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万見
- EMDB-23997: Structure of the mammalian Transport Protein Particle Complex (TR... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23997
タイトルStructure of the mammalian Transport Protein Particle Complex (TRAPP) III
マップデータ
試料
  • 複合体: Transport Protein Particle Complex III (TRAPP III)
機能・相同性
機能・相同性情報


constitutive secretory pathway / autophagy of peroxisome / regulation of kinetochore assembly / positive regulation of protein localization to kinetochore / TRAPPIII protein complex / TRAPP complex / metaphase chromosome alignment / regulation of protein complex stability / protein localization to phagophore assembly site / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs ...constitutive secretory pathway / autophagy of peroxisome / regulation of kinetochore assembly / positive regulation of protein localization to kinetochore / TRAPPIII protein complex / TRAPP complex / metaphase chromosome alignment / regulation of protein complex stability / protein localization to phagophore assembly site / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / phagophore assembly site / Golgi organization / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / kinetochore / cytoplasmic vesicle / Golgi apparatus / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Trafficking protein particle complex subunit 13 / Protein of unknown function (DUF974) / Trafficking protein particle complex subunit 11 / Trafficking protein particle complex subunit 11, C-terminal / Foie gras liver health family 1 / Gryzun, putative Golgi trafficking / TRAPP III complex, Trs85 / ER-Golgi trafficking TRAPP I complex 85 kDa subunit / : / TPR repeat region circular profile. ...Trafficking protein particle complex subunit 13 / Protein of unknown function (DUF974) / Trafficking protein particle complex subunit 11 / Trafficking protein particle complex subunit 11, C-terminal / Foie gras liver health family 1 / Gryzun, putative Golgi trafficking / TRAPP III complex, Trs85 / ER-Golgi trafficking TRAPP I complex 85 kDa subunit / : / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Trafficking protein particle complex subunit 13 / Trafficking protein particle complex subunit 11 / Trafficking protein particle complex subunit 12 / Trafficking protein particle complex subunit 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 14.2 Å
データ登録者Harris NJ / Dalwadi U / Yip CK / Burke JE / Jenkins ML
資金援助 カナダ, 4件
OrganizationGrant number国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)2020-04241 カナダ
Other private17868 カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)FDN-143228 カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2018-03951 カナダ
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2021
タイトル: Biochemical Insight into Novel Rab-GEF Activity of the Mammalian TRAPPIII Complex.
著者: Noah J Harris / Meredith L Jenkins / Udit Dalwadi / Kaelin D Fleming / Sung-Eun Nam / Matthew A H Parson / Calvin K Yip / John E Burke /
要旨: Transport Protein Particle complexes (TRAPP) are evolutionarily conserved regulators of membrane trafficking, with this mediated by their guanine nucleotide exchange factor (GEF) activity towards Rab ...Transport Protein Particle complexes (TRAPP) are evolutionarily conserved regulators of membrane trafficking, with this mediated by their guanine nucleotide exchange factor (GEF) activity towards Rab GTPases. In metazoans evidence suggests that two different TRAPP complexes exist, TRAPPII and TRAPPIII. These two complexes share a common core of subunits, with complex specific subunits (TRAPPC9 and TRAPPC10 in TRAPPII and TRAPPC8, TRAPPC11, TRAPPC12, TRAPPC13 in TRAPPIII). TRAPPII and TRAPPIII have distinct specificity for GEF activity towards Rabs, with TRAPPIII acting on Rab1, and TRAPPII acting on Rab1 and Rab11. The molecular basis for how these complex specific subunits alter GEF activity towards Rab GTPases is unknown. Here we have used a combination of biochemical assays, hydrogen deuterium exchange mass spectrometry (HDX-MS) and electron microscopy to examine the regulation of TRAPPII and TRAPPIIII complexes in solution and on membranes. GEF assays revealed that TRAPPIII has GEF activity against Rab1 and Rab43, with no detectable activity against the other 18 Rabs tested. The TRAPPIII complex had significant differences in protein dynamics at the Rab binding site compared to TRAPPII, potentially indicating an important role of accessory subunits in altering the active site of TRAPP complexes. Both the TRAPPII and TRAPPIII complexes had enhanced GEF activity on lipid membranes, with HDX-MS revealing numerous conformational changes that accompany membrane association. HDX-MS also identified a membrane binding site in TRAPPC8. Collectively, our results provide insight into the functions of TRAPP complexes and how they can achieve Rab specificity.
履歴
登録2021年5月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年7月28日-
マップ公開2021年7月28日-
更新2021年8月4日-
現状2021年8月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.669
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23997.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23997.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 98.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.27 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.669 / ムービー #1: 0.669
最小 - 最大-2.152202 - 8.145609
平均 (標準偏差)-0.0136373965 (±0.21634513)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ296296296
Spacing296296296
セルA=B=C: 671.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.272.272.27
M x/y/z296296296
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z671.920671.920671.920
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ300300300
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS296296296
D min/max/mean-2.1528.146-0.014

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Transport Protein Particle Complex III (TRAPP III)

全体名称: Transport Protein Particle Complex III (TRAPP III)
要素
  • 複合体: Transport Protein Particle Complex III (TRAPP III)

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超分子 #1: Transport Protein Particle Complex III (TRAPP III)

超分子名称: Transport Protein Particle Complex III (TRAPP III) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: Mammalian TRAPP III purified from Sf9 insect cells
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.02 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMHEPES
100.0 mMSodium ChlorideNaCl
0.5 mMTris(2-carboxyethyl)phosphine

詳細: Freshly prepared gel filtration buffer, filtered through 0.22um filter and degassed
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate
詳細: Negative stained EM samples prepared by adsorbing sample on grid for 15s, followed by blotting of sample, 2 washes with water, 1 wash with stain and a final 30s soak in stain.
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa
詳細: Glow discharged using a Pelco EasiGlow. 15mA current.
詳細TRAPP III Complex was purified to homogeneity using affinity chromatography followed by size exclusion chromatography. Samples were kept at 4 degrees and shipped on wet ice for single particle EM analysis.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS TALOS L120C
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 2.27 µm / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 100 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 5.0 e/Å2
詳細: Images were manually collected every 200nm on a grid square after a 30s delay for stage stabilization. Focus was calibrated every 10 images using thin rings in the power spectra.
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 45000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos L120C / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Images were first imported to RELION 3.1 for pre-processing and particle picking
粒子像選択選択した数: 38213
詳細: 200 particles were manually picked and classified into 4 classes to generate a template. Templates were then used for automated picking using the RELION reference-based auto picker.
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1)
詳細: CTF estimation was carried out using all default settings in CTFFIND4, CTF correction carried out during 2D and 3D classification
初期モデルモデルのタイプ: NONE
詳細: Ab initio reconstruction using cryoSPARC v2.14 ab initio reconstruction job set to generate 2 classes
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 14.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.14) / 使用した粒子像数: 32429
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.14) / 詳細: cryoSPARC v2.14 ab initio reconstruction job
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.14)
詳細: cryoSPARC v2.14 homogenous refinement job, default settings
最終 3次元分類クラス数: 2 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.14)
詳細: Ab initio reconstruction of 2 classes followed by heterogenous refinement using the models generated in cryoSPARC v2.14
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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