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- EMDB-23058: The stress-sensing domain of activated IRE1a forms helical filame... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23058
タイトルThe stress-sensing domain of activated IRE1a forms helical filaments in narrow ER membrane tubes
マップデータSTA of human IRE1 lumenal domain captured in situ using cryo-CLEM and cryo-ET. Helical symmetry applied sym=H2.5:2:45:5, with 653 model points --keep=0.8 and --mask=Auto
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Double-helical arrangement of human IRE1a luminal domain in 30 nm ER tubes
    • タンパク質・ペプチド: IRE1 lumenal domain
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 15.0 Å
データ登録者Carter SD / Tran NH / De Maziere A / Ashkenazi A / Klumpermann J / Walter P / Jensen GJ
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)P50 AI150464 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)R35 GM122588 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)R01-GM032384 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: The stress-sensing domain of activated IRE1α forms helical filaments in narrow ER membrane tubes.
著者: Ngoc-Han Tran / Stephen D Carter / Ann De Mazière / Avi Ashkenazi / Judith Klumperman / Peter Walter / Grant J Jensen /
要旨: The signaling network of the unfolded protein response (UPR) adjusts the protein-folding capacity of the endoplasmic reticulum (ER) according to need. The most conserved UPR sensor, IRE1α, spans the ...The signaling network of the unfolded protein response (UPR) adjusts the protein-folding capacity of the endoplasmic reticulum (ER) according to need. The most conserved UPR sensor, IRE1α, spans the ER membrane and activates through oligomerization. IRE1α oligomers accumulate in dynamic foci. We determined the in situ structure of IRE1α foci by cryogenic correlated light and electron microscopy combined with electron cryo-tomography and complementary immuno–electron microscopy in mammalian cell lines. IRE1α foci localized to a network of narrow anastomosing ER tubes (diameter, ~28 nm) with complex branching. The lumen of the tubes contained protein filaments, which were likely composed of arrays of IRE1α lumenal domain dimers that were arranged in two intertwined, left-handed helices. This specialized ER subdomain may play a role in modulating IRE1α signaling.
履歴
登録2020年12月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年10月13日-
マップ公開2021年10月13日-
更新2021年10月13日-
現状2021年10月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.00542
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.00542
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23058.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23058.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 686.5 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈STA of human IRE1 lumenal domain captured in situ using cryo-CLEM and cryo-ET. Helical symmetry applied sym=H2.5:2:45:5, with 653 model points --keep=0.8 and --mask=Auto
ボクセルのサイズX=Y=Z: 6.52 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.00542 / ムービー #1: 0.00542
最小 - 最大-0.035525687 - 0.047534026
平均 (標準偏差)0.0001252573 (±0.0023350688)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ565656
Spacing565656
セルA=B=C: 365.12 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z6.526.526.52
M x/y/z565656
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z365.120365.120365.120
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS565656
D min/max/mean-0.0360.0480.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_23058_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Double-helical arrangement of human IRE1a luminal domain in 30 nm...

全体名称: Double-helical arrangement of human IRE1a luminal domain in 30 nm ER tubes
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Double-helical arrangement of human IRE1a luminal domain in 30 nm ER tubes
    • タンパク質・ペプチド: IRE1 lumenal domain

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超分子 #1: Double-helical arrangement of human IRE1a luminal domain in 30 nm...

超分子名称: Double-helical arrangement of human IRE1a luminal domain in 30 nm ER tubes
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Cryo-CLEM was used to target IRE1a fused to fluorescent protein mNeonGreen (mNG) for cryo-ET imaging.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / Organelle: ER

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分子 #1: IRE1 lumenal domain

分子名称: IRE1 lumenal domain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
配列文字列: MPARRLLLLL TLLLPGLGIF GSTSTVTLPE TLLFVSTLDG SLHAVSKRTG SIKWTLKEDP VLQVPTHVEE PAFLPDPNDG SLYTLGSKNN EGLTKLPFTI PELVQASPCR SSDGILYMGK KQDIWYVIDL LTGEKQQTLS SAFADSLCPS TSLLYLGRTE YTITMYDTKT ...文字列:
MPARRLLLLL TLLLPGLGIF GSTSTVTLPE TLLFVSTLDG SLHAVSKRTG SIKWTLKEDP VLQVPTHVEE PAFLPDPNDG SLYTLGSKNN EGLTKLPFTI PELVQASPCR SSDGILYMGK KQDIWYVIDL LTGEKQQTLS SAFADSLCPS TSLLYLGRTE YTITMYDTKT RELRWNATYF DYAASLPEDD VDYKMSHFVS NGDGLVVTVD SESGDVLWIQ NYASPVVAFY VWQREGLRKV MHINVAVETL RYLTFMSGEV GRITKWKYPF PKETEAKSKL TPTLYVGKYS TSLYASPSMV HEGVAVVPRG STLPLLEGPQ TDGVTIGDKG ECVITPSTDV KFDPGLKSKN KLNYLRNYWL LIGHHETPLS ASTKMLERFP NNLPKHRENV IPADSEKKSF EEVINLVDQT SENAPTTVSR DVEEKPAHAP ARPEAPVDSM LKD

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 5.0 nm
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 310.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III
詳細: Manual blotting from the gold side of the grid (opposite side to cells)..
詳細in situ imaging in a near-native state

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.5 e/Å2
詳細: Images were collected using a bidirectional tilt-scheme.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 倍率（公称値）: 34000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 32.6 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 45 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C2 (2回回転対称)
アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.3) / 使用したサブトモグラム数: 653
抽出トモグラム数: 3 / 使用した粒子像数: 653 / 手法: Manually every ~85A along the filament / ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.3) / ソフトウェア - 詳細: e2boxer.py / 詳細: e2boxer.py
CTF補正ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.3) / ソフトウェア - 詳細: CTF / 詳細: CTF correction was performed in EMAN2
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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