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- EMDB-23120: 3D reconstruction of an autophagy tethering factor -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23120
タイトル3D reconstruction of an autophagy tethering factor
マップデータEPG5 is a large-sized metazoan protein proposed to serve as a tethering factor to enforce autophagosome-lysosome/late endosome fusion specificity.
試料
  • 複合体: Autophagy tethering factor, EPG5
    • タンパク質・ペプチド: EPG5, ectopic P-granules autophagy protein 5
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 21.0 Å
データ登録者Nam SE / Yip CK
資金援助 カナダ, 1件
OrganizationGrant number国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: Insights on autophagosome-lysosome tethering from structural and biochemical characterization of human autophagy factor EPG5.
著者: Sung-Eun Nam / Yiu Wing Sunny Cheung / Thanh Ngoc Nguyen / Michael Gong / Samuel Chan / Michael Lazarou / Calvin K Yip /
要旨: Pivotal to the maintenance of cellular homeostasis, macroautophagy (hereafter autophagy) is an evolutionarily conserved degradation system that involves sequestration of cytoplasmic material into the ...Pivotal to the maintenance of cellular homeostasis, macroautophagy (hereafter autophagy) is an evolutionarily conserved degradation system that involves sequestration of cytoplasmic material into the double-membrane autophagosome and targeting of this transport vesicle to the lysosome/late endosome for degradation. EPG5 is a large-sized metazoan protein proposed to serve as a tethering factor to enforce autophagosome-lysosome/late endosome fusion specificity, and its deficiency causes a severe multisystem disorder known as Vici syndrome. Here, we show that human EPG5 (hEPG5) adopts an extended "shepherd's staff" architecture. We find that hEPG5 binds preferentially to members of the GABARAP subfamily of human ATG8 proteins critical to autophagosome-lysosome fusion. The hEPG5-GABARAPs interaction, which is mediated by tandem LIR motifs that exhibit differential affinities, is required for hEPG5 recruitment to mitochondria during PINK1/Parkin-dependent mitophagy. Lastly, we find that the Vici syndrome mutation Gln336Arg does not affect the hEPG5's overall stability nor its ability to engage in interaction with the GABARAPs. Collectively, results from our studies reveal new insights into how hEPG5 recognizes mature autophagosome and establish a platform for examining the molecular effects of Vici syndrome disease mutations on hEPG5.
履歴
登録2020年12月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月17日-
マップ公開2021年3月17日-
更新2021年3月17日-
現状2021年3月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.581
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.581
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23120.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23120.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈EPG5 is a large-sized metazoan protein proposed to serve as a tethering factor to enforce autophagosome-lysosome/late endosome fusion specificity.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.6 Å/pix.
x 130 pix.
= 598. Å		4.6 Å/pix.
x 130 pix.
= 598. Å		4.6 Å/pix.
x 130 pix.
= 598. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.6 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.581 / ムービー #1: 0.581
最小 - 最大-3.209552 - 12.64651
平均 (標準偏差)-0.016506562 (±0.47039768)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ130130130
Spacing130130130
セルA=B=C: 598.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.64.64.6
M x/y/z130130130
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z598.000598.000598.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ416416416
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS130130130
D min/max/mean-3.21012.647-0.017

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Autophagy tethering factor, EPG5

全体名称: Autophagy tethering factor, EPG5
要素
  • 複合体: Autophagy tethering factor, EPG5
    • タンパク質・ペプチド: EPG5, ectopic P-granules autophagy protein 5

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超分子 #1: Autophagy tethering factor, EPG5

超分子名称: Autophagy tethering factor, EPG5 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
分子量理論値: 297.83 kDa/nm

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分子 #1: EPG5, ectopic P-granules autophagy protein 5

分子名称: EPG5, ectopic P-granules autophagy protein 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
配列文字列: MSYYHHHHHH DYDIPTTEN L YFQGAMGS DY KDDDDKG SGIQRPTSTM AEAVKPQRRA KAKASRTKTK EKKKYETPQR EESSEVSLPK TSREQEIPSL ACEFKGDHLK VVTDSQLQDD ASGQNESEMF DVPLTSLTIS NEESLTCNTE PPKEGGEARP CVGDSAVTPK ...文字列:
MSYYHHHHHH DYDIPTTEN L YFQGAMGS DY KDDDDKG SGIQRPTSTM AEAVKPQRRA KAKASRTKTK EKKKYETPQR EESSEVSLPK TSREQEIPSL ACEFKGDHLK VVTDSQLQDD ASGQNESEMF DVPLTSLTIS NEESLTCNTE PPKEGGEARP CVGDSAVTPK VHPGDNVGTK VETPKNFTEV EENMSVQGGL SESAPQSNFS YTQPAMENIQ VRETQNSKED KQGLVCSSEV PQNVGLQSSC PAKHGFQTPR VKKLYPQLPA EIAGEAPALV AVKPLLRSER LYPELPSQLE LVPFTKEQLK ILEPGSWLEN VESYLEEFDS MAHQDRHEFY ELLLNYSRC RKQLLLAEAE LLTLTSDCQN AKSRLWQFKE EQMSVQGICA DQVKVFSYHR YQRVEMNENA LVELKKLFD AKSEHLHQTL ALHSYTSVLS RLQVESYIYA LLSSSAVLRS SAIHQQGRAS K QTESIPSD LCQLKECISV LFMFTRRVNE DTQFHDDILL WLQKLVSVLQ RVGCPGDHLF LL NHILRCP AGVSKWAVPF IQIKVLHNPS GVFHFMQSLA LLMSPVKNRA EFMCHMKPSE RKP SSSGPG SGTWTLVDEG GEEDEDPETS WILLNEDDLV TILAQFPFHE LFQHLLGFKA KGDY LPETT RPQEMMKIFA FANSLVELLA VGLETFNRAR YRQFVKRIGY MIRMTLGYVS DHWAQ YVSH NQGSGLAQQP YSMEKLQVEF DELFLRAVLH VLKAKRLGIW LFMSEMPFGT LSVQML WKL FYLMHQVESE NLQQLSSSLQ PAQCKQQLQD PEHFTNFEKC LSSMNSSEEI CLLTTFA QM AQARRTNVDE DFIKIIVLEI YEVSYVTLST RETFSKVGRE LLGTITAVHP EIISVLLD R VQETIDQVGM VSLYLFKELP LYLWQPSASE IAVIRDWLLN YNLTVVKNKL ACVILEGLN WGFAKQATLH LDQAVHAEVA LMVLEAYQKY LAQKPYAGIL SESMKQVSYL ASIVRYGETP ETSFNQWAW NLILRLKLHK NDYGIQPNCP AVPFSVTVPD MTESPTFHPL LKAVKAGMPI G CYLALSMT AVGHSIEKFC AEGIPLLGIL VQSRHLRTVV HVLDKILPLF YPCQYYLLKN EQ FLSHLLL FLHLDSGVPQ GVTQQVTHKV AQHLTGASHG DNVKLLNSMI QAHISVSTQP NEV GPVAVL EFWVQALISQ HLWYREQPIL FLMDHLCKAA FQLMQEDCIQ KLLYQQHKNA LGYH CDRSL LSSLVSWIVA GNITPSFVEG LATPTQVWFA WTVLNMESIF EEDSQLRRVI EGELV INSA FTPDQALKKA QTQLKLPIVP SLQRLLIYRW AHQALVTPSD HPLLPLIWQK FFLLYL HRP GPQYGLPIDG CIGRRFFQSP AHINLLKEMK RRLTEVADFH HAASKALRVP AEGSEGL PE SHSGTPGYLT SPELHKELVR LFNVYILWLE DENFQKGDTY IPSLPKHYDI HRLAKVMQ N QQDLWMEYLN MERIYHEFQE TVGLWTQAKL ESHSTPCSLS VQLDFTDPLL AKERVLSNL RKHEAPQPPL ALHPTKPPVP VISSAVLLSQ KDATQLVCTD LNLLQQQART AALRESQQVA LDGELLDTM PKQYVNREEQ TTLHLECRGS SGKKCQGAAV VTVQFEGMHK NEAISQQLHV L RKEVKQLQ AEAAKPPSLN IVEAAVHAEN LITALVNAYK LQPTPGIQKV GISLFFTIVD YV SDETQRH PPTRQFFTSC IEILGQVFIS GIKSECRKVL ETILKNSRLC SLLSPFFTPN AAP AEFIQL YEQVVKFLSE DNSDMIFMLL TKFDLKQWLS ATKPPLSDRT RLLESIHLAL TAWG LEPDE DILMPFNLFC KHWTYLLLYQ FPDQYSDILR LLMQSSAEQL LSPECWKATL RALGC CAPS CQQGAASTEG AVLPSSSDAL LSDKQVMETI QWLSDFFYKL RLSKMDFKSF GLFSKW SPY MADVKTFLGY LVKRLIDLEM TCLAQDPTAS RKTVLKSLHS VIIQLFKPWI LVLEDNE SS QQRHYPWLES DTVVASSIVQ LFTDCIDSLH ESFKDKLLPG DAGALWLHLM HYCEACTA P KMPEFILYAF HSTYRKLPWK DLHPDQMLME AFFKVERGSP KSCFLFLGSV LCEVNWVSV LSDAWNSSPH PETRSMIVCL LFMMILLAKE VQLVDQTDSP LLSLLGQTSS LSWHLVDIVS YQSVLSYFS SHYPPSIILA KESYAELIMK LLKVSAGLSI PTDSQKHLDA VPKCQAFTHQ M VQFLSTLE QNGKITLAVL EQEMSKLLDD IIVFNPPDMD SQTRHMALSS LFMEVLMMMN NA TIPTAEF LRGSIRTWIG QKMHGLVVLP LLTAACQSLA SVRHMAETTE ACITAYFKES PLN QNSGWG PILVSLQVPE LTMEEFLQEC LTLGSYLTLY VYLLQCLNSE QTLRNEMKVL LILS KWLEQ VYPSSVEEEA KLFLWWHQVL QLSLIQTEQN DSVLTESVIR ILLLVQSRQN LVAEE RLSS GILGAIGFGR KSPLSNRFRV VARSMAAFLS VQVPMEDQIR LRPGSELHLT PKAQQA LNA LESMASSKQY VEYQDQILQA TQFIRHPGHC LQDGKSFLAL LVNCLYPEVH YLDHIR

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate
糖包埋材質: Uranyl Formate
グリッド材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 49000
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Ab initio was used to build initial model from 2D classification
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 21.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) / 使用した粒子像数: 10752
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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