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万見
- EMDB-2359: Structure and conformational variability of the Mycobacterium tub... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2359
タイトルStructure and conformational variability of the Mycobacterium tuberculosis fatty acid synthase multienzyme complex
マップデータM. tuberculosis type-I fatty acid synthase map 3
試料
  • 試料: M. tuberculosis type-I fatty acid synthase
  • タンパク質・ペプチド: Type-I fatty acid synthase
キーワードM. tuberculosis / fatty acid synthesis / sample heterogeneity / protein flexibility / codimensional principal component analysis
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 27.0 Å
データ登録者Ciccarelli L / Connell SR / Enderle M / Mills DJ / Vonck J / Grininger M
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Structure and conformational variability of the mycobacterium tuberculosis fatty acid synthase multienzyme complex.
著者: Luciano Ciccarelli / Sean R Connell / Mathias Enderle / Deryck J Mills / Janet Vonck / Martin Grininger /
要旨: Antibiotic therapy in response to Mycobacterium tuberculosis infections targets de novo fatty acid biosynthesis, which is orchestrated by a 1.9 MDa type I fatty acid synthase (FAS). Here, we ...Antibiotic therapy in response to Mycobacterium tuberculosis infections targets de novo fatty acid biosynthesis, which is orchestrated by a 1.9 MDa type I fatty acid synthase (FAS). Here, we characterize M. tuberculosis FAS by single-particle cryo-electron microscopy and interpret the data by docking the molecular models of yeast and Mycobacterium smegmatis FAS. Our analysis reveals a porous barrel-like structure of considerable conformational variability that is illustrated by the identification of several conformational states with altered topology in the multienzymatic assembly. This demonstrates that the barrel-like structure of M. tuberculosis FAS is not just a static scaffold for the catalytic domains, but may play an active role in coordinating fatty acid synthesis. The conception of M. tuberculosis FAS as a highly dynamic assembly of domains revises the view on bacterial type I fatty acid synthesis and might inspire new strategies for inhibition of de novo fatty acid synthesis in M. tuberculosis.
履歴
登録2013年4月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年4月17日-
マップ公開2013年6月19日-
更新2016年10月12日-
現状2016年10月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2359.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2359.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 29.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈M. tuberculosis type-I fatty acid synthase map 3
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.28 Å/pix.
x 200 pix.
= 456. Å		2.28 Å/pix.
x 200 pix.
= 456. Å		2.28 Å/pix.
x 200 pix.
= 456. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.28 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.1 / ムービー #1: 2.8
最小 - 最大-2.62999868 - 11.121350290000001
平均 (標準偏差)0.0 (±0.99999994)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 456.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.282.282.28
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z456.000456.000456.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-2.63011.121-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : M. tuberculosis type-I fatty acid synthase

全体名称: M. tuberculosis type-I fatty acid synthase
要素
  • 試料: M. tuberculosis type-I fatty acid synthase
  • タンパク質・ペプチド: Type-I fatty acid synthase

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超分子 #1000: M. tuberculosis type-I fatty acid synthase

超分子名称: M. tuberculosis type-I fatty acid synthase / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1
分子量実験値: 2.0 MDa

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分子 #1: Type-I fatty acid synthase

分子名称: Type-I fatty acid synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: FAS / 集合状態: Homohexamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量実験値: 2.0 MDa / 理論値: 2.0 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

グリッド詳細: Quantifoils copper grid
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
日付2010年12月16日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 27.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2, SPARX / 使用した粒子像数: 3357

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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