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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23610 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM asymmetric structure of Grafix-stabilized PaFS octameric prenyltransferase domain | |||||||||
マップデータ | Octameric core prenyltransferase domain of PaFS, subjected to crosslinking, with imposed C2 symmetry | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 fusicocca-2,10(14)-diene synthase / alcohol biosynthetic process / mycotoxin biosynthetic process / geranylgeranyl diphosphate synthase / ketone biosynthetic process / farnesyltranstransferase activity / isoprenoid biosynthetic process / lyase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Diaporthe amygdali (菌類) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Faylo JL / van Eeuwen T / Murakami K / Christianson DW | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Structural insight on assembly-line catalysis in terpene biosynthesis. 著者: Jacque L Faylo / Trevor van Eeuwen / Hee Jong Kim / Jose J Gorbea Colón / Benjamin A Garcia / Kenji Murakami / David W Christianson / 要旨: Fusicoccadiene synthase from Phomopsis amygdali (PaFS) is a unique bifunctional terpenoid synthase that catalyzes the first two steps in the biosynthesis of the diterpene glycoside Fusicoccin A, a ...Fusicoccadiene synthase from Phomopsis amygdali (PaFS) is a unique bifunctional terpenoid synthase that catalyzes the first two steps in the biosynthesis of the diterpene glycoside Fusicoccin A, a mediator of 14-3-3 protein interactions. The prenyltransferase domain of PaFS generates geranylgeranyl diphosphate, which the cyclase domain then utilizes to generate fusicoccadiene, the tricyclic hydrocarbon skeleton of Fusicoccin A. Here, we use cryo-electron microscopy to show that the structure of full-length PaFS consists of a central octameric core of prenyltransferase domains, with the eight cyclase domains radiating outward via flexible linker segments in variable splayed-out positions. Cryo-electron microscopy and chemical crosslinking experiments additionally show that compact conformations can be achieved in which cyclase domains are more closely associated with the prenyltransferase core. This structural analysis provides a framework for understanding substrate channeling, since most of the geranylgeranyl diphosphate generated by the prenyltransferase domains remains on the enzyme for cyclization to form fusicoccadiene. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_23610.map.gz | 7.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-23610-v30.xml emd-23610.xml | 17.6 KB 17.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_23610_fsc.xml | 5.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_23610.png | 118.6 KB | ||
マスクデータ | emd_23610_msk_1.map | 10.5 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_23610_half_map_1.map.gz emd_23610_half_map_2.map.gz | 7.9 MB 7.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23610 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23610 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_23610.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 10.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Octameric core prenyltransferase domain of PaFS, subjected to crosslinking, with imposed C2 symmetry | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.16 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_23610_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: unsharpened, unfiltered half-map, particles subjected to partial signal...
ファイル | emd_23610_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | unsharpened, unfiltered half-map, particles subjected to partial signal subtraction | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: unsharpened, unfiltered half-map, particles subjected to partial signal...
ファイル | emd_23610_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | unsharpened, unfiltered half-map, particles subjected to partial signal subtraction | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Apo octameric core prenyltransferase domain of PaFS
全体 | 名称: Apo octameric core prenyltransferase domain of PaFS |
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要素 |
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-超分子 #1: Apo octameric core prenyltransferase domain of PaFS
超分子 | 名称: Apo octameric core prenyltransferase domain of PaFS / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Reconstruction of single domain of full-length complex was calculated by partial signal subtraction. Refinement imposed C2 symmetry. |
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由来(天然) | 生物種: Diaporthe amygdali (菌類) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 実験値: 392 KDa |
-分子 #1: Fusicoccadiene synthase from Phomopsis amygdali
分子 | 名称: Fusicoccadiene synthase from Phomopsis amygdali / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: fusicocca-2,10(14)-diene synthase |
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由来(天然) | 生物種: Diaporthe amygdali (菌類) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MEFKYSEVVE PSTYYTEGLC EGIDVRKSKF TTLEDRGAIR AHEDWNKHIG PCGEYRGTLG PRFSFISVA VPECIPERLE VISYANEFAF LHDDVTDHVG HDTGEVENDE MMTVFLEAAH T GAIDTSNK VDIRRAGKKR IQSQLFLEML ...文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MEFKYSEVVE PSTYYTEGLC EGIDVRKSKF TTLEDRGAIR AHEDWNKHIG PCGEYRGTLG PRFSFISVA VPECIPERLE VISYANEFAF LHDDVTDHVG HDTGEVENDE MMTVFLEAAH T GAIDTSNK VDIRRAGKKR IQSQLFLEML AIDPECAKTT MKSWARFVEV GSSRQHETRF VE LAKYIPY RIMDVGEMFW FGLVTFGLGL HIPDHELELC RELMANAWIA VGLQNDIWSW PKE RDAATL HGKDHVVNAI WVLMQEHQTD VDGAMQICRK LIVEYVAKYL EVIEATKNDE SISL DLRKY LDAMLYSISG NVVWSLECPR YNPDVSFNKT QLEWMRQGLP SLESCPVLAR SPEID SDES AVSPTADESD STEDSLGSGS RQDSSLSTGL SLSPVHSNEG KDLQRVDTDH IFFEKA VLE APYDYIASMP SKGVRDQFID ALNDWLRVPD VKVGKIKDAV RVLHNSSLLL DDFQDNS PL RRGKPSTHNI FGSAQTVNTA TYSIIKAIGQ IMEFSAGESV QEVMNSIMIL FQGQAMDL F WTYNGHVPSE EEYYRMIDQK TGQLFSIATS LLLNAADNEI PRTKIQSCLH RLTRLLGRC FQIRDDYQNL VSADYTKQKG FCEDLDEGKW SLALIHMIHK QRSHMALLNV LSTGRKHGGM TLEQKQFVL DIIEEEKSLD YTRSVMMDLH VQLRAEIGRI EILLDSPNPA MRLLLELLRV |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.7 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
詳細 | PaFS was subjected to gradient fixation using glutaraldehyde |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 6544 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: AB INITIO MODEL |
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