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万見
- EMDB-2330: Electron cryo-tomography reconstruction and subvolume averaging o... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2330
タイトルElectron cryo-tomography reconstruction and subvolume averaging of the proximal basal body triplet from Trichonympha
マップデータelectron cryo-tomography reconstruction and subvolume averaging of the proximal basal body triplet from Trichonympha.
試料
  • 試料: electron cryo-tomography reconstruction and subvolume averaging of the proximal basal body triplet from trichonympha
  • 細胞器官・細胞要素: Basal body
キーワードmicrotubule triplet / cartwheel / centriole / basal body
生物種Trichonympha (真核生物)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 42.0 Å
データ登録者Guichard P / Hachet V / Majubu N / Neves A / Demurtas D / Olieric N / Fluckiger I / Yamada A / Kihara K / Nishida Y ...Guichard P / Hachet V / Majubu N / Neves A / Demurtas D / Olieric N / Fluckiger I / Yamada A / Kihara K / Nishida Y / Moriya S / Steinmetz MO / Hongoh Y / Gonczy P
引用ジャーナル: Curr Biol / 年: 2013
タイトル: Native architecture of the centriole proximal region reveals features underlying its 9-fold radial symmetry.
著者: Paul Guichard / Virginie Hachet / Norbert Majubu / Aitana Neves / Davide Demurtas / Natacha Olieric / Isabelle Fluckiger / Akinori Yamada / Kumiko Kihara / Yuichiro Nishida / Shigeharu Moriya ...著者: Paul Guichard / Virginie Hachet / Norbert Majubu / Aitana Neves / Davide Demurtas / Natacha Olieric / Isabelle Fluckiger / Akinori Yamada / Kumiko Kihara / Yuichiro Nishida / Shigeharu Moriya / Michel O Steinmetz / Yuichi Hongoh / Pierre Gönczy /
要旨: BACKGROUND: Centrioles are cylindrical microtubule-based structures whose assembly is critical for the formation of cilia, flagella, and centrosomes. The centriole proximal region harbors a cartwheel ...BACKGROUND: Centrioles are cylindrical microtubule-based structures whose assembly is critical for the formation of cilia, flagella, and centrosomes. The centriole proximal region harbors a cartwheel that dictates the 9-fold symmetry of centrioles. Although the cartwheel architecture has been recently analyzed, how it connects to the peripheral microtubules is not understood. More generally, a high-resolution view of the proximal region of the centriole is lacking, thus limiting understanding of the underlying assembly mechanisms.
RESULTS: We report the complete architecture of the Trichonympha centriole proximal region using cryotomography. The resulting 3D map reveals several features, including additional densities in the ...RESULTS: We report the complete architecture of the Trichonympha centriole proximal region using cryotomography. The resulting 3D map reveals several features, including additional densities in the cartwheel that exhibit a 9-fold symmetrical arrangement, as well as the structure of the Pinhead and the A-C linker that connect to microtubules. Moreover, we uncover striking chiral features that might impart directionality to the entire centriole. Furthermore, we identify Trichonympha SAS-6 and demonstrate that it localizes to the cartwheel in vivo.
CONCLUSIONS: Our work provides unprecedented insight into the architecture of the centriole proximal region, which is key for a thorough understanding of the mechanisms governing centriole assembly.
履歴
登録2013年3月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年4月10日-
マップ公開2013年8月21日-
更新2013年9月25日-
現状2013年9月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.370940815
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2330.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2330.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈electron cryo-tomography reconstruction and subvolume averaging of the proximal basal body triplet from Trichonympha.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
7.5 Å/pix.
x 66 pix.
= 495. Å		7.5 Å/pix.
x 124 pix.
= 930. Å		7.5 Å/pix.
x 111 pix.
= 832.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 7.5 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 0.0 / ムービー #1: 0.4
最小 - 最大-3.1838901 - 2.45359182
平均 (標準偏差)-0.90669858 (±0.93229675)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ12411166
Spacing12411166
セルA: 832.5 Å / B: 930.0 Å / C: 495.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z7.57.57.5
M x/y/z11112466
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z832.500930.000495.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-27-15-36
NX/NY/NZ553173
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS11112466
D min/max/mean-3.1842.454-0.907

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : electron cryo-tomography reconstruction and subvolume averaging o...

全体名称: electron cryo-tomography reconstruction and subvolume averaging of the proximal basal body triplet from trichonympha
要素
  • 試料: electron cryo-tomography reconstruction and subvolume averaging of the proximal basal body triplet from trichonympha
  • 細胞器官・細胞要素: Basal body

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超分子 #1000: electron cryo-tomography reconstruction and subvolume averaging o...

超分子名称: electron cryo-tomography reconstruction and subvolume averaging of the proximal basal body triplet from trichonympha
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Basal body

超分子名称: Basal body / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: centriole / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Trichonympha (真核生物) / Organelle: centriole / 細胞中の位置: cytoplasmic

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2 / 詳細: K-Pipes 10 mM
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 手法: Blot for 1 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
日付2012年7月1日
撮影実像数: 100
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 29000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER / Tilt series - Axis1 - Min angle: -65 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 65 °

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 42.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMOD, Spider, Bsoft / 使用したサブトモグラム数: 600

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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