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- EMDB-23293: Trimeric human Arginase 1 in complex with mAb1 - 2 hArg:3 mAb1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23293
タイトルTrimeric human Arginase 1 in complex with mAb1 - 2 hArg:3 mAb1 complex
マップデータFull map of 2 hARG trimers bound to 3Mab1, with better definition for one of the trimer/Fab half.
試料
  • 複合体: Trimeric human arginase in complex with mAb1
    • 複合体: Trimeric human arginase
      • タンパク質・ペプチド: Arginase-1
    • 複合体: mAb1
      • タンパク質・ペプチド: mAb1 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: mAb1 light chain
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of neutrophil mediated killing of fungus / Urea cycle / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / arginase / arginine catabolic process to ornithine / arginase activity / urea cycle / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / defense response to protozoan / negative regulation of activated T cell proliferation ...positive regulation of neutrophil mediated killing of fungus / Urea cycle / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / arginase / arginine catabolic process to ornithine / arginase activity / urea cycle / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / defense response to protozoan / negative regulation of activated T cell proliferation / arginine catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / specific granule lumen / azurophil granule lumen / manganese ion binding / adaptive immune response / innate immune response / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular region / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Arginase / Ureohydrolase, manganese-binding site / Arginase family signature. / Ureohydrolase / Arginase family / Arginase family profile. / Ureohydrolase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Gomez-Llorente Y / Scapin G / Palte RL
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structures of inhibitory antibodies complexed with arginase 1 provide insight into mechanism of action.
著者: Rachel L Palte / Veronica Juan / Yacob Gomez-Llorente / Marc Andre Bailly / Kalyan Chakravarthy / Xun Chen / Daniel Cipriano / Ghassan N Fayad / Laurence Fayadat-Dilman / Symon Gathiaka / ...著者: Rachel L Palte / Veronica Juan / Yacob Gomez-Llorente / Marc Andre Bailly / Kalyan Chakravarthy / Xun Chen / Daniel Cipriano / Ghassan N Fayad / Laurence Fayadat-Dilman / Symon Gathiaka / Heiko Greb / Brian Hall / Mas Handa / Mark Hsieh / Esther Kofman / Heping Lin / J Richard Miller / Nhung Nguyen / Jennifer O'Neil / Hussam Shaheen / Eric Sterner / Corey Strickland / Angie Sun / Shane Taremi / Giovanna Scapin /
要旨: Human Arginase 1 (hArg1) is a metalloenzyme that catalyzes the hydrolysis of L-arginine to L-ornithine and urea, and modulates T-cell-mediated immune response. Arginase-targeted therapies have been ...Human Arginase 1 (hArg1) is a metalloenzyme that catalyzes the hydrolysis of L-arginine to L-ornithine and urea, and modulates T-cell-mediated immune response. Arginase-targeted therapies have been pursued across several disease areas including immunology, oncology, nervous system dysfunction, and cardiovascular dysfunction and diseases. Currently, all published hArg1 inhibitors are small molecules usually less than 350 Da in size. Here we report the cryo-electron microscopy structures of potent and inhibitory anti-hArg antibodies bound to hArg1 which form distinct macromolecular complexes that are greater than 650 kDa. With local resolutions of 3.5 Å or better we unambiguously mapped epitopes and paratopes for all five antibodies and determined that the antibodies act through orthosteric and allosteric mechanisms. These hArg1:antibody complexes present an alternative mechanism to inhibit hArg1 activity and highlight the ability to utilize antibodies as probes in the discovery and development of peptide and small molecule inhibitors for enzymes in general.
履歴
登録2021年1月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年9月1日-
マップ公開2021年9月1日-
更新2021年9月1日-
現状2021年9月1日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7lex
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23293.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23293.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 147.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Full map of 2 hARG trimers bound to 3Mab1, with better definition for one of the trimer/Fab half.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 338 pix.
= 351.52 Å		1.04 Å/pix.
x 338 pix.
= 351.52 Å		1.04 Å/pix.
x 338 pix.
= 351.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2 / ムービー #1: 0.2
最小 - 最大-0.46949366 - 1.5371698
平均 (標準偏差)0.00029563808 (±0.05271117)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ338338338
Spacing338338338
セルA=B=C: 351.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.041.041.04
M x/y/z338338338
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z351.520351.520351.520
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS338338338
D min/max/mean-0.4691.5370.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_23293_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B.

ファイルemd_23293_half_map_1.map
注釈Half map B.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A.

ファイルemd_23293_half_map_2.map
注釈Half map A.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Trimeric human arginase in complex with mAb1

全体名称: Trimeric human arginase in complex with mAb1
要素
  • 複合体: Trimeric human arginase in complex with mAb1
    • 複合体: Trimeric human arginase
      • タンパク質・ペプチド: Arginase-1
    • 複合体: mAb1
      • タンパク質・ペプチド: mAb1 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: mAb1 light chain

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超分子 #1: Trimeric human arginase in complex with mAb1

超分子名称: Trimeric human arginase in complex with mAb1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: 2 trimers of human arginase bound to the Fab regions of 3 mAb1 molecules.
分子量実験値: 427 KDa

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超分子 #2: Trimeric human arginase

超分子名称: Trimeric human arginase / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG'

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超分子 #3: mAb1

超分子名称: mAb1 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

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分子 #1: Arginase-1

分子名称: Arginase-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO / EC番号: arginase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 34.779879 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSAKSRTIGI IGAPFSKGQP RGGVEEGPTV LRKAGLLEKL KEQECDVKDY GDLPFADIPN DSPFQIVKNP RSVGKASEQL AGKVAEVKK NGRISLVLGG DHSLAIGSIS GHARVHPDLG VIWVDAHTDI NTPLTTTSGN LHGQPVSFLL KELKGKIPDV P GFSWVTPC ...文字列:
MSAKSRTIGI IGAPFSKGQP RGGVEEGPTV LRKAGLLEKL KEQECDVKDY GDLPFADIPN DSPFQIVKNP RSVGKASEQL AGKVAEVKK NGRISLVLGG DHSLAIGSIS GHARVHPDLG VIWVDAHTDI NTPLTTTSGN LHGQPVSFLL KELKGKIPDV P GFSWVTPC ISAKDIVYIG LRDVDPGEHY ILKTLGIKYF SMTEVDRLGI GKVMEETLSY LLGRKKRPIH LSFDVDGLDP SF TPATGTP VVGGLTYREG LYITEEIYKT GLLSGLDIME VNPSLGKTPE EVTRTVNTAV AITLACFGLA REGNHKPIDY LNP PK

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分子 #2: mAb1 heavy chain

分子名称: mAb1 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 50.269605 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYTFT NYGISWVRQA PGQGLEWMGW ISAYNGNTNY AQKLQGRVTM TTDTSTSTAY MELRSLRSD DTAVYYCARE GAYGYRSPYH NWFDPWGQGT LVTVSSAKTT APSVYPLAPV CGDTTGSSVT LGCLVKGYFP E PVTLTWNS ...文字列:
QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYTFT NYGISWVRQA PGQGLEWMGW ISAYNGNTNY AQKLQGRVTM TTDTSTSTAY MELRSLRSD DTAVYYCARE GAYGYRSPYH NWFDPWGQGT LVTVSSAKTT APSVYPLAPV CGDTTGSSVT LGCLVKGYFP E PVTLTWNS GSLSSGVHTF PAVLQSDLYT LSSSVTVTSS TWPSQSITCN VAHPASSTKV DKKIEPRGPT IKPCPPCKCP AP NLLGGPS VFIFPPKIKD VLMISLSPIV TCVVVDVSED DPDVQISWFV NNVEVHTAQT QTHREDYNST LRVVSALPIQ HQD WMSGKE FKCKVNNKDL PAPIERTISK PKGSVRAPQV YVLPPPEEEM TKKQVTLTCM VTDFMPEDIY VEWTNNGKTE LNYK NTEPV LDSDGSYFMY SKLRVEKKNW VERNSYSCSV VHEGLHNHHT TKSFSRTPGK

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分子 #3: mAb1 light chain

分子名称: mAb1 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.488965 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: EIVMTQSPAT LSLSPGERAT LSCRASQSVS SYLAWYQQKP GQAPRLLIYD ASNRATGIPA RFSGSGSGTD FTLTISSLEP EDFAVYYCQ QHSLLPRTFG GGTKVEIKRA DAAPTVSIFP PSSEQLTSGG ASVVCFLNNF YPKDINVKWK IDGSERQNGV L NSWTDQDS ...文字列:
EIVMTQSPAT LSLSPGERAT LSCRASQSVS SYLAWYQQKP GQAPRLLIYD ASNRATGIPA RFSGSGSGTD FTLTISSLEP EDFAVYYCQ QHSLLPRTFG GGTKVEIKRA DAAPTVSIFP PSSEQLTSGG ASVVCFLNNF YPKDINVKWK IDGSERQNGV L NSWTDQDS KDSTYSMSST LTLTKDEYER HNSYTCEATH KTSTSPIVKS FNRNEC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1506 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 45.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.0.23)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.0.23) / 使用した粒子像数: 37385
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.0.23)
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.0.23)
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.0.23)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7lex:
Trimeric human Arginase 1 in complex with mAb1 - 2 hArg:3 mAb1 complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る