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万見
- EMDB-23440: Shigella Pod -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23440
タイトルShigella Pod
マップデータpod monomer, MxiG, MxiK, and Spa33
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Pods of the Sorting Platform in the Shigella Type III Secretion System
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion / cell outer membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Type III secretion system outer membrane, SpaO / Type III secretion system lipoprotein HrcJ/YscJ / Type III secretion system, PrgH/EprH-like / Type III secretion system protein PrgH-EprH (PrgH) / Flagellar motor switch protein FliN-like, C-terminal domain / SpoA-like superfamily / Type III flagellar switch regulator (C-ring) FliN C-term / Lipoprotein YscJ/Flagellar M-ring protein / Secretory protein of YscJ/FliF family / Flagellar M-ring , N-terminal ...Type III secretion system outer membrane, SpaO / Type III secretion system lipoprotein HrcJ/YscJ / Type III secretion system, PrgH/EprH-like / Type III secretion system protein PrgH-EprH (PrgH) / Flagellar motor switch protein FliN-like, C-terminal domain / SpoA-like superfamily / Type III flagellar switch regulator (C-ring) FliN C-term / Lipoprotein YscJ/Flagellar M-ring protein / Secretory protein of YscJ/FliF family / Flagellar M-ring , N-terminal / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Surface presentation of antigens protein SpaO / Protein MxiG / Lipoprotein MxiJ
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16.0 Å
データ登録者Liu J / Tachiyama S / Carroll BL
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Front Cell Infect Microbiol / 年: 2021
タイトル: Composition and Biophysical Properties of the Sorting Platform Pods in the Type III Secretion System.
著者: Shoichi Tachiyama / Ryan Skaar / Yunjie Chang / Brittany L Carroll / Meenakumari Muthuramalingam / Sean K Whittier / Michael L Barta / Wendy L Picking / Jun Liu / William D Picking /
要旨: , causative agent of bacillary dysentery (shigellosis), uses a type III secretion system (T3SS) as its primary virulence factor. The T3SS injectisome delivers effector proteins into host cells to ..., causative agent of bacillary dysentery (shigellosis), uses a type III secretion system (T3SS) as its primary virulence factor. The T3SS injectisome delivers effector proteins into host cells to promote entry and create an important intracellular niche. The injectisome's cytoplasmic sorting platform (SP) is a critical assembly that contributes to substrate selection and energizing secretion. The SP consists of oligomeric Spa33 "pods" that associate with the basal body MxiK and connect to the Spa47 ATPase MxiN. The pods contain heterotrimers of Spa33 with one full-length copy associated with two copies of a C-terminal domain (Spa33). The structure of Spa33 is known, but the precise makeup and structure of the pods remains elusive. We show here that recombinant wild-type Spa33 can be prepared as a heterotrimer that forms distinct stable complexes with MxiK and MxiN. In two-hybrid analyses, association of the Spa33 complex with these proteins occurs the full-length Spa33 component. Furthermore, these complexes each have distinct biophysical properties. Based on these properties, new high-resolution cryo-electron tomography data and architectural similarities between the Spa33 and flagellar FliM-FliN complexes, we provide a preliminary model of the Spa33 heterotrimers within the SP pods. From these findings and evolving models of SP interfaces and dynamics in the and T3SS, we suggest a model for SP function in which two distinct complexes come together within the context of the SP to contribute to form the complete pod structures during the recruitment of T3SS secretion substrates.
履歴
登録2021年2月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月31日-
マップ公開2021年3月31日-
更新2021年7月14日-
現状2021年7月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0514
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.0514
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23440.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23440.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈pod monomer, MxiG, MxiK, and Spa33
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.5 Å/pix.
x 160 pix.
= 400. Å		2.5 Å/pix.
x 160 pix.
= 400. Å		2.5 Å/pix.
x 160 pix.
= 400. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.5 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0514 / ムービー #1: 0.0514
最小 - 最大-0.44775695 - 0.47378162
平均 (標準偏差)-2.7728988e-11 (±0.01682579)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-80-80-80
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 400.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.52.52.5
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z400.000400.000400.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ300300300
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-80-80-80
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-0.4480.474-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Pods of the Sorting Platform in the Shigella Type III Secretion System

全体名称: Pods of the Sorting Platform in the Shigella Type III Secretion System
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Pods of the Sorting Platform in the Shigella Type III Secretion System

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超分子 #1: Pods of the Sorting Platform in the Shigella Type III Secretion System

超分子名称: Pods of the Sorting Platform in the Shigella Type III Secretion System
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / 詳細: update resolution / 使用したサブトモグラム数: 4488
抽出トモグラム数: 922 / 使用した粒子像数: 4488
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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