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- EMDB-2375: Cryo-EM structure of T=1 SV40 VP1 VLP -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2375
タイトルCryo-EM structure of T=1 SV40 VP1 VLP
マップデータReconstruction of SV40 VP1 VLP
試料
  • 試料: Reassembled SV40 VP1 VLP with 1.9 Knt RNA
  • ウイルス: Simian virus 40 (ウイルス)
  • RNA: Xenopus elongation factor RNA (1.9 Knt)
キーワードSimian virus 40 / SV40 / VLP / T=1 icosahedral capsid / assembly mechanism / nucleic acid substrate
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / Simian virus 40 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.2 Å
データ登録者Kler S / Wang JC-Y / Dhason RS / Zlotnick A / Oppenheim A
引用ジャーナル: ACS Chem Biol / 年: 2013
タイトル: Scaffold properties are a key determinant of the size and shape of self-assembled virus-derived particles.
著者: Stanislav Kler / Joseph Che-Yen Wang / Mary Dhason / Ariella Oppenheim / Adam Zlotnick /
要旨: Controlling the geometry of self-assembly will enable a greater diversity of nanoparticles than now available. Viral capsid proteins, one starting point for investigating self-assembly, have evolved ...Controlling the geometry of self-assembly will enable a greater diversity of nanoparticles than now available. Viral capsid proteins, one starting point for investigating self-assembly, have evolved to form regular particles. The polyomavirus SV40 assembles from pentameric subunits and can encapsidate anionic cargos. On short ssRNA (≤814 nt), SV40 pentamers form 22 nm diameter capsids. On RNA too long to fit a T = 1 particle, pentamers forms strings of 22 nm particles and heterogeneous particles of 29-40 nm diameter. However, on dsDNA SV40 forms 50 nm particles composed of 72 pentamers. A 7.2-Å resolution cryo-EM image reconstruction of 22 nm particles shows that they are built of 12 pentamers arranged with T = 1 icosahedral symmetry. At 3-fold vertices, pentamers each contribute to a three-helix triangle. This geometry of interaction is not seen in crystal structures of T = 7 viruses and provides a structural basis for the smaller capsids. We propose that the heterogeneous particles are actually mosaics formed by combining different geometries of interaction from T = 1 capsids and virions. Assembly can be trapped in novel conformations because SV40 interpentamer contacts are relatively strong. The implication is that by virtue of their large catalog of interactions, SV40 pentamers have the ability to self-assemble on and conform to a broad range of shapes.
履歴
登録2013年5月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年5月22日-
マップ公開2014年3月26日-
更新2014年3月26日-
現状2014年3月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2375.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2375.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of SV40 VP1 VLP
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.8 Å/pix.
x 201 pix.
= 361.8 Å		1.8 Å/pix.
x 201 pix.
= 361.8 Å		1.8 Å/pix.
x 201 pix.
= 361.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.8 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.7 / ムービー #1: 2.7
最小 - 最大-16.75599098 - 11.54889202
平均 (標準偏差)0.22530594 (±1.46823072)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-100-100-100
サイズ201201201
Spacing201201201
セルA=B=C: 361.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.81.81.8
M x/y/z201201201
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z361.800361.800361.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ00-40
NX/NY/NZ555581
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-100-100-100
NC/NR/NS201201201
D min/max/mean-16.75611.5490.225

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Reassembled SV40 VP1 VLP with 1.9 Knt RNA

全体名称: Reassembled SV40 VP1 VLP with 1.9 Knt RNA
要素
  • 試料: Reassembled SV40 VP1 VLP with 1.9 Knt RNA
  • ウイルス: Simian virus 40 (ウイルス)
  • RNA: Xenopus elongation factor RNA (1.9 Knt)

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超分子 #1000: Reassembled SV40 VP1 VLP with 1.9 Knt RNA

超分子名称: Reassembled SV40 VP1 VLP with 1.9 Knt RNA / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was directly applied to the grid / 集合状態: 60 SV40 VP1 and one 1.9 Knt RNA / Number unique components: 2
分子量理論値: 3.5 MDa

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超分子 #1: Simian virus 40

超分子名称: Simian virus 40 / タイプ: virus / ID: 1 / 詳細: 1.9 Knt RNA was encapsidated inside the particle / NCBI-ID: 10633 / 生物種: Simian virus 40 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: Hominoidea (哺乳類) / 別称: VERTEBRATES
Host system生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組換細胞: sf9 / 組換プラスミド: pVL1393
分子量理論値: 3 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: VP1 / 直径: 266 Å / T番号(三角分割数): 60

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分子 #1: Xenopus elongation factor RNA (1.9 Knt)

分子名称: Xenopus elongation factor RNA (1.9 Knt) / タイプ: rna / ID: 1 / 分類: OTHER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / 別称: African clawed frog

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2 / 詳細: 125 mM NaCl, 50 mM MOPS
グリッド詳細: Quantifoil R 2/2 holey carbon 200 mesh copper grids
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 93 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 手法: Blot for 4 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡OTHER
温度平均: 97 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 60,000 times magnification
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Omega filter
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
詳細Weak beam illumination
日付2011年7月5日
撮影実像数: 254 / 平均電子線量: 14 e/Å2 / 詳細: Images were recorded on Gatan 4k x 4k CCD
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.1 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダー: Gatan 626 / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

詳細The particles were boxed with e2boxer.py and image processing was done by Auto3dem (v4.02)
CTF補正詳細: Each particle phase-flipping
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: AUTO3DEM / 使用した粒子像数: 3511
最終 角度割当詳細: PO2R refined angle 0.25 degree, center 0.1 degree

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1sva

ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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