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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2375 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of T=1 SV40 VP1 VLP | |||||||||
![]() | Reconstruction of SV40 VP1 VLP | |||||||||
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![]() | Simian virus 40 / SV40 / VLP / T=1 icosahedral capsid / assembly mechanism / nucleic acid substrate | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.2 Å | |||||||||
![]() | Kler S / Wang JC-Y / Dhason RS / Zlotnick A / Oppenheim A | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Scaffold properties are a key determinant of the size and shape of self-assembled virus-derived particles. 著者: Stanislav Kler / Joseph Che-Yen Wang / Mary Dhason / Ariella Oppenheim / Adam Zlotnick / ![]() 要旨: Controlling the geometry of self-assembly will enable a greater diversity of nanoparticles than now available. Viral capsid proteins, one starting point for investigating self-assembly, have evolved ...Controlling the geometry of self-assembly will enable a greater diversity of nanoparticles than now available. Viral capsid proteins, one starting point for investigating self-assembly, have evolved to form regular particles. The polyomavirus SV40 assembles from pentameric subunits and can encapsidate anionic cargos. On short ssRNA (≤814 nt), SV40 pentamers form 22 nm diameter capsids. On RNA too long to fit a T = 1 particle, pentamers forms strings of 22 nm particles and heterogeneous particles of 29-40 nm diameter. However, on dsDNA SV40 forms 50 nm particles composed of 72 pentamers. A 7.2-Å resolution cryo-EM image reconstruction of 22 nm particles shows that they are built of 12 pentamers arranged with T = 1 icosahedral symmetry. At 3-fold vertices, pentamers each contribute to a three-helix triangle. This geometry of interaction is not seen in crystal structures of T = 7 viruses and provides a structural basis for the smaller capsids. We propose that the heterogeneous particles are actually mosaics formed by combining different geometries of interaction from T = 1 capsids and virions. Assembly can be trapped in novel conformations because SV40 interpentamer contacts are relatively strong. The implication is that by virtue of their large catalog of interactions, SV40 pentamers have the ability to self-assemble on and conform to a broad range of shapes. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 10.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 10.9 KB 10.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 130.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 223.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 222.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of SV40 VP1 VLP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Reassembled SV40 VP1 VLP with 1.9 Knt RNA
全体 | 名称: Reassembled SV40 VP1 VLP with 1.9 Knt RNA |
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要素 |
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-超分子 #1000: Reassembled SV40 VP1 VLP with 1.9 Knt RNA
超分子 | 名称: Reassembled SV40 VP1 VLP with 1.9 Knt RNA / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was directly applied to the grid / 集合状態: 60 SV40 VP1 and one 1.9 Knt RNA / Number unique components: 2 |
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分子量 | 理論値: 3.5 MDa |
-超分子 #1: Simian virus 40
超分子 | 名称: Simian virus 40 / タイプ: virus / ID: 1 / 詳細: 1.9 Knt RNA was encapsidated inside the particle / NCBI-ID: 10633 / 生物種: Simian virus 40 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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宿主 | 生物種: ![]() |
Host system | 生物種: ![]() ![]() 組換細胞: sf9 / 組換プラスミド: pVL1393 |
分子量 | 理論値: 3 MDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: VP1 / 直径: 266 Å / T番号(三角分割数): 60 |
-分子 #1: Xenopus elongation factor RNA (1.9 Knt)
分子 | 名称: Xenopus elongation factor RNA (1.9 Knt) / タイプ: rna / ID: 1 / 分類: OTHER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: No |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 / 詳細: 125 mM NaCl, 50 mM MOPS |
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グリッド | 詳細: Quantifoil R 2/2 holey carbon 200 mesh copper grids |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 93 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 手法: Blot for 4 seconds before plunging |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | OTHER |
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温度 | 平均: 97 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 60,000 times magnification |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: Omega filter エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV |
詳細 | Weak beam illumination |
日付 | 2011年7月5日 |
撮影 | 実像数: 254 / 平均電子線量: 14 e/Å2 / 詳細: Images were recorded on Gatan 4k x 4k CCD |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.1 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 倍率(公称値): 60000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Gatan 626 / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
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画像解析
詳細 | The particles were boxed with e2boxer.py and image processing was done by Auto3dem (v4.02) |
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CTF補正 | 詳細: Each particle phase-flipping |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: AUTO3DEM / 使用した粒子像数: 3511 |
最終 角度割当 | 詳細: PO2R refined angle 0.25 degree, center 0.1 degree |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: ![]() |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |