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万見
- EMDB-2355: Negative staining three dimensional reconstruction of bacteriopha... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2355
タイトルNegative staining three dimensional reconstruction of bacteriophage T7 large terminase
マップデータThreedimensional reconstruction of bacteriophage T7 large terminase
試料
  • 試料: Full-length large terminase of bacteriophage T7
  • タンパク質・ペプチド: DNA maturase B
キーワードATPase / bacteriophage / DNA translocation / Packaging / single-particle reconstruction / terminase.
機能・相同性
機能・相同性情報


: / viral terminase, large subunit / viral DNA genome packaging / nuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / chromosome organization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / endonuclease activity / nucleotide binding / ATP hydrolysis activity ...: / viral terminase, large subunit / viral DNA genome packaging / nuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / chromosome organization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / endonuclease activity / nucleotide binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Terminase, large subunit gp19 / : / : / Terminase Bacteriophage T7, Ribonuclease H-like domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Terminase, large subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T7 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 16.0 Å
データ登録者Dauden MI / Martin-Benito J / Sanchez-Ferrero JC / Pulido-Cid M / Valpuesta JM / Carrascosa JL
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2013
タイトル: Large terminase conformational change induced by connector binding in bacteriophage T7.
著者: María I Daudén / Jaime Martín-Benito / Juan C Sánchez-Ferrero / Mar Pulido-Cid / José M Valpuesta / José L Carrascosa /
要旨: During bacteriophage morphogenesis DNA is translocated into a preformed prohead by the complex formed by the portal protein, or connector, plus the terminase, which are located at an especial prohead ...During bacteriophage morphogenesis DNA is translocated into a preformed prohead by the complex formed by the portal protein, or connector, plus the terminase, which are located at an especial prohead vertex. The terminase is a powerful motor that converts ATP hydrolysis into mechanical movement of the DNA. Here, we have determined the structure of the T7 large terminase by electron microscopy. The five terminase subunits assemble in a toroid that encloses a channel wide enough to accommodate dsDNA. The structure of the complete connector-terminase complex is also reported, revealing the coupling between the terminase and the connector forming a continuous channel. The structure of the terminase assembled into the complex showed a different conformation when compared with the isolated terminase pentamer. To understand in molecular terms the terminase morphological change, we generated the terminase atomic model based on the crystallographic structure of its phage T4 counterpart. The docking of the threaded model in both terminase conformations showed that the transition between the two states can be achieved by rigid body subunit rotation in the pentameric assembly. The existence of two terminase conformations and its possible relation to the sequential DNA translocation may shed light into the molecular bases of the packaging mechanism of bacteriophage T7.
履歴
登録2013年4月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年4月24日-
マップ公開2013年5月8日-
更新2013年6月19日-
現状2013年6月19日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0383
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0383
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-4bij
  • 表面レベル: 0.0383
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2355.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2355.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Threedimensional reconstruction of bacteriophage T7 large terminase
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.4 Å/pix.
x 80 pix.
= 352. Å		4.4 Å/pix.
x 80 pix.
= 352. Å		4.4 Å/pix.
x 80 pix.
= 352. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.4 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0383 / ムービー #1: 0.0383
最小 - 最大-0.05090131 - 0.09429953
平均 (標準偏差)0.00008561 (±0.00896379)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ808080
Spacing808080
セルA=B=C: 352.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.44.44.4
M x/y/z808080
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z352.000352.000352.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ00-40
NX/NY/NZ555581
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS808080
D min/max/mean-0.0510.0940.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Full-length large terminase of bacteriophage T7

全体名称: Full-length large terminase of bacteriophage T7
要素
  • 試料: Full-length large terminase of bacteriophage T7
  • タンパク質・ペプチド: DNA maturase B

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超分子 #1000: Full-length large terminase of bacteriophage T7

超分子名称: Full-length large terminase of bacteriophage T7 / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: pentamer / Number unique components: 1
分子量理論値: 335 KDa

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分子 #1: DNA maturase B

分子名称: DNA maturase B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
Name.synonym: gp19, large terminase, DNA-packaging protein B
詳細: gp19 monomer is a 67 kDa protein / コピー数: 5 / 集合状態: Pentamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T7 (ファージ) / 別称: bacteriophage T7
分子量理論値: 335 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3) pLys / 組換プラスミド: pET21(+)
配列UniProtKB: Terminase, large subunit
GO: GO: 0090305, nucleotide binding, nuclease activity, endonuclease activity, ATP binding

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
詳細: 50 mM Sodium Phosphate buffer pH 7, 300 mM NaCl, 10 mM MgCl2, 1 mM ADP, 5 mM DTT and 20% (v/v) glycerol.
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: GraFix-fixated proteins stained on 2% w/v uranyl acetate for 1 min.
グリッド詳細: Cu-collodion grids with thin carbon support, glow discharged.
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
アライメント法Legacy - 非点収差: FFT live
日付2009年10月23日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 1005 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 100 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 67000
試料ステージ試料ホルダー: GATAN convetional holder / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The particles were selected using Maximum Likelihood procedures form an initial set of 14097 particles.
CTF補正詳細: Each plate
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.33 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: XMIPP, EMAN, Spider / 使用した粒子像数: 3650
最終 角度割当詳細: SPIDER

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3cpe

ソフトウェア名称: Chimera, SITUS
詳細3CPE PDB was used as a template for the generation of the homology model of gp19 protein
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: volumetric correlation
得られたモデル

PDB-4bij:
Threading model of T7 large terminase

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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