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万見
- EMDB-23634: AAV3 in liquid phase -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23634
タイトルAAV3 in liquid phase
マップデータ
試料
  • ウイルス: Adeno-associated virus - 3 (アデノ随伴ウイルス)
キーワードAAV3 / AAV / cryoem / pdb / map / virus / liquid-phase
生物種Adeno-associated virus - 3 (アデノ随伴ウイルス)
手法単粒子再構成法 / 解像度: 5.0 Å
データ登録者Jonaid GM / Kelly DF
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA193578, R01CA227261, R01CA219700 米国
引用ジャーナル: Adv Mater / 年: 2021
タイトル: High-Resolution Imaging of Human Viruses in Liquid Droplets.
著者: G M Jonaid / William J Dearnaley / Michael A Casasanta / Liam Kaylor / Samantha Berry / Madeline J Dukes / Michael S Spilman / Jennifer L Gray / Deborah F Kelly /
要旨: Liquid-phase electron microscopy (LP-EM) is an exciting new area in the materials imaging field, providing unprecedented views of molecular processes. Time-resolved insights from LP-EM studies are a ...Liquid-phase electron microscopy (LP-EM) is an exciting new area in the materials imaging field, providing unprecedented views of molecular processes. Time-resolved insights from LP-EM studies are a strong complement to the remarkable results achievable with other high-resolution techniques. Here, the opportunities to expand LP-EM technology beyond 2D temporal assessments and into the 3D regime are described. The results show new structures and dynamic insights of human viruses contained in minute volumes of liquid while acquired in a rapid timeframe. To develop this strategy, adeno-associated virus (AAV) is used as a model system. AAV is a well-known gene therapy vehicle with current applications involving drug delivery and vaccine development for COVID-19. Improving the understanding of the physical properties of biological entities in a liquid state, as maintained in the human body, has broad societal implications for human health and disease.
履歴
登録2021年3月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月31日-
マップ公開2022年8月31日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_23634.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23634.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.00507
最小 - 最大-0.020897143 - 0.021350265
平均 (標準偏差)0.0006894457 (±0.0029842511)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ340340340
Spacing340340340
セルA=B=C: 340.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Adeno-associated virus - 3

全体名称: Adeno-associated virus - 3 (アデノ随伴ウイルス)
要素
  • ウイルス: Adeno-associated virus - 3 (アデノ随伴ウイルス)

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超分子 #1: Adeno-associated virus - 3

超分子名称: Adeno-associated virus - 3 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 46350 / 生物種: Adeno-associated virus - 3 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 250.0 Å

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実験情報

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構造解析

解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッド材質: SILICON NITRIDE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS TALOS F200C
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-12 (4k x 3k)
検出モード: OTHER / 平均電子線量: 1.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.08) / 使用した粒子像数: 16800
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類クラス数: 1

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3kic


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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