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万見
- EMDB-23745: Cryo-EM structure of zebrafish TRPM5 in the presence of 6 uM calc... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23745
タイトルCryo-EM structure of zebrafish TRPM5 in the presence of 6 uM calcium (open state)
マップデータNon-sharpened map for zebrafish TRPM5 in the presence of 6 uM calcium (open conformation)
試料
  • 複合体: TRPM5 channel
    • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential melastatin 5
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: (25R)-14beta,17beta-spirost-5-en-3beta-ol
  • リガンド: (2R)-2-(hydroxymethyl)-4-{[(25R)-10alpha,14beta,17beta-spirost-5-en-3beta-yl]oxy}butyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-beta-D-glucopyranoside
  • リガンド: water
キーワードIon channel / TRP channel / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ligand-gated calcium channel activity / calcium-activated cation channel activity / calcium ion transmembrane transport / calcium ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transient receptor potential channel, canonical / TRPM, SLOG domain / : / SLOG in TRPM / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Transient receptor potential cation channel subfamily M member 5
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Ruan Z / Lu W
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R56HL144929 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS111031 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01HL153219 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS112363 米国
American Heart Association20POST35120556 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2021
タイトル: Structures of the TRPM5 channel elucidate mechanisms of activation and inhibition.
著者: Zheng Ruan / Emery Haley / Ian J Orozco / Mark Sabat / Richard Myers / Rebecca Roth / Juan Du / Wei Lü /
要旨: The Ca-activated TRPM5 channel plays essential roles in taste perception and insulin secretion. However, the mechanism by which Ca regulates TRPM5 activity remains elusive. We report cryo-EM ...The Ca-activated TRPM5 channel plays essential roles in taste perception and insulin secretion. However, the mechanism by which Ca regulates TRPM5 activity remains elusive. We report cryo-EM structures of the zebrafish TRPM5 in an apo closed state, a Ca-bound open state, and an antagonist-bound inhibited state. We define two novel ligand binding sites: a Ca site (Ca) in the intracellular domain and an antagonist site in the transmembrane domain (TMD). The Ca site is unique to TRPM5 and has two roles: modulating the voltage dependence and promoting Ca binding to the Ca site, which is conserved throughout TRPM channels. Conformational changes initialized from both Ca sites cooperatively open the ion-conducting pore. The antagonist NDNA wedges into the space between the S1-S4 domain and pore domain, stabilizing the transmembrane domain in an apo-like closed state. Our results lay the foundation for understanding the voltage-dependent TRPM channels and developing new therapeutic agents.
履歴
登録2021年4月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年7月7日-
マップ公開2021年7月7日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0146
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0146
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7mbs
  • 表面レベル: 0.0146
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23745.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23745.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Non-sharpened map for zebrafish TRPM5 in the presence of 6 uM calcium (open conformation)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 300 pix.
= 312.6 Å		1.04 Å/pix.
x 300 pix.
= 312.6 Å		1.04 Å/pix.
x 300 pix.
= 312.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.042 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0146 / ムービー #1: 0.0146
最小 - 最大-0.011771066 - 0.045353424
平均 (標準偏差)0.0007684797 (±0.0025766084)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 312.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0421.0421.042
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z312.600312.600312.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-210-210-210
NX/NY/NZ420420420
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.0120.0450.001

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添付データ

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追加マップ: Sharpened map for zebrafish TRPM5 in the presence...

ファイルemd_23745_additional_1.map
注釈Sharpened map for zebrafish TRPM5 in the presence of 6 uM calcium (open conformation)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : TRPM5 channel

全体名称: TRPM5 channel
要素
  • 複合体: TRPM5 channel
    • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential melastatin 5
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: (25R)-14beta,17beta-spirost-5-en-3beta-ol
  • リガンド: (2R)-2-(hydroxymethyl)-4-{[(25R)-10alpha,14beta,17beta-spirost-5-en-3beta-yl]oxy}butyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-beta-D-glucopyranoside
  • リガンド: water

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超分子 #1: TRPM5 channel

超分子名称: TRPM5 channel / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ)

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分子 #1: Transient receptor potential melastatin 5

分子名称: Transient receptor potential melastatin 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
分子量理論値: 132.799 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MVEKSSERFD KQMAGRLGDI DFTGVSRTRG KFVRVTSSTD PAEIYQILTK QWGLAPPHLV VALMGGDEVA QLKPWLRDTL RKGLVKAAQ STGAWILTSG LRFGITKNLG QAVRDHSLAS TSPKVRVVAI GIAPWNMIQN RDLLLSAKPD HPATYPTEDL P YGAVYSLD ...文字列:
MVEKSSERFD KQMAGRLGDI DFTGVSRTRG KFVRVTSSTD PAEIYQILTK QWGLAPPHLV VALMGGDEVA QLKPWLRDTL RKGLVKAAQ STGAWILTSG LRFGITKNLG QAVRDHSLAS TSPKVRVVAI GIAPWNMIQN RDLLLSAKPD HPATYPTEDL P YGAVYSLD CNHSHFILVD EDPKRPGATG EMRVKMLKHI SLQRTGYGGT GSIEIPVLCL LVHGEPRILQ KMYKNIQNSI PW LILAGSG GVADILVTLM DRGCWDADIV QELLINTFPD GLHSTEITSW TKLIQRILDH GHLLTVHDPE QDSELDTVIL KAL VKACKS QSQEAQDFLD ELKLAVAWNR VDIAKSEIFS GDVQWSAQDL EEVMMEALVN DKPDFVRLFV DNGVNIKQFL TYGR LQELY CSVSEKNLLH TLLLKKNQER QAQLARKRMS GNPNNELGDR KFRFTFHEVS KVLKDFLDDT CKGFYQKLPA ERMGK GRLF HSQKNLPDMD RRCEHPWRDL FLWAILQNRQ EMANYFWAMG PEAVAAALVG CKIMKEMAHL ATEAESARSM KNAKYE QFA MDLFSECYSN SEDRAYSLLV RKTCCWSKAT VLNIATLAEA KCFFAHDGVQ ALLTKVWWGA MRTDTSISRL VLTFFIP PL VWTSLIKFNP EEQVSKDEGE PFAELDSLET EQALLLTDGD PVAGEGSAET AARSCSATFI RVVLRRWNRF WSAPVTVF M GNVIMYFAFL ILFSYVLLLD FRPPPPYGPS AAEIILYFWV FTLVLEEIRQ SFFTDEDMSI LKKMKLYVED NWNKCDMVA ISLFVVGLSC RMAMSTYEAG RTVLALDFMV FTLRLIHIFA IHKQLGPKII IVERMIKDVF FFLFFLSVWL IAYGVTTQAL LHPNDPRID WVFRRALYRP YLHIFGQIPL EEIDAAKMPD DNCTTDVQEI ILGTLPPCPN IYANWLVILL LVIYLLVTNV L LLNLLIAM FSYTFQVVQE NADIFWKFQR YNLIVEYHSR PALAPPFIII SHITQALLSF IKKTENTQDL LERELPSGLD QK LMTWETV QKENYLAKLE HEHRESSGER LRYTSSKVQT LLRMVGGFKD QEKRMATVET EVRYCGEVLS WIAECFHKST LKC DRDAPK APRSIAGSSR DQQPQGAKRQ QPGGHPAYGT DKKLPFIDH

UniProtKB: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 5

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分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #3: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 8 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #4: (25R)-14beta,17beta-spirost-5-en-3beta-ol

分子名称: (25R)-14beta,17beta-spirost-5-en-3beta-ol / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: YUV
分子量理論値: 414.621 Da
Chemical component information

ChemComp-YUV:
(25R)-14beta,17beta-spirost-5-en-3beta-ol / ジオスゲニン

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分子 #5: (2R)-2-(hydroxymethyl)-4-{[(25R)-10alpha,14beta,17beta-spirost-5-...

分子名称: (2R)-2-(hydroxymethyl)-4-{[(25R)-10alpha,14beta,17beta-spirost-5-en-3beta-yl]oxy}butyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-beta-D-glucopyranoside
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: YUY
分子量理論値: 841.033 Da
Chemical component information

ChemComp-YUY:
(2R)-2-(hydroxymethyl)-4-{[(25R)-10alpha,14beta,17beta-spirost-5-en-3beta-yl]oxy}butyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-beta-D-glucopyranoside

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分子 #6: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 16 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 49.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用した粒子像数: 23000
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7mbs:
Cryo-EM structure of zebrafish TRPM5 in the presence of 6 uM calcium (open state)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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