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- EMDB-23816: Cryo-EM structure of the VRC310 clinical trial, vaccine-elicited,... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23816
タイトルCryo-EM structure of the VRC310 clinical trial, vaccine-elicited, human antibody 310-030-1D06 Fab in complex with an H1 NC99 HA trimer
マップデータsharpened map
試料
  • 複合体: 310-030-1D06 Fab in complex with an H1 NC99 HA trimer
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA1 chain
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA2 chain
    • タンパク質・ペプチド: 310-030-1D06 Heavy
    • タンパク質・ペプチド: 310-030-1D06 Light
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードVRC / IMMUNE SYSTEM / VRC310 / H1 / Fab / Flu / IMMUNE SYSTEM-Viral protein complex / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.87 Å
データ登録者Gorman J / Kwong PD
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103310 米国
Other privateSimons Foundation (SF349247) 米国
引用ジャーナル: Nat Med / 年: 2022
タイトル: A single residue in influenza virus H2 hemagglutinin enhances the breadth of the B cell response elicited by H2 vaccination.
著者: Sarah F Andrews / Julie E Raab / Jason Gorman / Rebecca A Gillespie / Crystal S F Cheung / Reda Rawi / Lauren Y Cominsky / Jeffrey C Boyington / Adrian Creanga / Chen-Hsiang Shen / Darcy R ...著者: Sarah F Andrews / Julie E Raab / Jason Gorman / Rebecca A Gillespie / Crystal S F Cheung / Reda Rawi / Lauren Y Cominsky / Jeffrey C Boyington / Adrian Creanga / Chen-Hsiang Shen / Darcy R Harris / Adam S Olia / Alexandra F Nazzari / Tongqing Zhou / Katherine V Houser / Grace L Chen / John R Mascola / Barney S Graham / Masaru Kanekiyo / Julie E Ledgerwood / Peter D Kwong / Adrian B McDermott /
要旨: Conserved epitopes on the influenza hemagglutinin (HA) stem are an attractive target for universal vaccine strategies as they elicit broadly neutralizing antibodies. Such antibody responses to stem- ...Conserved epitopes on the influenza hemagglutinin (HA) stem are an attractive target for universal vaccine strategies as they elicit broadly neutralizing antibodies. Such antibody responses to stem-specific epitopes have been extensively characterized for HA subtypes H1 and H5 in humans. H2N2 influenza virus circulated 50 years ago and represents a pandemic threat due to the lack of widespread immunity, but, unlike H1 and H5, the H2 HA stem contains Phe45 predicted to sterically clash with HA stem-binding antibodies characterized to date. To understand the effect of Phe45, we compared the HA stem-specific B cell response in post hoc analyses of two phase 1 clinical trials, one testing vaccination with an H2 ferritin nanoparticle immunogen ( NCT03186781 ) and one with an inactivated H5N1 vaccine ( NCT01086657 ). In H2-naive individuals, the magnitude of the B cell response was equivalent, but H2-elicited HA stem-binding B cells displayed greater cross-reactivity than those elicited by H5. However, in individuals with childhood H2 exposure, H5-elicited HA stem-binding B cells also displayed high cross-reactivity, suggesting recall of memory B cells formed 50 years ago. Overall, we propose that a one-residue difference on an HA immunogen can alter establishment and expansion of broadly neutralizing memory B cells. These data have implications for stem-based universal influenza vaccination strategies.
履歴
登録2021年4月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年11月3日-
マップ公開2021年11月3日-
更新2024年10月9日-
現状2024年10月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.17
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.17
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7mfg
  • 表面レベル: 0.17
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23816.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23816.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 115.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 312 pix.
= 334.854 Å		1.07 Å/pix.
x 312 pix.
= 334.854 Å		1.07 Å/pix.
x 312 pix.
= 334.854 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07325 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.12 / ムービー #1: 0.17
最小 - 最大-0.1526336 - 0.60599303
平均 (標準偏差)0.0029493056 (±0.020497363)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ312312312
Spacing312312312
セルA=B=C: 334.854 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.073251.073251.07325
M x/y/z312312312
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z334.854334.854334.854
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ799196
NX/NY/NZ149138117
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS312312312
D min/max/mean-0.1530.6060.003

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_23816_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: unsharpened map

ファイルemd_23816_additional_1.map
注釈unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: density modified with resolve

ファイルemd_23816_additional_2.map
注釈density modified with resolve
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_23816_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_23816_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 310-030-1D06 Fab in complex with an H1 NC99 HA trimer

全体名称: 310-030-1D06 Fab in complex with an H1 NC99 HA trimer
要素
  • 複合体: 310-030-1D06 Fab in complex with an H1 NC99 HA trimer
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA1 chain
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA2 chain
    • タンパク質・ペプチド: 310-030-1D06 Heavy
    • タンパク質・ペプチド: 310-030-1D06 Light
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: 310-030-1D06 Fab in complex with an H1 NC99 HA trimer

超分子名称: 310-030-1D06 Fab in complex with an H1 NC99 HA trimer
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

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分子 #1: Hemagglutinin HA1 chain

分子名称: Hemagglutinin HA1 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 36.407852 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DTICIGYHAN NSTDTVDTVC EKNVTVTHSV NLLEDSHNGK LCLLKGIAPL QLGNCSVAGW ILGNPECELL ISKESWSYIV ETPNPENGT CYPGYFADYE ELREQLSSVS SFERFEIFPK ESSWPNHTVT GVSASCSHNG KSSFYRNLLW LTGKNGLYPN L SKSYVNNK ...文字列:
DTICIGYHAN NSTDTVDTVC EKNVTVTHSV NLLEDSHNGK LCLLKGIAPL QLGNCSVAGW ILGNPECELL ISKESWSYIV ETPNPENGT CYPGYFADYE ELREQLSSVS SFERFEIFPK ESSWPNHTVT GVSASCSHNG KSSFYRNLLW LTGKNGLYPN L SKSYVNNK EKEVLVLWGV HHPPNIGNQR ALYHTENAYV SVVSSHYSRR FTPEIAKRPK VRDQEGRINY YWTLLEPGDT II FEANGNL IAPWYAFALS RGFGSGIITS NAPMDECDAK CQTPQGAINS SLPFQNVHPV TIGECPKYVR SAKLRMVTGL RNI PSIQSR

UniProtKB: Hemagglutinin

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分子 #2: Hemagglutinin HA2 chain

分子名称: Hemagglutinin HA2 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 25.263104 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GLFGAIAGFI EGGWTGMVDG WYGYHHQNEQ GSGYAADQKS TQNAINCITN KVNSVIEKMN TQFTAVGKEF NKLERRMENL NKKVDDGFL DIWTYNAELL VLLENERTLD FHDSNVKNLY EKVKSQLKNN AKEIGNGCFE FYHKCNNECM ESVKNGTYDY P KYSEESKL ...文字列:
GLFGAIAGFI EGGWTGMVDG WYGYHHQNEQ GSGYAADQKS TQNAINCITN KVNSVIEKMN TQFTAVGKEF NKLERRMENL NKKVDDGFL DIWTYNAELL VLLENERTLD FHDSNVKNLY EKVKSQLKNN AKEIGNGCFE FYHKCNNECM ESVKNGTYDY P KYSEESKL NREKIDGVSG RLVPRGSPGS GYIPEAPRDG QAYVRKDGEW VLLSTFLGHH HHHH

UniProtKB: Hemagglutinin

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分子 #3: 310-030-1D06 Heavy

分子名称: 310-030-1D06 Heavy / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.000457 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QVQLVQSGAE VKKPGSSVKV SCKASGGTFS SYGISWVRQA PGQGLEWMGG IIGMFGTTNY AQKFQGRVTI TADEFTSTAY MELSSLRSE DTAVYYCARG GSYYVDYFHH WGQGTLVTVS S

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分子 #4: 310-030-1D06 Light

分子名称: 310-030-1D06 Light / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.658904 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EIVLTQSPGT LSLFSGERAT LSCRASQSVS SSSLAWYQQK HGQGPRLIMY GASSRATGIP DRFSGSGFGT DFTITISRLE PEDFAVYYC QQYGSSSGTF GQGTKLEMK

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 21 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 式: PBS
凍結凍結剤: ETHANE
詳細310-030-1D06 Fab in complex with an H1 NC99 HA trimer

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 70.13 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.87 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 36235
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-7mfg:
Cryo-EM structure of the VRC310 clinical trial, vaccine-elicited, human antibody 310-030-1D06 Fab in complex with an H1 NC99 HA trimer

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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