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万見
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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2395
タイトルMuB is an AAA+ ATPase that forms helical filaments to control target selection for DNA transposition
マップデータReconstruction of MuB filament without DNA
試料
  • 試料: MuB filament without DNA
  • タンパク質・ペプチド: MuB AAA+ ATPase
キーワードAAA+ ATPase / DNA transposition / Mu phage / nucleoprotein filament / symmetry mismatch
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system / sequence-specific DNA binding / regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / Response regulator receiver domain ...Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Homeobox-like domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulator (NtrC family)
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage Mu (ファージ)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 18.0 Å
データ登録者Mizuno N / Dramicanin M / Mizuuchi M / Adam J / Wang Y / Han YW / Yang W / Steven AC / Mizuuchi K / Ramon-Maiques S
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2013
タイトル: MuB is an AAA+ ATPase that forms helical filaments to control target selection for DNA transposition.
著者: Naoko Mizuno / Marija Dramićanin / Michiyo Mizuuchi / Julia Adam / Yi Wang / Yong-Woon Han / Wei Yang / Alasdair C Steven / Kiyoshi Mizuuchi / Santiago Ramón-Maiques /
要旨: MuB is an ATP-dependent nonspecific DNA-binding protein that regulates the activity of the MuA transposase and captures target DNA for transposition. Mechanistic understanding of MuB function has ...MuB is an ATP-dependent nonspecific DNA-binding protein that regulates the activity of the MuA transposase and captures target DNA for transposition. Mechanistic understanding of MuB function has previously been hindered by MuB's poor solubility. Here we combine bioinformatic, mutagenic, biochemical, and electron microscopic analyses to unmask the structure and function of MuB. We demonstrate that MuB is an ATPase associated with diverse cellular activities (AAA+ ATPase) and forms ATP-dependent filaments with or without DNA. We also identify critical residues for MuB's ATPase, DNA binding, protein polymerization, and MuA interaction activities. Using single-particle electron microscopy, we show that MuB assembles into a helical filament, which binds the DNA in the axial channel. The helical parameters of the MuB filament do not match those of the coated DNA. Despite this protein-DNA symmetry mismatch, MuB does not deform the DNA duplex. These findings, together with the influence of MuB filament size on strand-transfer efficiency, lead to a model in which MuB-imposed symmetry transiently deforms the DNA at the boundary of the MuB filament and results in a bent DNA favored by MuA for transposition.
履歴
登録2013年6月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年7月3日-
マップ公開2013年7月3日-
更新2013年7月17日-
現状2013年7月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.019
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.019
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-4bs1
  • 表面レベル: 0.019
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-4bs1
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2395.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2395.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of MuB filament without DNA
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.8 Å/pix.
x 80 pix.
= 224. Å		2.8 Å/pix.
x 80 pix.
= 224. Å		2.8 Å/pix.
x 80 pix.
= 224. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.8 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.019 / ムービー #1: 0.019
最小 - 最大-0.04090111 - 0.06237547
平均 (標準偏差)0.00135403 (±0.01104943)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-40-40-40
サイズ808080
Spacing808080
セルA=B=C: 224.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.82.82.8
M x/y/z808080
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z224.000224.000224.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ00-40
NX/NY/NZ555581
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-40-40-40
NC/NR/NS808080
D min/max/mean-0.0410.0620.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : MuB filament without DNA

全体名称: MuB filament without DNA
要素
  • 試料: MuB filament without DNA
  • タンパク質・ペプチド: MuB AAA+ ATPase

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超分子 #1000: MuB filament without DNA

超分子名称: MuB filament without DNA / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: helical filament / Number unique components: 1
分子量実験値: 35 KDa / 理論値: 35 KDa

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分子 #1: MuB AAA+ ATPase

分子名称: MuB AAA+ ATPase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 集合状態: helical assembly / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage Mu (ファージ)
分子量実験値: 35 KDa / 理論値: 35 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度0.07 mg/mL
緩衝液pH: 8
詳細: 30 mM TrisHCl pH 8.0, 0.15 M KCl, 5mM MgCl2, 1mM DTT, 1 mM ATP or ATP-gamma-S
グリッド詳細: 300 mesh quantifoil R2/2
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 90 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II / 手法: Blot for 5 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG
温度最低: 80 K / 最高: 85 K / 平均: 82 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
日付2008年4月21日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 1000 (2k x 2k)
実像数: 129 / 平均電子線量: 15 e/Å2
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 38000
試料ステージ試料ホルダー: side entry / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

詳細IHRSR
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 9.01 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 66.2 °
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: spider, bsoft, eman
CTF補正詳細: phase-flipping

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1ny6


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: G
ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-4bs1:
MuB is an AAAplus ATPase that forms helical filaments to control target selection for DNA transposition

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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