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万見
- EMDB-23562: Negative stain EM map of 1E01 Fab in complex with N2 Singapore16 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23562
タイトルNegative stain EM map of 1E01 Fab in complex with N2 Singapore16
マップデータNegative stain EM map of 1E01 Fab in complex with N2 Singapore16
試料
  • 複合体: 1E01 antibody-Neuraminidase N2 Singapore16 complex
    • 複合体: 1E01 antibody
    • 複合体: Neuraminidase N2 Singapore16
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / : / exo-alpha-sialidase / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 34 / Neuraminidase / Sialidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 14.9 Å
データ登録者Turner HL / Ward AB
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93019C00051 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Antibodies targeting the neuraminidase active site inhibit influenza H3N2 viruses with an S245N glycosylation site.
著者: Daniel Stadlbauer / Meagan McMahon / Hannah L Turner / Xueyong Zhu / Hongquan Wan / Juan Manuel Carreño / George O'Dell / Shirin Strohmeier / Zain Khalil / Marta Luksza / Harm van Bakel / ...著者: Daniel Stadlbauer / Meagan McMahon / Hannah L Turner / Xueyong Zhu / Hongquan Wan / Juan Manuel Carreño / George O'Dell / Shirin Strohmeier / Zain Khalil / Marta Luksza / Harm van Bakel / Viviana Simon / Ali H Ellebedy / Ian A Wilson / Andrew B Ward / Florian Krammer /
要旨: Contemporary influenza A H3N2 viruses circulating since 2016 have acquired a glycosylation site in the neuraminidase in close proximity to the enzymatic active site. Here, we investigate if this ...Contemporary influenza A H3N2 viruses circulating since 2016 have acquired a glycosylation site in the neuraminidase in close proximity to the enzymatic active site. Here, we investigate if this S245N glycosylation site, as a result of antigenic evolution, can impact binding and function of human monoclonal antibodies that target the conserved active site. While we find that a reduction in the inhibitory ability of neuraminidase active site binders is measurable, this class of broadly reactive monoclonal antibodies maintains protective efficacy in vivo.
履歴
登録2021年3月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月9日-
マップ公開2022年3月9日-
更新2023年1月11日-
現状2023年1月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0152
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0152
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23562.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23562.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Negative stain EM map of 1E01 Fab in complex with N2 Singapore16
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.77 Å/pix.
x 160 pix.
= 283.2 Å		1.77 Å/pix.
x 160 pix.
= 283.2 Å		1.77 Å/pix.
x 160 pix.
= 283.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.77 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0152 / ムービー #1: 0.0152
最小 - 最大-0.03598675 - 0.070487246
平均 (標準偏差)0.00015243658 (±0.005923321)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 283.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.771.771.77
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z283.200283.200283.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ161360275
NX/NY/NZ300237246
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-0.0360.0700.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 1E01 antibody-Neuraminidase N2 Singapore16 complex

全体名称: 1E01 antibody-Neuraminidase N2 Singapore16 complex
要素
  • 複合体: 1E01 antibody-Neuraminidase N2 Singapore16 complex
    • 複合体: 1E01 antibody
    • 複合体: Neuraminidase N2 Singapore16

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超分子 #1: 1E01 antibody-Neuraminidase N2 Singapore16 complex

超分子名称: 1E01 antibody-Neuraminidase N2 Singapore16 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0

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超分子 #3: 1E01 antibody

超分子名称: 1E01 antibody / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

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超分子 #2: Neuraminidase N2 Singapore16

超分子名称: Neuraminidase N2 Singapore16 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl formate
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 25 sec.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 14.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 40555
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 詳細: bayesian polishing
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 詳細: bayesian poilishing
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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