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万見
- EMDB-2373: ribosome-RelA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2373
タイトルribosome-RelA complex
マップデータreconstruction of ribosome-RelA complex
試料
  • 試料: 70S-RelA complex
  • 複合体: 70S ribosome
  • RNA: deacylated tRNA
  • RNA: tRNA
  • RNA: tRNA
  • タンパク質・ペプチド: RelA
キーワードribosome / RelA / stringent response
生物種Thermus thermophilus (バクテリア) / Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 14.5 Å
データ登録者Agirrezabala X / Fernandez I / Kelley A / Gil-Carton D / Ramakrishnan V / Valle M
引用ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2013
タイトル: The ribosome triggers the stringent response by RelA via a highly distorted tRNA.
著者: Xabier Agirrezabala / Israel S Fernández / Ann C Kelley / David Gil Cartón / Venki Ramakrishnan / Mikel Valle /
要旨: The bacterial stringent response links nutrient starvation with the transcriptional control of genes. This process is initiated by the stringent factor RelA, which senses the presence of deacylated ...The bacterial stringent response links nutrient starvation with the transcriptional control of genes. This process is initiated by the stringent factor RelA, which senses the presence of deacylated tRNA in the ribosome as a symptom of amino-acid starvation to synthesize the alarmone (p)ppGpp. Here we report a cryo-EM study of RelA bound to ribosomes bearing cognate, deacylated tRNA in the A-site. The data show that RelA on the ribosome stabilizes an unusual distorted form of the tRNA, with the acceptor arm making contact with RelA and far from its normal location in the peptidyl transferase centre.
履歴
登録2013年5月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年5月29日-
マップ公開2013年7月31日-
更新2013年9月11日-
現状2013年9月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.175
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.175
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2373-4.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2373.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 34.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈reconstruction of ribosome-RelA complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.75 Å/pix.
x 210 pix.
= 367.5 Å		1.75 Å/pix.
x 210 pix.
= 367.5 Å		1.75 Å/pix.
x 210 pix.
= 367.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.75 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.175 / ムービー #1: 0.175
最小 - 最大-0.22494394 - 1.17451715
平均 (標準偏差)0.0393284 (±0.15456907)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ210210210
Spacing210210210
セルA=B=C: 367.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.751.751.75
M x/y/z210210210
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z367.500367.500367.500
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ00-40
NX/NY/NZ555581
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS210210210
D min/max/mean-0.2251.1750.039

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 70S-RelA complex

全体名称: 70S-RelA complex
要素
  • 試料: 70S-RelA complex
  • 複合体: 70S ribosome
  • RNA: deacylated tRNA
  • RNA: tRNA
  • RNA: tRNA
  • タンパク質・ペプチド: RelA

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超分子 #1000: 70S-RelA complex

超分子名称: 70S-RelA complex / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 5
分子量理論値: 2.5 MDa

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超分子 #1: 70S ribosome

超分子名称: 70S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: ALL
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (バクテリア)
分子量理論値: 2.5 MDa

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分子 #1: deacylated tRNA

分子名称: deacylated tRNA / タイプ: rna / ID: 1 / 分類: OTHER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (バクテリア)

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分子 #2: tRNA

分子名称: tRNA / タイプ: rna / ID: 2 / 分類: OTHER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (バクテリア)

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分子 #3: tRNA

分子名称: tRNA / タイプ: rna / ID: 3 / 分類: OTHER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (バクテリア)

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分子 #4: RelA

分子名称: RelA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.25 mg/mL
緩衝液pH: 7.45
詳細: 5mM Hepes-KOH pH 7.45, 50mM KCl, 10mM NH4Cl, 10mM Mg-acetate, 5mM beta-mercapto-ethanol
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: cryo
グリッド詳細: Quantifoil grids (2/4) with thin carbon on top
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 90 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I / 手法: Blot for 3 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FS
アライメント法Legacy - 非点収差: corrected at 100k
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: in-column Omega filter
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 15.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
日付2012年1月15日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 425 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 40000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 40000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

詳細particles were selected by combining automated particle picking , multivariate data analysis and visual inspection
CTF補正詳細: defocus groups
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 14.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: XMIPP, SPIDER / 使用した粒子像数: 28791

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2wrn
PDB 未公開エントリ

ソフトウェア名称: MDFF
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

2wro
PDB 未公開エントリ

ソフトウェア名称: MDFF
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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