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- EMDB-23621: A tomogram of the T. brucei flagellum in its bloodstream form -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23621
タイトルA tomogram of the T. brucei flagellum in its bloodstream form
マップデータA tomogram of the T. brucei flagellum in its bloodstream form
試料
  • 細胞器官・細胞要素: A tomogram of the T. brucei flagellum in its bloodstream form
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 20.424 Å
データ登録者Zhang J / Wang H
資金援助 米国, スイス, 10件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM071940 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI052348 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)DE028583 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)S10RR23057 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD018111 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24GM116792 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1548924 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DBI-1338135 米国
Swiss National Science FoundationP300PA_174358 スイス
Swiss National Science FoundationP2BEP3_162094 スイス
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2021
タイトル: Structure of the trypanosome paraflagellar rod and insights into non-planar motility of eukaryotic cells.
著者: Jiayan Zhang / Hui Wang / Simon Imhof / Xueting Zhou / Shiqing Liao / Ivo Atanasov / Wong H Hui / Kent L Hill / Z Hong Zhou /
要旨: Eukaryotic flagella (synonymous with cilia) rely on a microtubule-based axoneme, together with accessory filaments to carryout motility and signaling functions. While axoneme structures are well ...Eukaryotic flagella (synonymous with cilia) rely on a microtubule-based axoneme, together with accessory filaments to carryout motility and signaling functions. While axoneme structures are well characterized, 3D ultrastructure of accessory filaments and their axoneme interface are mostly unknown, presenting a critical gap in understanding structural foundations of eukaryotic flagella. In the flagellum of the protozoan parasite Trypanosoma brucei (T. brucei), the axoneme is accompanied by a paraflagellar rod (PFR) that supports non-planar motility and signaling necessary for disease transmission and pathogenesis. Here, we employed cryogenic electron tomography (cryoET) with sub-tomographic averaging, to obtain structures of the PFR, PFR-axoneme connectors (PACs), and the axonemal central pair complex (CPC). The structures resolve how the 8 nm repeat of the axonemal tubulin dimer interfaces with the 54 nm repeat of the PFR, which consist of proximal, intermediate, and distal zones. In the distal zone, stacked "density scissors" connect with one another to form a "scissors stack network (SSN)" plane oriented 45° to the axoneme axis; and ~370 parallel SSN planes are connected by helix-rich wires into a paracrystalline array with ~90% empty space. Connections from these wires to the intermediate zone, then to overlapping layers of the proximal zone and to the PACs, and ultimately to the CPC, point to a contiguous pathway for signal transmission. Together, our findings provide insights into flagellum-driven, non-planar helical motility of T. brucei and have broad implications ranging from cell motility and tensegrity in biology, to engineering principles in bionics.
履歴
登録2021年3月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年7月28日-
マップ公開2021年7月28日-
更新2021年7月28日-
現状2021年7月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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添付画像

emd_23621.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23621.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 146.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈A tomogram of the T. brucei flagellum in its bloodstream form
ボクセルのサイズX=Y=Z: 20.424 Å
密度
最小 - 最大-24.127625 - 1.8848237
平均 (標準偏差)-0.38438046 (±0.28454807)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ464480172
Spacing480464172
セルA: 9803.52 Å / B: 9476.736 Å / C: 3512.928 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z20.42420.42420.424
M x/y/z480464172
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z9803.5209476.7363512.928
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ1331310
NX/NY/NZ223226424
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS480464172
D min/max/mean-24.1281.885-0.384

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : A tomogram of the T. brucei flagellum in its bloodstream form

全体名称: A tomogram of the T. brucei flagellum in its bloodstream form
要素
  • 細胞器官・細胞要素: A tomogram of the T. brucei flagellum in its bloodstream form

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超分子 #1: A tomogram of the T. brucei flagellum in its bloodstream form

超分子名称: A tomogram of the T. brucei flagellum in its bloodstream form
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Organelle: Flagellum

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカー直径: 5 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 100.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.424 Å / 使用した粒子像数: 41

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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