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万見
- EMDB-2310: Three-dimensional structure of active, full-length human telomera... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2310
タイトルThree-dimensional structure of active, full-length human telomerase dimer, determined by single-particle electron microscopy in negative stain
マップデータ3D map of human telomerase dimer bound to G-overhang oligonucleotide (TTAGGG)2
試料
  • 試料: Three-dimensional structure of active, full-length human telomerase dimer, determined by single-particle electron microscopy in negative stain
  • タンパク質・ペプチド: Telomerase reverse transcriptase
キーワードTelomerase reverse transcriptase / human / telomere length extension
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of hair cycle / template-free RNA nucleotidyltransferase / positive regulation of transdifferentiation / TERT-RMRP complex / DNA strand elongation / RNA-directed RNA polymerase complex / positive regulation of protein localization to nucleolus / siRNA transcription / telomerase catalytic core complex / RNA-templated DNA biosynthetic process ...positive regulation of hair cycle / template-free RNA nucleotidyltransferase / positive regulation of transdifferentiation / TERT-RMRP complex / DNA strand elongation / RNA-directed RNA polymerase complex / positive regulation of protein localization to nucleolus / siRNA transcription / telomerase catalytic core complex / RNA-templated DNA biosynthetic process / : / establishment of protein localization to telomere / telomerase activity / nuclear telomere cap complex / siRNA processing / telomerase holoenzyme complex / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / telomerase RNA binding / DNA biosynthetic process / RNA-templated transcription / telomeric DNA binding / positive regulation of stem cell proliferation / mitochondrial nucleoid / negative regulation of cellular senescence / Telomere Extension By Telomerase / telomere maintenance via telomerase / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / replicative senescence / positive regulation of Wnt signaling pathway / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / response to cadmium ion / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / telomere maintenance / mitochondrion organization / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / positive regulation of glucose import / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / regulation of protein stability / PML body / transcription coactivator binding / positive regulation of miRNA transcription / RNA-directed DNA polymerase / positive regulation of angiogenesis / RNA-directed DNA polymerase activity / positive regulation of protein binding / protein-folding chaperone binding / cellular response to hypoxia / negative regulation of neuron apoptotic process / chromosome, telomeric region / tRNA binding / nuclear speck / negative regulation of gene expression / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleolus / protein homodimerization activity / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Telomerase reverse transcriptase, C-terminal extension / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA binding domain / Telomerase reverse transcriptase / Telomerase reverse transcriptase / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA-binding domain / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA binding domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Telomerase reverse transcriptase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 30.0 Å
データ登録者Sauerwald A / Sandin S / Cristofari G / Scheres SHW / Lingner J / Rhodes D
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2013
タイトル: Structure of active dimeric human telomerase.
著者: Anselm Sauerwald / Sara Sandin / Gaël Cristofari / Sjors H W Scheres / Joachim Lingner / Daniela Rhodes /
要旨: Telomerase contains a large RNA subunit, TER, and a protein catalytic subunit, TERT. Whether telomerase functions as a monomer or dimer has been a matter of debate. Here we report biochemical and ...Telomerase contains a large RNA subunit, TER, and a protein catalytic subunit, TERT. Whether telomerase functions as a monomer or dimer has been a matter of debate. Here we report biochemical and labeling data that show that in vivo-assembled human telomerase contains two TERT subunits and binds two telomeric DNA substrates. Notably, catalytic activity requires both TERT active sites to be functional, which demonstrates that human telomerase functions as a dimer. We also present the three-dimensional structure of the active full-length human telomerase dimer, determined by single-particle EM in negative stain. Telomerase has a bilobal architecture with the two monomers linked by a flexible interface. The monomer reconstruction at 23-Å resolution and fitting of the atomic structure of the TERT subunit from beetle Tribolium castaneum into the EM density reveals the spatial relationship between RNA and protein subunits, providing insights into telomerase architecture.
履歴
登録2013年2月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年3月13日-
マップ公開2013年3月20日-
更新2013年4月17日-
現状2013年4月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0974
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0974
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2310.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2310.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 144.5 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D map of human telomerase dimer bound to G-overhang oligonucleotide (TTAGGG)2
ボクセルのサイズX=Y=Z: 6.6 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0974 / ムービー #1: 0.0974
最小 - 最大-0.20594661 - 0.41761535
平均 (標準偏差)-0.01318102 (±0.08440322)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin261725
サイズ284828
Spacing284828
セルA: 316.8 Å / B: 184.8 Å / C: 184.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z6.66.66.6
M x/y/z482828
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z316.800184.800184.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-36-30-80
NX/NY/NZ7361161
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS172625
NC/NR/NS482828
D min/max/mean-0.2060.418-0.013

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Three-dimensional structure of active, full-length human telomera...

全体名称: Three-dimensional structure of active, full-length human telomerase dimer, determined by single-particle electron microscopy in negative stain
要素
  • 試料: Three-dimensional structure of active, full-length human telomerase dimer, determined by single-particle electron microscopy in negative stain
  • タンパク質・ペプチド: Telomerase reverse transcriptase

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超分子 #1000: Three-dimensional structure of active, full-length human telomera...

超分子名称: Three-dimensional structure of active, full-length human telomerase dimer, determined by single-particle electron microscopy in negative stain
タイプ: sample / ID: 1000
詳細: The composition analysed by mass spectroscopy.Purified telomerase contains the hTERT subunits and two accessory proteins, Nop10 and dyskerin. Telomerase complexes have a molecular weight ...詳細: The composition analysed by mass spectroscopy.Purified telomerase contains the hTERT subunits and two accessory proteins, Nop10 and dyskerin. Telomerase complexes have a molecular weight consistent with that of a dimer consisting of two hTERT (127 kDa) and two hTER (153 kDa) subunits, as well as the two accessory proteins Nop10 (7.7 kDa) and dyskerin (58 kDA).
集合状態: Dimer / Number unique components: 1
分子量実験値: 670 KDa / 理論値: 626 KDa / 手法: Sedimentation

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分子 #1: Telomerase reverse transcriptase

分子名称: Telomerase reverse transcriptase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: TERT / コピー数: 2 / 集合状態: Dimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞: Human Embryonic Kidney cells
分子量実験値: 127 KDa / 理論値: 670 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK239T / 組換プラスミド: pCDNA6
配列UniProtKB: Telomerase reverse transcriptase / GO: telomere maintenance / InterPro: Telomerase reverse transcriptase

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.01 mg/mL
緩衝液pH: 7.6 / 詳細: 20 mM Tris, 150 mM KCl, 1 mM MgCl2
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Continuous carbon-coated grids were freshly prepared and glow-discharged before use. 13 microl of telomerase sample (8-10 nM) were deposited on the grid for 15-30 minutes, blotted with filter ...詳細: Continuous carbon-coated grids were freshly prepared and glow-discharged before use. 13 microl of telomerase sample (8-10 nM) were deposited on the grid for 15-30 minutes, blotted with filter paper and negatively stained with 2 drops of 1-2% (w/v) uranyl acetate solution.
グリッド詳細: 200 mesh carbon coated with thin carbon, glow discharged
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
アライメント法Legacy - 非点収差: Corrected at 100,000 times magnification
詳細The films were developed in Kodak developer at full strength for 12 min.
日付2011年1月1日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 482 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / 詳細: The micrographs were compressed x4 / Od range: 1.4
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN
電子光学系倍率（補正後）: 42550 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.0015 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.001 µm / 倍率（公称値）: 42000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC

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画像解析

詳細Electron tomography was used to calculate a low-resolution reference model. Distinct conformations were further classified by three-dimensional maximum-likelihood analysis in Fourier space (MLF3D).Density map calculated from a sub-population of 3,659 particles.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 30.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2, XMIPP
詳細: 3D structure was refined using the low-resolution subtomogram average as a reference model for 3D single particle refinement with EMAN2. Distinct conformations were further classified by ...詳細: 3D structure was refined using the low-resolution subtomogram average as a reference model for 3D single particle refinement with EMAN2. Distinct conformations were further classified by three-dimensional maximum-likelihood analysis in Fourier space (MLF3D). Density map calculated from a sub-population of 3,659 particles. The absolute hand and the overall correctness of the dimer structure were assessed using a modified version of tilt-pair validation method.
使用した粒子像数: 20127
最終 2次元分類クラス数: 100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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