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- EMDB-22876: Cryo-EM Structure of the Desulfovibrio vulgaris Type I-C Apo Cascade -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22876
タイトルCryo-EM Structure of the Desulfovibrio vulgaris Type I-C Apo Cascade
マップデータ
試料
  • 複合体: Type I-C Apo Cascade
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein, CT1134 family
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein, TM1801 family
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein, CT1133 family
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein, CT1133 family
    • RNA: RNA (45-MER)
キーワードCRISPR / Cascade / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated protein Csd2 / CRISPR-associated protein Cas7, subtype I-B/I-C / CRISPR-associated protein Cas7 / CRISPR-associated protein, Csd1-type / CRISPR-associated protein (Cas_Csd1) / CRISPR pre-crRNA endoribonuclease Cas5d / CRISPR-associated protein, Cas5 / CRISPR-associated protein (Cas_Cas5) / CRISPR-associated protein Cas5, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
CRISPR-associated protein, TM1801 family / CRISPR-associated protein, CT1133 family / pre-crRNA processing endonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfovibrio vulgaris (strain Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303) (バクテリア) / Desulfovibrio vulgaris str. Hildenborough (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.13 Å
データ登録者O'Brien R / Wrapp D / Bravo JPK / Schwartz E / Taylor D
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Welch FoundationF-1938 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RR160088 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structural basis for assembly of non-canonical small subunits into type I-C Cascade.
著者: Roisin E O'Brien / Inês C Santos / Daniel Wrapp / Jack P K Bravo / Evan A Schwartz / Jennifer S Brodbelt / David W Taylor /
要旨: Bacteria and archaea employ CRISPR (clustered, regularly, interspaced, short palindromic repeats)-Cas (CRISPR-associated) systems as a type of adaptive immunity to target and degrade foreign nucleic ...Bacteria and archaea employ CRISPR (clustered, regularly, interspaced, short palindromic repeats)-Cas (CRISPR-associated) systems as a type of adaptive immunity to target and degrade foreign nucleic acids. While a myriad of CRISPR-Cas systems have been identified to date, type I-C is one of the most commonly found subtypes in nature. Interestingly, the type I-C system employs a minimal Cascade effector complex, which encodes only three unique subunits in its operon. Here, we present a 3.1 Å resolution cryo-EM structure of the Desulfovibrio vulgaris type I-C Cascade, revealing the molecular mechanisms that underlie RNA-directed complex assembly. We demonstrate how this minimal Cascade utilizes previously overlooked, non-canonical small subunits to stabilize R-loop formation. Furthermore, we describe putative PAM and Cas3 binding sites. These findings provide the structural basis for harnessing the type I-C Cascade as a genome-engineering tool.
履歴
登録2020年10月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年11月11日-
マップ公開2020年11月11日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.21
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.21
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7kha
  • 表面レベル: 1.21
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22876.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22876.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.047 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.21 / ムービー #1: 1.21
最小 - 最大-8.471729 - 14.359439
平均 (標準偏差)0.000000000013258 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ10918888
Spacing18810988
セルA: 196.83601 Å / B: 114.12301 Å / C: 92.136 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0471.0471.047
M x/y/z18810988
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z196.836114.12392.136
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS18810988
D min/max/mean-8.47214.3590.000

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_22876_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_22876_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Type I-C Apo Cascade

全体名称: Type I-C Apo Cascade
要素
  • 複合体: Type I-C Apo Cascade
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein, CT1134 family
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein, TM1801 family
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein, CT1133 family
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein, CT1133 family
    • RNA: RNA (45-MER)

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超分子 #1: Type I-C Apo Cascade

超分子名称: Type I-C Apo Cascade / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Minimal CRISPR Cascade
由来(天然)生物種: Desulfovibrio vulgaris (strain Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303) (バクテリア)
株: Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303
分子量理論値: 371 KDa

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分子 #1: CRISPR-associated protein, CT1134 family

分子名称: CRISPR-associated protein, CT1134 family / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Desulfovibrio vulgaris (strain Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303) (バクテリア)
株: Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303
分子量理論値: 25.250969 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: TYGIRLRVWG DYACFTRPEM KVERVSYDVM PPSAARGILE AIHWKPAIRW IVDRIHVLRP IVFDNVRRNE VSSKIPKPNP ATAMRDRKP LYFLVDDGSN RQQRAATLLR NVDYVIEAHF ELTDKAGAED NAGKHLDIFR RRARAGQSFQ QPCLGCREFP A SFELLEGD ...文字列:
TYGIRLRVWG DYACFTRPEM KVERVSYDVM PPSAARGILE AIHWKPAIRW IVDRIHVLRP IVFDNVRRNE VSSKIPKPNP ATAMRDRKP LYFLVDDGSN RQQRAATLLR NVDYVIEAHF ELTDKAGAED NAGKHLDIFR RRARAGQSFQ QPCLGCREFP A SFELLEGD VPLSCYAGEK RDLGYMLLDI DFERDMTPLF FKAVMEDGVI TPPSRTSPEV RA

UniProtKB: pre-crRNA processing endonuclease

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分子 #2: CRISPR-associated protein, TM1801 family

分子名称: CRISPR-associated protein, TM1801 family / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Desulfovibrio vulgaris (strain Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303) (バクテリア)
株: Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303
分子量理論値: 32.358912 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MTAIANRYEF VLLFDVENGN PNGDPDAGNM PRIDPETGHG LVTDVCLKRK IRNHVALTKE GAERFNIYIQ EKAILNETHE RAYTACDLK PEPKKLPKKV EDAKRVTDWM CTNFYDIRTF GAVMTTEVNC GQVRGPVQMA FARSVEPVVP QEVSITRMAV T TKAEAEKQ ...文字列:
MTAIANRYEF VLLFDVENGN PNGDPDAGNM PRIDPETGHG LVTDVCLKRK IRNHVALTKE GAERFNIYIQ EKAILNETHE RAYTACDLK PEPKKLPKKV EDAKRVTDWM CTNFYDIRTF GAVMTTEVNC GQVRGPVQMA FARSVEPVVP QEVSITRMAV T TKAEAEKQ QGDNRTMGRK HIVPYGLYVA HGFISAPLAE KTGFSDEDLT LFWDALVNMF EHDRSAARGL MSSRKLIVFK HQ NRLGNAP AHKLFDLVKV SRAEGSSGPA RSFADYAVTV GQAPEGVEVK EML

UniProtKB: CRISPR-associated protein, TM1801 family

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分子 #3: CRISPR-associated protein, CT1133 family

分子名称: CRISPR-associated protein, CT1133 family / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Desulfovibrio vulgaris (strain Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303) (バクテリア)
株: Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303
分子量理論値: 59.310883 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: WENTSYILGV DAKGKQERTD KCHAAFIAHI KAYCDTADQD LAAVLQFLEH GEKDLSAFPV SEEVIGSNIV FRIEGEPGFV HERPAARQA WANCLNRREQ GLCGQCLITG ERQKPIAQLH PSIKGGRDGV RGAQAVASIV SFNNTAFESY GKEQSINAPV S QEAAFSYV ...文字列:
WENTSYILGV DAKGKQERTD KCHAAFIAHI KAYCDTADQD LAAVLQFLEH GEKDLSAFPV SEEVIGSNIV FRIEGEPGFV HERPAARQA WANCLNRREQ GLCGQCLITG ERQKPIAQLH PSIKGGRDGV RGAQAVASIV SFNNTAFESY GKEQSINAPV S QEAAFSYV TALNYLLNPS NRQKVTIADA TVVFWAERSS PAEDIFAGMF DPPSTTAKPE SSNGTPPEDS EEGSQPDTAR DD PHAAARM HDLLVAIRSG KRATDIMPDM DESVRFHVLG LSPNAARLSV RFWEVDTVGH MLDKVGRHYR ELEIIPQFNN EQE FPSLST LLRQTAVLNK TENISPVLAG GLFRAMLTGG PYPQSLLPAV LGRIRAEHAR PEDKSRYRLE VVTYYRAALI KAYL IRNRK LEVPVSLDPA RTDRPYLLGR LFAVLEKAQE DAVPGANATI KDRYLASASA NPGQVFHMLL KNASNHTAKL RKDPE RKGS AIHYEIMMQE IIDNISDFPV TMSSDEQGLF MIGYYHQRKA LFTKKNKEN

UniProtKB: CRISPR-associated protein, CT1133 family

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分子 #4: CRISPR-associated protein, CT1133 family

分子名称: CRISPR-associated protein, CT1133 family / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Desulfovibrio vulgaris (strain Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303) (バクテリア)
株: Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303
分子量理論値: 14.017981 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
VSLDPARTDR PYLLGRLFAV LEKAQEDAVP GANATIKDRY LASASANPGQ VFHMLLKNAS NHTAKLRKDP ERKGSAIHYE IMMQEIIDN ISDFPVTMSS DEQGLFMIGY YHQRKALFTK KNKEN

UniProtKB: CRISPR-associated protein, CT1133 family

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分子 #5: RNA (45-MER)

分子名称: RNA (45-MER) / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Desulfovibrio vulgaris str. Hildenborough (バクテリア)
株: Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303
分子量理論値: 14.457629 KDa
配列文字列:
UGGAUUGAAA CGCCAUGCUC AGGCUGGCGA GUGCGCCACU CAUCA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: C-flat-2/2 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5400 / 平均電子線量: 33.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 850000
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 3 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.13 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 156524
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類クラス数: 18 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る