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万見
- EMDB-23122: Subtomogram average of the hexameric fungal plasma membrane proto... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23122
タイトルSubtomogram average of the hexameric fungal plasma membrane proton pump Pma1 from protoplast membrane of Candida glabrata CBS138 strain
マップデータPlasma membrane proton pump Pma1 from Candida glabrata CBS138 strain protoplast membrane
試料
  • 複合体: Plasma membrane ATPase Pma1
キーワードhexamer / complex / MEMBRANE PROTEIN
生物種[Candida] glabrata (菌類)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 18.0 Å
データ登録者Jiang J / Chen M / Jimenez-Ortigosa C / Perlin DS / Dai W
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI109025 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P011030036319 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM080139 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24 GM116789-01A1 米国
引用ジャーナル: J Fungi (Basel) / 年: 2021
タイトル: Cryo-Electron Tomography of Candida glabrata Plasma Membrane Proteins.
著者: Cristina Jiménez-Ortigosa / Jennifer Jiang / Muyuan Chen / Xuyuan Kuang / Kelley R Healey / Paul Castellano / Nikpreet Boparai / Steven J Ludtke / David S Perlin / Wei Dai /
要旨: Fungal plasma membrane proteins have long been recognized as targets for the development of antifungal agents. Despite recent progress in experimental approaches and computational structural ...Fungal plasma membrane proteins have long been recognized as targets for the development of antifungal agents. Despite recent progress in experimental approaches and computational structural predictions, our knowledge of the structural dynamics and spatial distribution of these membrane proteins in the context of their native lipid environment remains limited. By applying cryo-electron tomography (cryoET) and subtomogram analysis, we aim to characterize the structural characteristics and spatial distribution of membrane proteins present in plasma membranes. This study has resulted in the identification of the membrane-embedded structure of the fungal H+-ATPase, Pma1. Tomograms of the plasma membrane revealed that Pma1 complexes are heterogeneously distributed as hexamers that cluster into distinct membrane microdomains. This study characterizes fungal membrane proteins in the native cellular landscape and highlights the unique potential of cryoET to advance our understanding of cellular biology and biological systems.
履歴
登録2020年12月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月10日-
マップ公開2021年3月10日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.75
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.75
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23122.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23122.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Plasma membrane proton pump Pma1 from Candida glabrata CBS138 strain protoplast membrane
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.8 Å/pix.
x 128 pix.
= 358.08 Å		2.8 Å/pix.
x 128 pix.
= 358.08 Å		2.8 Å/pix.
x 128 pix.
= 358.08 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.7975 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.75 / ムービー #1: 1.75
最小 - 最大-5.367339 - 11.82385
平均 (標準偏差)0.0016838763 (±0.86968106)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 358.08 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.79752.79752.7975
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z358.080358.080358.080
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ280280280
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-5.36711.8240.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Plasma membrane ATPase Pma1

全体名称: Plasma membrane ATPase Pma1
要素
  • 複合体: Plasma membrane ATPase Pma1

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超分子 #1: Plasma membrane ATPase Pma1

超分子名称: Plasma membrane ATPase Pma1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: On protoplast membranes isolated from Candida glabrata
由来(天然)生物種: [Candida] glabrata (菌類) / 株: CBS138
分子量理論値: 590 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 293.15 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系位相板: OTHER / エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 42000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2 / 使用したサブトモグラム数: 1818
抽出トモグラム数: 100 / 使用した粒子像数: 1818 / ソフトウェア - 名称: EMAN2
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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