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万見
- EMDB-23773: Structure of the Neisseria gonorrhoeae ribonucleotide reductase i... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23773
タイトルStructure of the Neisseria gonorrhoeae ribonucleotide reductase in the inactive state
マップデータ
試料
  • 複合体: Ribonucleotide reductase inactive complex
    • タンパク質・ペプチド: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
  • リガンド: CYTIDINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: MU-OXO-DIIRON
  • リガンド: water
キーワードinactive complex / ribonucleotide reductase / OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonucleoside-diphosphate reductase complex / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
ATP-cone domain / ATP cone domain / ATP-cone domain profile. / Ribonucleotide reductase, class I , alpha subunit / Ribonucleotide reductase large subunit signature. / Ribonucleoside-diphosphate reductase large subunit / Ribonucleotide reductase R1 subunit, N-terminal / Ribonucleotide reductase large subunit, N-terminal / Ribonucleotide reductase, all-alpha domain / Ribonucleotide reductase large subunit, C-terminal ...ATP-cone domain / ATP cone domain / ATP-cone domain profile. / Ribonucleotide reductase, class I , alpha subunit / Ribonucleotide reductase large subunit signature. / Ribonucleoside-diphosphate reductase large subunit / Ribonucleotide reductase R1 subunit, N-terminal / Ribonucleotide reductase large subunit, N-terminal / Ribonucleotide reductase, all-alpha domain / Ribonucleotide reductase large subunit, C-terminal / Ribonucleotide reductase, barrel domain / Ribonucleotide reductase small subunit, acitve site / Ribonucleotide reductase small subunit signature. / Ribonucleotide reductase small subunit / Ribonucleotide reductase small subunit family / Ribonucleotide reductase, small chain / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ribonucleoside-diphosphate reductase / Ribonucleoside-diphosphate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Levitz TS / Drennan CL
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States)2017246757 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM126982 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5T32GM007287 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Effects of chameleon dispense-to-plunge speed on particle concentration, complex formation, and final resolution: A case study using the Neisseria gonorrhoeae ribonucleotide reductase inactive complex.
著者: Talya S Levitz / Edward J Brignole / Ivan Fong / Michele C Darrow / Catherine L Drennan /
要旨: Ribonucleotide reductase (RNR) is an essential enzyme that converts ribonucleotides to deoxyribonucleotides and is a promising antibiotic target, but few RNRs have been structurally characterized. We ...Ribonucleotide reductase (RNR) is an essential enzyme that converts ribonucleotides to deoxyribonucleotides and is a promising antibiotic target, but few RNRs have been structurally characterized. We present the use of the chameleon, a commercially-available piezoelectric cryogenic electron microscopy plunger, to address complex denaturation in the Neisseria gonorrhoeae class Ia RNR. Here, we characterize the extent of denaturation of the ring-shaped complex following grid preparation using a traditional plunger and using a chameleon with varying dispense-to-plunge times. We also characterize how dispense-to-plunge time influences the amount of protein sample required for grid preparation and preferred orientation of the sample. We demonstrate that the fastest dispense-to-plunge time of 54 ms is sufficient for generation of a data set that produces a high quality structure, and that a traditional plunging technique or slow chameleon dispense-to-plunge times generate data sets limited in resolution by complex denaturation. The 4.3 Å resolution structure of Neisseria gonorrhoeae class Ia RNR in the inactive α4β4 oligomeric state solved using the chameleon with a fast dispense-to-plunge time yields molecular information regarding similarities and differences to the well studied Escherichia coli class Ia RNR α4β4 ring.
履歴
登録2021年4月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年1月5日-
マップ公開2022年1月5日-
更新2024年5月29日-
現状2024年5月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.13
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.13
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7mdi
  • 表面レベル: 0.13
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7mdi
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23773.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23773.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 59.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.6 Å/pix.
x 250 pix.
= 399.95 Å		1.6 Å/pix.
x 250 pix.
= 399.95 Å		1.6 Å/pix.
x 250 pix.
= 399.95 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.5998 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.13 / ムービー #1: 0.13
最小 - 最大-0.27861944 - 0.47411168
平均 (標準偏差)0.000034120498 (±0.02169597)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ250250250
Spacing250250250
セルA=B=C: 399.95 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.59981.59981.5998
M x/y/z250250250
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z399.950399.950399.950
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS250250250
D min/max/mean-0.2790.4740.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Ribonucleotide reductase inactive complex

全体名称: Ribonucleotide reductase inactive complex
要素
  • 複合体: Ribonucleotide reductase inactive complex
    • タンパク質・ペプチド: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
  • リガンド: CYTIDINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: MU-OXO-DIIRON
  • リガンド: water

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超分子 #1: Ribonucleotide reductase inactive complex

超分子名称: Ribonucleotide reductase inactive complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
分子量理論値: 528 KDa

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分子 #1: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit alpha

分子名称: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ribonucleoside-diphosphate reductase
由来(天然)生物種: Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 株: ATCC 700825 / FA 1090
分子量理論値: 87.081344 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGHHHHHHEN LYFQMNTPTD LKVTKRDGRL EAIDLDKIHR VVTWAAEGLE NVSVSQVELK SHIQFYNGIR TDDIHETIIK AAADLISED TPDYQYLAAR LAIFHLRKIA YGEYEPPHLY NHVKKLTDAG KYDRHILEDY SREEFDELNA YIDHERDMSF S YAAVKQLE ...文字列:
MGHHHHHHEN LYFQMNTPTD LKVTKRDGRL EAIDLDKIHR VVTWAAEGLE NVSVSQVELK SHIQFYNGIR TDDIHETIIK AAADLISED TPDYQYLAAR LAIFHLRKIA YGEYEPPHLY NHVKKLTDAG KYDRHILEDY SREEFDELNA YIDHERDMSF S YAAVKQLE GKYLVQNRVT RQIYETPQFL YVLVAMCLFS KYPKEARLDY VKRFYDAVST FKVSLPTPIM SGVRTPTRQF SS CVLIECD DSLDSINATT SAIVKYVSQR AGIGINAGRI RGLDSEIRGG EARHTGCIPF FKMFQAAVKS CSQGGVRGGA ATL FYPLWH IEAESLLVLK NNRGVEDNRI RQLDYGVQIN RLLYTRLIKG GNITLFSPNE VSGLYEAFFA DQDEFERLYT KYEQ DPNIR KRIIPAADLF STLMQERAGT GRIYIQNVDH CNTHSPFDPR VAPVHQSNLC MEIALPTKPL DNINDPDGEI ALCTL SAFN LGALNSLDEL EGLADLTVRA LDALLDYQGY PVEAARTSTM DRRSLGIGVI NYAYYLAKNG VRYSDGSALG LTHRTF EAI QYYLLKASAN LAKEYGACTL FNQTVYSQGK LPIDTYKKDL DAVCGEPLHY DWESLRADIV KYGLRNSTLT ALMPSET SS QIANATNGIE PPRGLVTVKA SKDGILKQVV PEFETLKNAY ETLWQLPGNE GYLKLVGVMQ KFVDQAISAN TAYDPGKF E GNKVSMKQML KDLLTAYKYG VKTLYYHNTR DGADDTQTDI QDDGCAGGAC KI

UniProtKB: Ribonucleoside-diphosphate reductase

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分子 #2: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta

分子名称: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ribonucleoside-diphosphate reductase
由来(天然)生物種: Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 株: ATCC 700825 / FA 1090
分子量理論値: 45.107785 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGHHHHHHEN LYFQMSYSTF PKTKNDALKE PMFFGQPVNV ARYDQQKYEV FEKLIEKQLS FFWRPEEIDV SRDRIDYANL PEHEKHIFI SNLKYQTLLD SIQGRSPNVA LLPLVSIPEL ETWVETWSFS ETIHSRSYTH IIRNIVNDPS VVFDDIVENE Y ITARAEDI ...文字列:
MGHHHHHHEN LYFQMSYSTF PKTKNDALKE PMFFGQPVNV ARYDQQKYEV FEKLIEKQLS FFWRPEEIDV SRDRIDYANL PEHEKHIFI SNLKYQTLLD SIQGRSPNVA LLPLVSIPEL ETWVETWSFS ETIHSRSYTH IIRNIVNDPS VVFDDIVENE Y ITARAEDI ACYYDDLIEY TQYYNLLGEG VHNVGGKPVT VSLRGLKKKL YLCLMCVNVL EAIRFYVSFA CSFAFAEREL ME GNAKIIK DIARDEALHL TGTQHMLNLM RSGVDDPEMA EIAAELQDEC FQLFKKAAEQ EKEWAAYLFK DGSMIGLNKE ILS QYVEYI TNLRMQAVGL PAGFEGANQN PIPWINAWLS SDNVQVAPQE VEISSYLIGQ IDSEVNTDDL GDFEL

UniProtKB: ribonucleoside-diphosphate reductase

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分子 #3: CYTIDINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: CYTIDINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: CDP
分子量理論値: 403.176 Da
Chemical component information

ChemComp-CDP:
CYTIDINE-5'-DIPHOSPHATE / CDP

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分子 #4: 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 8 / 式: DTP
分子量理論値: 491.182 Da
Chemical component information

ChemComp-DTP:
2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / dATP

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分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 8 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #6: MU-OXO-DIIRON

分子名称: MU-OXO-DIIRON / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: FEO
分子量理論値: 127.689 Da
Chemical component information

ChemComp-FEO:
MU-OXO-DIIRON

-
分子 #7: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 24 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度6 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
構成要素:
濃度名称
50.0 mMHEPES
15.0 mMMagnesium Chloride
1.0 mMEDTA
3.06 percentGlycerol
凍結凍結剤: ETHANE
詳細: Plunged using the chameleon (SPT labtech) Glow discharged at 12 mA for 250 s.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 620 / 平均露光時間: 7.0 sec. / 平均電子線量: 53.15 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.1 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 92000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 55161
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D2 (2回x2回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8) / 使用した粒子像数: 50425
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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