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万見
- EMDB-23531: D3-19.19 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23531
タイトルD3-19.19
マップデータ
試料
  • 複合体: D3-19.19
    • 複合体: D3-19.19
      • タンパク質・ペプチド: D3-19.19
生物種synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 19.0 Å
データ登録者Park YJ / Ivan V / Baker D / Veesler D
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM120553 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021
タイトル: Generation of ordered protein assemblies using rigid three-body fusion.
著者: Ivan Vulovic / Qing Yao / Young-Jun Park / Alexis Courbet / Andrew Norris / Florian Busch / Aniruddha Sahasrabuddhe / Hannes Merten / Danny D Sahtoe / George Ueda / Jorge A Fallas / Sara J ...著者: Ivan Vulovic / Qing Yao / Young-Jun Park / Alexis Courbet / Andrew Norris / Florian Busch / Aniruddha Sahasrabuddhe / Hannes Merten / Danny D Sahtoe / George Ueda / Jorge A Fallas / Sara J Weaver / Yang Hsia / Robert A Langan / Andreas Plückthun / Vicki H Wysocki / David Veesler / Grant J Jensen / David Baker /
要旨: Protein nanomaterial design is an emerging discipline with applications in medicine and beyond. A long-standing design approach uses genetic fusion to join protein homo-oligomer subunits via α- ...Protein nanomaterial design is an emerging discipline with applications in medicine and beyond. A long-standing design approach uses genetic fusion to join protein homo-oligomer subunits via α-helical linkers to form more complex symmetric assemblies, but this method is hampered by linker flexibility and a dearth of geometric solutions. Here, we describe a general computational method for rigidly fusing homo-oligomer and spacer building blocks to generate user-defined architectures that generates far more geometric solutions than previous approaches. The fusion junctions are then optimized using Rosetta to minimize flexibility. We apply this method to design and test 92 dihedral symmetric protein assemblies using a set of designed homodimers and repeat protein building blocks. Experimental validation by native mass spectrometry, small-angle X-ray scattering, and negative-stain single-particle electron microscopy confirms the assembly states for 11 designs. Most of these assemblies are constructed from designed ankyrin repeat proteins (DARPins), held in place on one end by α-helical fusion and on the other by a designed homodimer interface, and we explored their use for cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structure determination by incorporating DARPin variants selected to bind targets of interest. Although the target resolution was limited by preferred orientation effects and small scaffold size, we found that the dual anchoring strategy reduced the flexibility of the target-DARPIN complex with respect to the overall assembly, suggesting that multipoint anchoring of binding domains could contribute to cryo-EM structure determination of small proteins.
履歴
登録2021年2月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年6月9日-
マップ公開2021年6月9日-
更新2021年7月14日-
現状2021年7月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23531.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23531.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 686.5 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 6.4 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.8 / ムービー #1: 1.8
最小 - 最大-0.66838765 - 6.1680074
平均 (標準偏差)0.025033068 (±0.39375052)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ565656
Spacing565656
セルA=B=C: 358.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z6.46.46.4
M x/y/z565656
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z358.400358.400358.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS565656
D min/max/mean-0.6686.1680.025

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_23531_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_23531_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_23531_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : D3-19.19

全体名称: D3-19.19
要素
  • 複合体: D3-19.19
    • 複合体: D3-19.19
      • タンパク質・ペプチド: D3-19.19

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超分子 #1: D3-19.19

超分子名称: D3-19.19 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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超分子 #2: D3-19.19

超分子名称: D3-19.19 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: all
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

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分子 #1: D3-19.19

分子名称: D3-19.19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
配列文字列: MHHHHHHGSS EKARIAVENL EAALRLNRAA AEMQKSAIKI VDDNSSDVRA IEYLALTSAV LAESLLLLLA SLELAEKALR EEGSDDSAEK VRKEAEEILE ESARIAAEAA EESLRAAEEA IELARKTGDS DALRAAAEAL KAARAAVRAA IAANPDDDKA EEIAKRLEEA ...文字列:
MHHHHHHGSS EKARIAVENL EAALRLNRAA AEMQKSAIKI VDDNSSDVRA IEYLALTSAV LAESLLLLLA SLELAEKALR EEGSDDSAEK VRKEAEEILE ESARIAAEAA EESLRAAEEA IELARKTGDS DALRAAAEAL KAARAAVRAA IAANPDDDKA EEIAKRLEEA LNRVLHEAAE RGDQDAVKLV IEAGGDVNAR DSDGRTPLHH AAENGHAEVV ALLIRKGADV NAKDSDGRTP LHHAAENGHD EVVLILLLKG ADVNAKDSDG RTPLHHAAEN GHKRVVLVLI LAGADVNTSD SDGRTPLDHA RENGNEKVVK ALQEQ

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: UF

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: cryoSPARC ab initio
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D3 (2回x3回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 19.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 10284
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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