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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24142 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the Cas12k-sgRNA complex | |||||||||
マップデータ | Cas12k-sgRNA complex | |||||||||
試料 |
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キーワード | CRISPR Cas / RNA binding protein / protein-RNA complex / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex | |||||||||
生物種 | Scytonema hofmannii (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Chang L / Li Z | |||||||||
引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2021 タイトル: Structural basis of target DNA recognition by CRISPR-Cas12k for RNA-guided DNA transposition. 著者: Renjian Xiao / Shukun Wang / Ruijie Han / Zhuang Li / Clinton Gabel / Indranil Arun Mukherjee / Leifu Chang / 要旨: The type V-K CRISPR-Cas system, featured by Cas12k effector with a naturally inactivated RuvC domain and associated with Tn7-like transposon for RNA-guided DNA transposition, is a promising tool for ...The type V-K CRISPR-Cas system, featured by Cas12k effector with a naturally inactivated RuvC domain and associated with Tn7-like transposon for RNA-guided DNA transposition, is a promising tool for precise DNA insertion. To reveal the mechanism underlying target DNA recognition, we determined a cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of Cas12k from cyanobacteria Scytonema hofmanni in complex with a single guide RNA (sgRNA) and a double-stranded target DNA. Coupled with mutagenesis and in vitro DNA transposition assay, our results revealed mechanisms for the recognition of the GGTT protospacer adjacent motif (PAM) sequence and the structural elements of Cas12k critical for RNA-guided DNA transposition. These structural and mechanistic insights should aid in the development of type V-K CRISPR-transposon systems as tools for genome editing. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24142.map.gz | 28.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-24142-v30.xml emd-24142.xml | 10.9 KB 10.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_24142.png | 88.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-24142.cif.gz | 5.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24142 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24142 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_24142_validation.pdf.gz | 485.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_24142_full_validation.pdf.gz | 485.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_24142_validation.xml.gz | 5.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_24142_validation.cif.gz | 6.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24142 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24142 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24142.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cas12k-sgRNA complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Cryo-EM structure of the Cas12k-sgRNA-dsDNA complex
全体 | 名称: Cryo-EM structure of the Cas12k-sgRNA-dsDNA complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Cryo-EM structure of the Cas12k-sgRNA-dsDNA complex
超分子 | 名称: Cryo-EM structure of the Cas12k-sgRNA-dsDNA complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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-超分子 #2: Cas12k
超分子 | 名称: Cas12k / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Scytonema hofmannii (バクテリア) |
-超分子 #3: Single-guide RNA
超分子 | 名称: Single-guide RNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: Scytonema hofmannii (バクテリア) / Synthetically produced: Yes |
-分子 #1: Cas12k
分子 | 名称: Cas12k / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Scytonema hofmannii (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 73.280719 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSQITIQARL ISFESNRQQL WKLMADLNTP LINELLCQLG QHPDFEKWQQ KGKLPSTVVS QLCQPLKTDP RFAGQPSRLY MSAIHIVDY IYKSWLAIQK RLQQQLDGKT RWLEMLNSDA ELVELSGDTL EAIRVKAAEI LAIAMPASES DSASPKGKKG K KEKKPSSS ...文字列: MSQITIQARL ISFESNRQQL WKLMADLNTP LINELLCQLG QHPDFEKWQQ KGKLPSTVVS QLCQPLKTDP RFAGQPSRLY MSAIHIVDY IYKSWLAIQK RLQQQLDGKT RWLEMLNSDA ELVELSGDTL EAIRVKAAEI LAIAMPASES DSASPKGKKG K KEKKPSSS SPKRSLSKTL FDAYQETEDI KSRSAISYLL KNGCKLTDKE EDSEKFAKRR RQVEIQIQRL TEKLISRMPK GR DLTNAKW LETLLTATTT VAEDNAQAKR WQDILLTRSS SLPFPLVFET NEDMVWSKNQ KGRLCVHFNG LSDLIFEVYC GNR QLHWFQ RFLEDQQTKR KSKNQHSSGL FTLRNGHLVW LEGEGKGEPW NLHHLTLYCC VDNRLWTEEG TEIVRQEKAD EITK FITNM KKKSDLSDTQ QALIQRKQST LTRINNSFER PSQPLYQGQS HILVGVSLGL EKPATVAVVD AIANKVLAYR SIKQL LGDN YELLNRQRRQ QQYLSHERHK AQKNFSPNQF GASELGQHID RLLAKAIVAL ARTYKAGSIV LPKLGDMREV VQSEIQ AIA EQKFPGYIEG QQKYAKQYRV NVHRWSYGRL IQSIQSKAAQ TGIVIEEGKQ PIRGSPHDKA KELALSAYNL RLTRRS |
-分子 #2: Single guide RNA
分子 | 名称: Single guide RNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Scytonema hofmannii (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 85.26125 KDa |
配列 | 文字列: AUAUUAAUAG CGCCGCAAUU CAUGCUGCUU GCAGCCUCUG AAUUUUGUUA AAUGAGGGUU AGUUUGACUG UAUAAAUACA GUCUUGCUU UCUGACCCUG GUAGCUGCUC ACCCUGAUGC UGCUGUCAAU AGACAGGAUA GGUGCGCUCC CAGCAAUAAG G GCGCGGAU ...文字列: AUAUUAAUAG CGCCGCAAUU CAUGCUGCUU GCAGCCUCUG AAUUUUGUUA AAUGAGGGUU AGUUUGACUG UAUAAAUACA GUCUUGCUU UCUGACCCUG GUAGCUGCUC ACCCUGAUGC UGCUGUCAAU AGACAGGAUA GGUGCGCUCC CAGCAAUAAG G GCGCGGAU GUACUGCUGU AGUGGCUACU GAAUCACCCC CGAUCAAGGG GGAACCCUCC AAAAGGUGGG UUGAAAGGAG AA GUCAUUU AAUAAGGCCA CUGUUAAA |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 54.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 183870 |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |