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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22977 | |||||||||
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タイトル | SARS-CoV-2 Assembly and Egress Pathway Revealed by Correlative Multi-modal 1 Multi-scale Cryo-imaging | |||||||||
マップデータ | Subtomogram average of spikes on released viruses | |||||||||
試料 |
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生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Sun DP / Zhang PJ | |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: SARS-CoV-2 Assembly and Egress Pathway Revealed by Correlative Multi-modal 1 Multi-scale Cryo-imaging 著者: Zhang PJ / Sun DP | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22977.map.gz | 751 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22977-v30.xml emd-22977.xml | 7 KB 7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_22977.png | 42.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22977 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22977 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_22977_validation.pdf.gz | 297.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_22977_full_validation.pdf.gz | 297.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_22977_validation.xml.gz | 5.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_22977_validation.cif.gz | 6.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22977 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22977 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22977.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Subtomogram average of spikes on released viruses | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.26 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : SARS-CoV-2 spikes
全体 | 名称: SARS-CoV-2 spikes |
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要素 |
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-超分子 #1: SARS-CoV-2 spikes
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 spikes / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 3.1 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 7090 |
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抽出 | トモグラム数: 51 / 使用した粒子像数: 7090 |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |