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万見
- EMDB-24074: CryoEM structure of human NKCC1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24074
タイトルCryoEM structure of human NKCC1
マップデータ
試料
  • 複合体: Full-length human NKCC1 with NaCl and KCl
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 12 member 2
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: POTASSIUM ION
キーワードSodium / potassium / chloride / co-transporter / ions / human / CTD / TMD / full-length / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cell volume / positive regulation of aspartate secretion / transepithelial ammonium transport / regulation of matrix metallopeptidase secretion / cell body membrane / inorganic anion import across plasma membrane / inorganic cation import across plasma membrane / chloride:monoatomic cation symporter activity / sodium:potassium:chloride symporter activity / metal ion transmembrane transporter activity ...positive regulation of cell volume / positive regulation of aspartate secretion / transepithelial ammonium transport / regulation of matrix metallopeptidase secretion / cell body membrane / inorganic anion import across plasma membrane / inorganic cation import across plasma membrane / chloride:monoatomic cation symporter activity / sodium:potassium:chloride symporter activity / metal ion transmembrane transporter activity / transepithelial chloride transport / potassium ion transmembrane transporter activity / Cation-coupled Chloride cotransporters / intracellular chloride ion homeostasis / sodium ion homeostasis / negative regulation of vascular wound healing / ammonium transmembrane transport / ammonium channel activity / chloride ion homeostasis / cell projection membrane / cellular response to potassium ion / intracellular potassium ion homeostasis / cellular response to chemokine / T cell chemotaxis / sodium ion import across plasma membrane / potassium ion homeostasis / intracellular sodium ion homeostasis / hyperosmotic response / cell volume homeostasis / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / regulation of spontaneous synaptic transmission / maintenance of blood-brain barrier / potassium ion import across plasma membrane / transport across blood-brain barrier / lateral plasma membrane / sodium ion transmembrane transport / monoatomic ion transport / chloride transmembrane transport / basal plasma membrane / cell projection / cell periphery / Hsp90 protein binding / cytoplasmic vesicle membrane / extracellular vesicle / protein-folding chaperone binding / cell body / basolateral plasma membrane / neuron projection / apical plasma membrane / neuronal cell body / protein kinase binding / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Solute carrier family 12 member 1/2 / Solute carrier family 12 member 2 / Amino acid permease, N-terminal / Amino acid permease N-terminal / SLC12A transporter, C-terminal / Solute carrier family 12 / Amino acid permease/ SLC12A domain / SLC12A transporter family / Amino acid permease
類似検索 - ドメイン・相同性
Solute carrier family 12 member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.47 Å
データ登録者Moseng MA
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)RO1 AI145069 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Inhibition mechanism of NKCC1 involves the carboxyl terminus and long-range conformational coupling.
著者: Mitchell A Moseng / Chih-Chia Su / Kerri Rios / Meng Cui / Meinan Lyu / Przemyslaw Glaza / Philip A Klenotic / Eric Delpire / Edward W Yu /
要旨: The Na-K-2Cl cotransporter-1 (NKCC1) is an electroneutral Na-dependent transporter responsible for simultaneously translocating Na, K, and Cl ions into cells. In human tissue, NKCC1 plays a critical ...The Na-K-2Cl cotransporter-1 (NKCC1) is an electroneutral Na-dependent transporter responsible for simultaneously translocating Na, K, and Cl ions into cells. In human tissue, NKCC1 plays a critical role in regulating cytoplasmic volume, fluid intake, chloride homeostasis, and cell polarity. Here, we report four structures of human NKCC1 (hNKCC1), both in the absence and presence of loop diuretic (bumetanide or furosemide), using single-particle cryo-electron microscopy. These structures allow us to directly observe various novel conformations of the hNKCC1 dimer. They also reveal two drug-binding sites located at the transmembrane and cytosolic carboxyl-terminal domains, respectively. Together, our findings enable us to delineate an inhibition mechanism that involves a coupled movement between the cytosolic and transmembrane domains of hNKCC1.
履歴
登録2021年5月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年9月28日-
マップ公開2022年9月28日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_24074.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24074.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 360 pix.
= 388.8 Å		1.08 Å/pix.
x 360 pix.
= 388.8 Å		1.08 Å/pix.
x 360 pix.
= 388.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.17
最小 - 最大-1.3612102 - 1.9308629
平均 (標準偏差)-0.00054561585 (±0.025451398)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 388.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_24074_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_24074_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_24074_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Full-length human NKCC1 with NaCl and KCl

全体名称: Full-length human NKCC1 with NaCl and KCl
要素
  • 複合体: Full-length human NKCC1 with NaCl and KCl
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 12 member 2
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: POTASSIUM ION

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超分子 #1: Full-length human NKCC1 with NaCl and KCl

超分子名称: Full-length human NKCC1 with NaCl and KCl / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 131 KDa

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分子 #1: Solute carrier family 12 member 2

分子名称: Solute carrier family 12 member 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 102.518414 KDa
配列文字列: KFGWIKGVLV RCMLNIWGVM LFIRLSWIVG QAGIGLSVLV IMMATVVTTI TGLSTSAIAT NGFVRGGGAY YLISRSLGPE FGGAIGLIF AFANAVAVAM YVVGFAETVV ELLKEHSILM IDEINDIRII GAITVVILLG ISVAGMEWEA KAQIVLLVIL L LAIGDFVI ...文字列:
KFGWIKGVLV RCMLNIWGVM LFIRLSWIVG QAGIGLSVLV IMMATVVTTI TGLSTSAIAT NGFVRGGGAY YLISRSLGPE FGGAIGLIF AFANAVAVAM YVVGFAETVV ELLKEHSILM IDEINDIRII GAITVVILLG ISVAGMEWEA KAQIVLLVIL L LAIGDFVI GTFIPLESKK PKGFFGYKSE IFNENFGPDF REEETFFSVF AIFFPAATGI LAGANISGDL ADPQSAIPKG TL LAILITT LVYVGIAVSV GSCVVRDATG NVNDTIVTEL TNCTSAACKL NFDFSSCESS PCSYGLMNNF QVMSMVSGFT PLI SAGIFS ATLSSALASL VSAPKIFQAL CKDNIYPAFQ MFAKGYGKNN EPLRGYILTF LIALGFILIA ELNVIAPIIS NFFL ASYAL INFSVFHASL AKSPGWRPAF KYYNMWISLL GAILCCIVMF VINWWAALLT YVIVLGLYIY VTYKKPDVNW GSSTQ ALTY LNALQHSIRL SGVEDHVKNF RPQCLVMTGA PNSRPALLHL VHDFTKNVGL MICGHVHMGP RRQAMKEMSI DQAKYQ RWL IKNKMKAFYA PVHADDLREG AQYLMQAAGL GRMKPNTLVL GFKKDWLQAD MRDVDMYINL FHDAFDIQYG VVVIRLK EG LDISHLQGQE ELLSSQEKSP GTKDVVVSVE YSKKSDLDTS KPLSEKPITH KVEEEDGKTA TQPLLKKESK GPIVPLNV A DQKLLEASTQ FQQKQGKNTI DVWWLFDDGG LTLLIPYLLT TKKKWKDCKI RVFIGGKINR IDHDRRAMAT LLSKFRIDF SDIMVLGDIN TKPKKENIIA FEEIIEPYRL HEDDKEQDIA DKMKEDEPWR ITDNELELYK TKTYRQIRLN ELLKEHSSTA NIIVMSLPV ARKGAVSSAL YMAWLEALSK DLPPILLVRG NHQS

UniProtKB: Solute carrier family 12 member 2

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分子 #2: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

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分子 #3: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.47 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 354623
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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