itRNAMet Eukaryotic Translation I...

超分子名称: Reconstruction of 80S-eIF5B-Met-itRNAMet Eukaryotic Translation Initiation Complex with tRNA in the P/I-site and density for all four domains of eIF5B.
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2
分子量実験値: 4.2 MDa / 理論値: 4.2 MDa

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超分子 #1: 80S-Met-itRNAMet Eukaryotic Translation Initiation Complex

超分子名称: 80S-Met-itRNAMet Eukaryotic Translation Initiation Complex
タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: ALL
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's Yeast
分子量実験値: 4.2 MDa / 理論値: 4.2 MDa

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分子 #1: eiF5B

分子名称: eiF5B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
詳細: 3mM Hepes-KOH, 6.6 mM Tris-acetate pH 7.2, 3 mM NH4Cl, 6.6 mM NH4-acetate, 48 mM K-acetate, 4 mM Mg-acetate, 2.4 mM DTT
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: cryo-EM
グリッド詳細: Quantifoil grids (2/2) with 3 nm thin carbon on top
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 90 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II / 手法: Blot 2.5 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
温度最低: 80 K / 最高: 90 K / 平均: 85 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 59,000 times magnification
日付2013年1月15日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON I (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 実像数: 1012 / 平均電子線量: 16 e/Å2
詳細: Every image is the average of 16 frames recorded by the direct electron detector
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 79096 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.9 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.9 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Use a newly developed statistical movie processing approach to compensate for beam-induced movement. Use a newly developed statistical movie processing to compensate for beam-induced movement.
CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.6 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: CTFFIND3, RELION
詳細: Use a newly developed statistical movie processing approach to compensate for beam-induced movement.
使用した粒子像数: 5143

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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