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- EMDB-23882: Vascular KATP channel: Kir6.1 SUR2B quatrefoil-like conformation 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23882
タイトルVascular KATP channel: Kir6.1 SUR2B quatrefoil-like conformation 2
マップデータ
試料
  • 複合体: Vascular KATP channel: Kir6.1 SUR2B quatrefoil-like conformation 2
    • タンパク質・ペプチド: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 8
    • タンパク質・ペプチド: Isoform SUR2B of ATP-binding cassette sub-family C member 9
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
キーワードKATP / potassium channel / vascular / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cardiac pacemaker cell differentiation / atrioventricular node cell differentiation / vascular process in circulatory system / substrate-dependent cell migration, cell contraction / reactive oxygen species biosynthetic process / oxygen metabolic process / ATP sensitive Potassium channels / reactive gliosis / response to decreased oxygen levels / potassium channel activator activity ...cardiac pacemaker cell differentiation / atrioventricular node cell differentiation / vascular process in circulatory system / substrate-dependent cell migration, cell contraction / reactive oxygen species biosynthetic process / oxygen metabolic process / ATP sensitive Potassium channels / reactive gliosis / response to decreased oxygen levels / potassium channel activator activity / ABC-family proteins mediated transport / response to peptide / response to resveratrol / ATP-activated inward rectifier potassium channel activity / glutamate secretion, neurotransmission / membrane repolarization during ventricular cardiac muscle cell action potential / inward rectifying potassium channel / sulfonylurea receptor activity / ventricular cardiac muscle tissue development / voltage-gated potassium channel activity involved in ventricular cardiac muscle cell action potential repolarization / NLRP3 inflammasome complex assembly / response to potassium ion / CAMKK-AMPK signaling cascade / circulatory system development / cardiac conduction / response to oxygen levels / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / cellular response to potassium ion / response to hydrogen sulfide / cellular response to chemical stress / cellular respiration / ATPase-coupled monoatomic cation transmembrane transporter activity / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / coronary vasculature development / vasculature development / cardiac muscle cell contraction / synaptic assembly at neuromuscular junction / regulation of potassium ion transmembrane transport / syntaxin binding / nervous system process / inorganic cation transmembrane transport / blood circulation / Ion homeostasis / cellular response to ATP / neuromuscular process / sulfonylurea receptor binding / response to ATP / heterocyclic compound binding / response to stress / establishment of cell polarity / blood vessel development / transmission of nerve impulse / p38MAPK cascade / fat cell differentiation / response to exogenous dsRNA / potassium ion import across plasma membrane / myofibril / monoatomic cation transmembrane transport / fatty acid oxidation / action potential / protein secretion / potassium channel activity / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / potassium channel regulator activity / fatty acid transport / ATP metabolic process / heart morphogenesis / skeletal muscle tissue development / presynaptic active zone membrane / negative regulation of blood pressure / potassium ion transmembrane transport / T-tubule / response to cytokine / regulation of heart rate / cellular response to calcium ion / response to endoplasmic reticulum stress / acrosomal vesicle / blood vessel diameter maintenance / sarcomere / response to ischemia / regulation of membrane potential / response to activity / kidney development / determination of adult lifespan / mitochondrion organization / response to insulin / microglial cell activation / potassium ion transport / sarcolemma / calcium ion transmembrane transport / response to hydrogen peroxide / transmembrane transport / regulation of blood pressure / response to estrogen / vasodilation / MAPK cascade / cellular response to xenobiotic stimulus / presynapse / heart development
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, inwardly rectifying, Kir6.1 / ATP-binding cassette subfamily C member 9 / : / Sulphonylurea receptor / Potassium channel, inwardly rectifying, transmembrane domain / Inward rectifier potassium channel transmembrane domain / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir / Inward rectifier potassium channel, C-terminal / Inward rectifier potassium channel C-terminal domain ...Potassium channel, inwardly rectifying, Kir6.1 / ATP-binding cassette subfamily C member 9 / : / Sulphonylurea receptor / Potassium channel, inwardly rectifying, transmembrane domain / Inward rectifier potassium channel transmembrane domain / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir / Inward rectifier potassium channel, C-terminal / Inward rectifier potassium channel C-terminal domain / : / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / Immunoglobulin E-set / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-binding cassette sub-family C member 9 / ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 8
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Sung MW / Shyng SL
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01DK066485-13 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021
タイトル: Vascular K channel structural dynamics reveal regulatory mechanism by Mg-nucleotides.
著者: Min Woo Sung / Zhongying Yang / Camden M Driggers / Bruce L Patton / Barmak Mostofian / John D Russo / Daniel M Zuckerman / Show-Ling Shyng /
要旨: Vascular tone is dependent on smooth muscle K channels comprising pore-forming Kir6.1 and regulatory SUR2B subunits, in which mutations cause Cantú syndrome. Unique among K isoforms, they lack ...Vascular tone is dependent on smooth muscle K channels comprising pore-forming Kir6.1 and regulatory SUR2B subunits, in which mutations cause Cantú syndrome. Unique among K isoforms, they lack spontaneous activity and require Mg-nucleotides for activation. Structural mechanisms underlying these properties are unknown. Here, we determined cryogenic electron microscopy structures of vascular K channels bound to inhibitory ATP and glibenclamide, which differ informatively from similarly determined pancreatic K channel isoform (Kir6.2/SUR1). Unlike SUR1, SUR2B subunits adopt distinct rotational "propeller" and "quatrefoil" geometries surrounding their Kir6.1 core. The glutamate/aspartate-rich linker connecting the two halves of the SUR-ABC core is observed in a quatrefoil-like conformation. Molecular dynamics simulations reveal MgADP-dependent dynamic tripartite interactions between this linker, SUR2B, and Kir6.1. The structures captured implicate a progression of intermediate states between MgADP-free inactivated, and MgADP-bound activated conformations wherein the glutamate/aspartate-rich linker participates as mobile autoinhibitory domain, suggesting a conformational pathway toward K channel activation.
履歴
登録2021年4月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年10月13日-
マップ公開2021年10月13日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7mjq
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23882.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23882.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.65 Å/pix.
x 101 pix.
= 166.953 Å		1.65 Å/pix.
x 102 pix.
= 168.606 Å		1.65 Å/pix.
x 76 pix.
= 125.628 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.653 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-11.932707000000001 - 14.659333999999999
平均 (標準偏差)0.000000000009292 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin868475
サイズ10276101
Spacing76102101
セルA: 125.628 Å / B: 168.606 Å / C: 166.953 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.6531.6531.653
M x/y/z76102101
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z125.628168.606166.953
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ440440440
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS848675
NC/NR/NS76102101
D min/max/mean-11.93314.6590.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Vascular KATP channel: Kir6.1 SUR2B quatrefoil-like conformation 2

全体名称: Vascular KATP channel: Kir6.1 SUR2B quatrefoil-like conformation 2
要素
  • 複合体: Vascular KATP channel: Kir6.1 SUR2B quatrefoil-like conformation 2
    • タンパク質・ペプチド: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 8
    • タンパク質・ペプチド: Isoform SUR2B of ATP-binding cassette sub-family C member 9
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

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超分子 #1: Vascular KATP channel: Kir6.1 SUR2B quatrefoil-like conformation 2

超分子名称: Vascular KATP channel: Kir6.1 SUR2B quatrefoil-like conformation 2
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 889 KDa

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分子 #1: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 8

分子名称: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 48.023871 KDa
組換発現生物種: Chlorocebus aethiops (ミドリザル)
配列文字列: MLARKSIIPE EYVLARIAAE NLRKPRIRDR LPKARFIAKS GACNLAHKNI REQGRFLQDI FTTLVDLKWR HTLVIFTMSF LCSWLLFAI MWWLVAFAHG DIYAYMEKGI TEKSGLESAV CVTNVRSFTS AFLFSIEVQV TIGFGGRMMT EECPLAITVL I LQNIVGLI ...文字列:
MLARKSIIPE EYVLARIAAE NLRKPRIRDR LPKARFIAKS GACNLAHKNI REQGRFLQDI FTTLVDLKWR HTLVIFTMSF LCSWLLFAI MWWLVAFAHG DIYAYMEKGI TEKSGLESAV CVTNVRSFTS AFLFSIEVQV TIGFGGRMMT EECPLAITVL I LQNIVGLI INAVMLGCIF MKTAQAHRRA ETLIFSRHAV IAVRNGKLCF MFRVGDLRKS MIISASVRIQ VVKKTTTPEG EV VPIHQQD IPVDNPIESN NIFLVAPLII CHVIDKRSPL YDISATDLVN QDLEVIVILE GVVETTGITT QARTSYIAEE IQW GHRFVS IVTEEEGVYS VDYSKFGNTV RVAAPRCSAR ELDEKPSILI QTLQKSELSH QNSLRKRNSM RRNNSMRRSN SIRR NNSSL MVPKVQFMTP EGNQCPSES

UniProtKB: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 8

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分子 #2: Isoform SUR2B of ATP-binding cassette sub-family C member 9

分子名称: Isoform SUR2B of ATP-binding cassette sub-family C member 9
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 174.488562 KDa
組換発現生物種: Chlorocebus aethiops (ミドリザル)
配列文字列: MSLSFCGNNI SSYNIYHGVL QNPCFVDALN LVPHVFLLFI TFPILFIGWG SQSSKVQIHH NTWLHFPGHN LRWILTFALL FVHVCEIAE GIVSDSQRAS RHLHLFMPAV MGFVATTTSI VYYHNIETSN FPKLLLALFL YWVMAFITKT IKLVKYWQLG W GMSDLRFC ...文字列:
MSLSFCGNNI SSYNIYHGVL QNPCFVDALN LVPHVFLLFI TFPILFIGWG SQSSKVQIHH NTWLHFPGHN LRWILTFALL FVHVCEIAE GIVSDSQRAS RHLHLFMPAV MGFVATTTSI VYYHNIETSN FPKLLLALFL YWVMAFITKT IKLVKYWQLG W GMSDLRFC ITGVMVILNG LLMAVEINVI RVRRYVFFMN PQKVKPPEDL QDLGVRFLQP FVNLLSKATY WWMNTLIISA HR KPIDLKA IGKLPIAMRA VTNYVCLKEA YEEQKKKAAD HPNRTPSIWL AMYRAFGRPI LLSSTFRYLA DLLGFAGPLC ISG IVQRVN EPKNNTTRFS ETLSSKEFLE NAHVLAVLLF LALILQRTFL QASYYVTIET GINLRGALLA MIYNKILRLS TSNL SMGEM TLGQINNLVA IETNQLMWFL FLCPNLWAMP VQIIMGVILL YNLLGSSALV GAAVIVLLAP IQYFIATKLA EAQKS TLDY STERLKKTNE ILKGIKLLKL YAWEHIFCKS VEETRMKELS SLKTFALYTS LSIFMNAAIP IAAVLATFVT HAYASG NNL KPAEAFASLS LFHILVTPLF LLSTVVRFAV KAIISVQKLN EFLLSDEIGE DSWRTGEGTL PFESCKKHTG VQSKPIN RK QPGRYHLDNY EQARRLRPAE TEDVAIKVTN GYFSWGSGLA TLSNIDIRIP TGQLTMIVGQ VGCGKSSLLL AILGEMQT L EGKVYWNNVN ESEPSFEATR SRSRYSVAYA AQKPWLLNAT VEENITFGSS FNRQRYKAVT DACSLQPDID LLPFGDQTE IGERGINLSG GQRQRICVAR ALYQNTNIVF LDDPFSALDI HLSDHLMQEG ILKFLQDDKR TVVLVTHKLQ YLTHADWIIA MKDGSVLRE GTLKDIQTKD VELYEHWKTL MNRQDQELEK DMEADQTTLE RKTLRRAMYS REAKAQMEDE DEEEEEEEDE D DNMSTVMR LRTKMPWKTC WWYLTSGGFF LLFLMIFSKL LKHSVIVAID YWLATWTSEY SINDPGKADQ TFYVAGFSIL CG AGIFLCL VTSLTVEWMG LTAAKNLHHN LLNKIILGPI RFFDTTPLGL ILNRFSADTN IIDQHIPPTL ESLTRSTLLC LSA IGMISY ATPVFLIALA PLGVAFYFIQ KYFRVASKDL QELDDSTQLP LLCHFSETAE GLTTIRAFRH ETRFKQRMLE LTDT NNIAY LFLSAANRWL EVRTDYLGAC IVLTASIASI SGSSNSGLVG LGLLYALTIT NYLNWVVRNL ADLEVQMGAV KKVNS FLTM ESENYEGTMD PSQVPEHWPQ EGEIKIHDLC VRYENNLKPV LKHVKAYIKP GQKVGICGRT GSGKSSLSLA FFRMVD IFD GKIVIDGIDI SKLPLHTLRS RLSIILQDPI LFSGSIRFNL DPECKCTDDR LWEALEIAQL KNMVKSLPGG LDATVTE GG ENFSVGQRQL FCLARAFVRK SSILIMDEAT ASIDMATENI LQKVVMTAFA DRTVVTIAHR VHTILTADLV IVMKRGNI L EYDTPESLLA QEDGVFASFV RADM

UniProtKB: ATP-binding cassette sub-family C member 9

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分子 #4: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

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分子 #5: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 5 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 22038
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6baa


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
得られたモデル

PDB-7mjq:
Vascular KATP channel: Kir6.1 SUR2B quatrefoil-like conformation 2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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