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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2329 | |||||||||
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タイトル | electron cryo-tomography reconstruction and subvolume averaging of the Trichonympha proximal basal body | |||||||||
マップデータ | Trichonympha cartwheel map at 38A resolution | |||||||||
試料 |
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キーワード | microtubule triplet / Trichonympha / basal body / centriole / centrosome / cartwheel | |||||||||
生物種 | Trichonympha (真核生物) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 38.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Guichard P / Hachet V / Majubu N / Neves A / Demurtas D / Olieric N / Fluckiger I / Yamada A / Kihara K / Nishida Y ...Guichard P / Hachet V / Majubu N / Neves A / Demurtas D / Olieric N / Fluckiger I / Yamada A / Kihara K / Nishida Y / Moriya S / Steinmetz MO / Hongoh Y / Gonczy P | |||||||||
引用 | ジャーナル: Curr Biol / 年: 2013 タイトル: Native architecture of the centriole proximal region reveals features underlying its 9-fold radial symmetry. 著者: Paul Guichard / Virginie Hachet / Norbert Majubu / Aitana Neves / Davide Demurtas / Natacha Olieric / Isabelle Fluckiger / Akinori Yamada / Kumiko Kihara / Yuichiro Nishida / Shigeharu Moriya ...著者: Paul Guichard / Virginie Hachet / Norbert Majubu / Aitana Neves / Davide Demurtas / Natacha Olieric / Isabelle Fluckiger / Akinori Yamada / Kumiko Kihara / Yuichiro Nishida / Shigeharu Moriya / Michel O Steinmetz / Yuichi Hongoh / Pierre Gönczy / 要旨: BACKGROUND: Centrioles are cylindrical microtubule-based structures whose assembly is critical for the formation of cilia, flagella, and centrosomes. The centriole proximal region harbors a cartwheel ...BACKGROUND: Centrioles are cylindrical microtubule-based structures whose assembly is critical for the formation of cilia, flagella, and centrosomes. The centriole proximal region harbors a cartwheel that dictates the 9-fold symmetry of centrioles. Although the cartwheel architecture has been recently analyzed, how it connects to the peripheral microtubules is not understood. More generally, a high-resolution view of the proximal region of the centriole is lacking, thus limiting understanding of the underlying assembly mechanisms. RESULTS: We report the complete architecture of the Trichonympha centriole proximal region using cryotomography. The resulting 3D map reveals several features, including additional densities in the ...RESULTS: We report the complete architecture of the Trichonympha centriole proximal region using cryotomography. The resulting 3D map reveals several features, including additional densities in the cartwheel that exhibit a 9-fold symmetrical arrangement, as well as the structure of the Pinhead and the A-C linker that connect to microtubules. Moreover, we uncover striking chiral features that might impart directionality to the entire centriole. Furthermore, we identify Trichonympha SAS-6 and demonstrate that it localizes to the cartwheel in vivo. CONCLUSIONS: Our work provides unprecedented insight into the architecture of the centriole proximal region, which is key for a thorough understanding of the mechanisms governing centriole assembly. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2329.map.gz | 8.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2329-v30.xml emd-2329.xml | 8.2 KB 8.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_2329.png | 163.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2329 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2329 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_2329_validation.pdf.gz | 192.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_2329_full_validation.pdf.gz | 191.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_2329_validation.xml.gz | 4.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2329 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2329 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2329.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 10 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Trichonympha cartwheel map at 38A resolution | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 7.5 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Isolated trichonympha basal body
全体 | 名称: Isolated trichonympha basal body |
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要素 |
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-超分子 #1000: Isolated trichonympha basal body
超分子 | 名称: Isolated trichonympha basal body / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
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-超分子 #1: Basal body
超分子 | 名称: Basal body / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: Centriole / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Trichonympha (真核生物) / 別称: Trichonympha / Organelle: centriole / 細胞中の位置: cytoplasmic |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 / 詳細: K-Pipes 10 mM |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 手法: Blot for 1 seconds before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI 20 |
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日付 | 2012年7月1日 |
撮影 | 実像数: 100 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 29000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: OTHER / Tilt series - Axis1 - Min angle: 65 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 65 ° |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 38.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMOD, Spider, bsoft 詳細: Final maps were calculated from six different tomograms 使用したサブトモグラム数: 600 |
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最終 3次元分類 | クラス数: 1 |