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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24179 | |||||||||
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タイトル | Structure of cholesterol-bound human NPC1L1 | |||||||||
![]() | Structure of cholesterol-bound human NPC1L1 | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() Intestinal lipid absorption / cellular response to sterol depletion / vitamin E binding / vitamin E metabolic process / vitamin transport / intestinal cholesterol absorption / lipoprotein metabolic process / myosin V binding / cholesterol transport / cholesterol binding ...Intestinal lipid absorption / cellular response to sterol depletion / vitamin E binding / vitamin E metabolic process / vitamin transport / intestinal cholesterol absorption / lipoprotein metabolic process / myosin V binding / cholesterol transport / cholesterol binding / cholesterol biosynthetic process / cholesterol homeostasis / cytoplasmic vesicle membrane / small GTPase binding / apical plasma membrane / protein homodimerization activity / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.58 Å | |||||||||
![]() | Li X / Long T | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of dimeric human NPC1L1 provide insight into mechanisms for cholesterol absorption. 著者: Tao Long / Yang Liu / Yu Qin / Russell A DeBose-Boyd / Xiaochun Li / ![]() 要旨: Polytopic Niemann-Pick C1-like 1 (NPC1L1) plays a major role in intestinal absorption of biliary cholesterol, vitamin E (VE), and vitamin K (VK). The drug ezetimibe inhibits NPC1L1-mediated ...Polytopic Niemann-Pick C1-like 1 (NPC1L1) plays a major role in intestinal absorption of biliary cholesterol, vitamin E (VE), and vitamin K (VK). The drug ezetimibe inhibits NPC1L1-mediated absorption of cholesterol, lowering of circulating levels of low-density lipoprotein cholesterol. Here, we report cryo-electron microscopy structures of human NPC1L1 (hNPC1L1) bound to either cholesterol or a lipid resembling VE. These findings, together with functional assays, reveal that the same intramolecular channel in hNPC1L1 mediates transport of VE and cholesterol. hNPC1L1 exists primarily as a homodimer; dimerization is mediated by aromatic residues within a region of transmembrane helix 2 that exhibits a horizonal orientation in the membrane. Mutation of tryptophan-347 lies in this region disrupts dimerization and the resultant monomeric NPC1L1 exhibits reduced efficiency of cholesterol uptake. These findings identify the oligomeric state of hNPC1L1 as a target for therapies that inhibit uptake of dietary cholesterol and reduce the incidence of cardiovascular disease. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 167.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 10.9 KB 10.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 87.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 419.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 419.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Structure of cholesterol-bound human NPC1L1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.833 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Human NPC1L1 supplemented with cholesterol
全体 | 名称: Human NPC1L1 supplemented with cholesterol |
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要素 |
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-超分子 #1: Human NPC1L1 supplemented with cholesterol
超分子 | 名称: Human NPC1L1 supplemented with cholesterol / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Isoform 2 of NPC1-like intracellular cholesterol transporter 1
分子 | 名称: Isoform 2 of NPC1-like intracellular cholesterol transporter 1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 145.904031 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MAEAGLRGWL LWALLLRLAQ SEPYTTIHQP GYCAFYDECG KNPELSGSLM TLSNVSCLSN TPARKITGDH LILLQKICPR LYTGPNTQA CCSAKQLVSL EASLSITKAL LTRCPACSDN FVNLHCHNTC SPNQSLFINV TRVAQLGAGQ LPAVVAYEAF Y QHSFAEQS ...文字列: MAEAGLRGWL LWALLLRLAQ SEPYTTIHQP GYCAFYDECG KNPELSGSLM TLSNVSCLSN TPARKITGDH LILLQKICPR LYTGPNTQA CCSAKQLVSL EASLSITKAL LTRCPACSDN FVNLHCHNTC SPNQSLFINV TRVAQLGAGQ LPAVVAYEAF Y QHSFAEQS YDSCSRVRVP AAATLAVGTM CGVYGSALCN AQRWLNFQGD TGNGLAPLDI TFHLLEPGQA VGSGIQPLNE GV ARCNESQ GDDVATCSCQ DCAASCPAIA RPQALDSTFY LGQMPGSLVL IIILCSVFAV VTILLVGFRV APARDKSKMV DPK KGTSLS DKLSFSTHTL LGQFFQGWGT WVASWPLTIL VLSVIPVVAL AAGLVFTELT TDPVELWSAP NSQARSEKAF HDQH FGPFF RTNQVILTAP NRSSYRYDSL LLGPKNFSGI LDLDLLLELL ELQERLRHLQ VWSPEAQRNI SLQDICYAPL NPDNT SLYD CCINSLLQYF QNNRTLLLLT ANQTLMGQTS QVDWKDHFLY CANAPLTFKD GTALALSCMA DYGAPVFPFL AIGGYK GKD YSEAEALIMT FSLNNYPAGD PRLAQAKLWE EAFLEEMRAF QRRMAGMFQV TFMAERSLED EINRTTAEDL PIFATSY IV IFLYISLALG SYSSWSRVMV DSKATLGLGG VAVVLGAVMA AMGFFSYLGI RSSLVILQVV PFLVLSVGAD NIFIFVLE Y QRLPRRPGEP REVHIGRALG RVAPSMLLCS LSEAICFFLG ALTPMPAVRT FALTSGLAVI LDFLLQMSAF VALLSLDSK RQEASRLDVC CCVKPQELPP PGQGEGLLLG FFQKAYAPFL LHWITRGVVL LLFLALFGVS LYSMCHISVG LDQELALPKD SYLLDYFLF LNRYFEVGAP VYFVTTLGYN FSSEAGMNAI CSSAGCNNFS FTQKIQYATE FPEQSYLAIP ASSWVDDFID W LTPSSCCR LYISGPNKDK FCPSTVNSLN CLKNCMSITM GSVRPSVEQF HKYLPWFLND RPNIKCPKGG LAAYSTSVNL TS DGQVLTS RFMAYHKPLK NSQDYTEALR AARELAANIT ADLRKVPGTD PAFEVFPYTI TNVFYEQYLT ILPEGLFMLS LCL VPTFAV SCLLLGLDLR SGLLNLLSIV MILVDTVGFM ALWGISYNAV SLINLVSAVG MSVEFVSHIT RSFAISTKPT WLER AKEAT ISMGSAVFAG VAMTNLPGIL VLGLAKAQLI QIFFFRLNLL ITLLGLLHGL VFLPVILSYV GPDVNPALAL EQKRA EEAV AAVMVASCPN HPSRVSTADN IYVNHSFEGS IKGAGAISNF LPNNGRQF |
-分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 8 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-分子 #4: CHOLESTEROL
分子 | 名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: CLR |
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分子量 | 理論値: 386.654 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-CLR: |
-分子 #5: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...
分子 | 名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: POV |
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分子量 | 理論値: 760.076 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-POV: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.58 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 251678 |
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初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |