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- EMDB-2318: Single particle cryo-microscopy reconstruction of the isolated Ma... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2318
タイトルSingle particle cryo-microscopy reconstruction of the isolated Manduca sexta V1 domain
マップデータV1 domain without the C subunit bound
試料
  • 試料: M. sexta isolated V1 domain without subunit C
  • タンパク質・ペプチド: Vacuolar ATPase isolated V1 domain
キーワードV-ATPase / atp synthase / membrane complex
生物種Manduca sexta (蝶・蛾)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Muench SP / Scheres SHW / Huss M / Phillips C / Vitavska O / Wieczorek H / Trinick J / Harrison MA
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2014
タイトル: Subunit positioning and stator filament stiffness in regulation and power transmission in the V1 motor of the Manduca sexta V-ATPase.
著者: Stephen P Muench / Sjors H W Scheres / Markus Huss / Clair Phillips / Olga Vitavska / Helmut Wieczorek / John Trinick / Michael A Harrison /
要旨: The vacuolar H(+)-ATPase (V-ATPase) is an ATP-driven proton pump essential to the function of eukaryotic cells. Its cytoplasmic V1 domain is an ATPase, normally coupled to membrane-bound proton pump ...The vacuolar H(+)-ATPase (V-ATPase) is an ATP-driven proton pump essential to the function of eukaryotic cells. Its cytoplasmic V1 domain is an ATPase, normally coupled to membrane-bound proton pump Vo via a rotary mechanism. How these asymmetric motors are coupled remains poorly understood. Low energy status can trigger release of V1 from the membrane and curtail ATP hydrolysis. To investigate the molecular basis for these processes, we have carried out cryo-electron microscopy three-dimensional reconstruction of deactivated V1 from Manduca sexta. In the resulting model, three peripheral stalks that are parts of the mechanical stator of the V-ATPase are clearly resolved as unsupported filaments in the same conformations as in the holoenzyme. They are likely therefore to have inherent stiffness consistent with a role as flexible rods in buffering elastic power transmission between the domains of the V-ATPase. Inactivated V1 adopted a homogeneous resting state with one open active site adjacent to the stator filament normally linked to the H subunit. Although present at 1:1 stoichiometry with V1, both recombinant subunit C reconstituted with V1 and its endogenous subunit H were poorly resolved in three-dimensional reconstructions, suggesting structural heterogeneity in the region at the base of V1 that could indicate positional variability. If the position of H can vary, existing mechanistic models of deactivation in which it binds to and locks the axle of the V-ATPase rotary motor would need to be re-evaluated.
履歴
登録2013年2月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年3月20日-
マップ公開2013年10月9日-
更新2016年2月17日-
現状2016年2月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

image2318.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2318.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 825.2 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈V1 domain without the C subunit bound
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.36 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.2 / ムービー #1: 1.2
最小 - 最大-1.46844101 - 6.18527985
平均 (標準偏差)0.0 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-30-30-30
サイズ606060
Spacing606060
セルA=B=C: 261.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.364.364.36
M x/y/z606060
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z261.600261.600261.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-36-12-40
NX/NY/NZ732581
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-30-30-30
NC/NR/NS606060
D min/max/mean-1.4686.185-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : M. sexta isolated V1 domain without subunit C

全体名称: M. sexta isolated V1 domain without subunit C
要素
  • 試料: M. sexta isolated V1 domain without subunit C
  • タンパク質・ペプチド: Vacuolar ATPase isolated V1 domain

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超分子 #1000: M. sexta isolated V1 domain without subunit C

超分子名称: M. sexta isolated V1 domain without subunit C / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: The sample was monodisperse and not freeze thawed to maintain V1 integrity
集合状態: One V1 bound to a monomer of subunit C / Number unique components: 1
分子量実験値: 650 KDa / 理論値: 650 KDa / 手法: Mass Spec

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分子 #1: Vacuolar ATPase isolated V1 domain

分子名称: Vacuolar ATPase isolated V1 domain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: V1 / 詳細: No C subunit / コピー数: 1 / 集合状態: 3A,B,E,G subunits and 1 D,F,H subunit / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Manduca sexta (蝶・蛾) / 別称: Tobacco Hornworm / 組織: midgut epithelium
分子量実験値: 650 KDa / 理論値: 650 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8.1 / 詳細: 150mM NaCl, 20mM Tris-HCL, 0.01% C12E10
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: negative stain data was collected using 1% w/v uranyl acetate for 1 minute.
グリッド詳細: UV glow discharged grids, 400 mesh
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 120 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
手法: Grids were blotted for 6 seconds with a 6 second drain time

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度最低: 90 K / 最高: 110 K / 平均: 100 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Astigmatism corrected for each image in focus mode at 100,000 times magnification
詳細FEI Low dose mode
日付2011年4月14日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN (4k x 4k)
平均電子線量: 16 e/Å2 / 詳細: All collected on Gatan 4K x 4K CCD
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 69000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.0035 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.001 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Nitrogen cooled 3350 holder / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The particles were handpicked in BOXER
CTF補正詳細: Relion
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Relion
詳細: Maximum likelihood in Relion using the MLF3D protocol
使用した粒子像数: 16500
最終 角度割当詳細: Relion angular sampling 10 degrees

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3a5d


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B / Chain - #2 - Chain ID: C / Chain - #3 - Chain ID: D / Chain - #4 - Chain ID: E / Chain - #5 - Chain ID: F / Chain - #6 - Chain ID: G / Chain - #7 - Chain ID: H
ソフトウェア名称: Chimera
詳細The domains were fitted using Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: best fit

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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