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- EMDB-22841: Bundibugyo virus GP (mucin deleted) bound to antibody Fab BDBV-43... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22841
タイトルBundibugyo virus GP (mucin deleted) bound to antibody Fab BDBV-43 and ADI-15878
マップデータBundibugyo virus GP (mucin deleted) bound to antibody Fab BDBV-43 and ADI-15878
試料
  • 複合体: Complex of Bundibugyo virus GP (mucin deleted) bound to the antibody Fab BDBV-43 and ADI-15878
    • 複合体: Bundibugyo virus GP (mucin deleted)
      • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein 1
      • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein 2
    • 複合体: BDBV-43 Fab
      • タンパク質・ペプチド: BDBV-43 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: BDBV-43 Fab light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane => GO:0016020 / viral envelope / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein GP2-like, HR1-HR2 / Filoviruses glycoprotein, extracellular domain / Filoviruses glycoprotein / Filovirus glycoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein / Envelope glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Bundibugyo ebolavirus (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.16 Å
データ登録者Murin CD / Ward AB
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19 AI109762 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19 AI142785 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021
タイトル: Convergence of a common solution for broad ebolavirus neutralization by glycan cap-directed human antibodies.
著者: Charles D Murin / Pavlo Gilchuk / Philipp A Ilinykh / Kai Huang / Natalia Kuzmina / Xiaoli Shen / Jessica F Bruhn / Aubrey L Bryan / Edgar Davidson / Benjamin J Doranz / Lauren E Williamson / ...著者: Charles D Murin / Pavlo Gilchuk / Philipp A Ilinykh / Kai Huang / Natalia Kuzmina / Xiaoli Shen / Jessica F Bruhn / Aubrey L Bryan / Edgar Davidson / Benjamin J Doranz / Lauren E Williamson / Jeffrey Copps / Tanwee Alkutkar / Andrew I Flyak / Alexander Bukreyev / James E Crowe / Andrew B Ward /
要旨: Antibodies that target the glycan cap epitope on the ebolavirus glycoprotein (GP) are common in the adaptive response of survivors. A subset is known to be broadly neutralizing, but the details of ...Antibodies that target the glycan cap epitope on the ebolavirus glycoprotein (GP) are common in the adaptive response of survivors. A subset is known to be broadly neutralizing, but the details of their epitopes and basis for neutralization are not well understood. Here, we present cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of diverse glycan cap antibodies that variably synergize with GP base-binding antibodies. These structures describe a conserved site of vulnerability that anchors the mucin-like domains (MLDs) to the glycan cap, which we call the MLD anchor and cradle. Antibodies that bind to the MLD cradle share common features, including use of IGHV1-69 and IGHJ6 germline genes, which exploit hydrophobic residues and form β-hairpin structures to mimic the MLD anchor, disrupt MLD attachment, destabilize GP quaternary structure, and block cleavage events required for receptor binding. Our results provide a molecular basis for ebolavirus neutralization by broadly reactive glycan cap antibodies.
履歴
登録2020年10月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年4月28日-
マップ公開2021年4月28日-
更新2021年4月28日-
現状2021年4月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.41
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  • 原子モデル: PDB-7kew
  • 表面レベル: 0.41
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7kew
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22841.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22841.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Bundibugyo virus GP (mucin deleted) bound to antibody Fab BDBV-43 and ADI-15878
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.03 Å/pix.
x 288 pix.
= 296.64 Å		1.03 Å/pix.
x 288 pix.
= 296.64 Å		1.03 Å/pix.
x 288 pix.
= 296.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.03 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.41 / ムービー #1: 0.41
最小 - 最大-1.1500407 - 2.1496599
平均 (標準偏差)0.006688564 (±0.07157642)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 296.63998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.031.031.03
M x/y/z288288288
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z296.640296.640296.640
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ278280246
NX/NY/NZ474891
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS288288288
D min/max/mean-1.1502.1500.007

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of Bundibugyo virus GP (mucin deleted) bound to the antib...

全体名称: Complex of Bundibugyo virus GP (mucin deleted) bound to the antibody Fab BDBV-43 and ADI-15878
要素
  • 複合体: Complex of Bundibugyo virus GP (mucin deleted) bound to the antibody Fab BDBV-43 and ADI-15878
    • 複合体: Bundibugyo virus GP (mucin deleted)
      • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein 1
      • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein 2
    • 複合体: BDBV-43 Fab
      • タンパク質・ペプチド: BDBV-43 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: BDBV-43 Fab light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Complex of Bundibugyo virus GP (mucin deleted) bound to the antib...

超分子名称: Complex of Bundibugyo virus GP (mucin deleted) bound to the antibody Fab BDBV-43 and ADI-15878
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
詳細: Complex components were expressed in HEK 293F cells, complexed and purified by size exclusion chromatography. The Fab ADI-15878 was added to increase complex size and assist in angular ...詳細: Complex components were expressed in HEK 293F cells, complexed and purified by size exclusion chromatography. The Fab ADI-15878 was added to increase complex size and assist in angular sampling but was not build in the associated model.
由来(天然)生物種: Bundibugyo ebolavirus (ウイルス)

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超分子 #2: Bundibugyo virus GP (mucin deleted)

超分子名称: Bundibugyo virus GP (mucin deleted) / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1, #4
由来(天然)生物種: Bundibugyo ebolavirus (ウイルス)

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超分子 #3: BDBV-43 Fab

超分子名称: BDBV-43 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Spike glycoprotein 1

分子名称: Spike glycoprotein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bundibugyo ebolavirus (ウイルス)
分子量理論値: 38.579625 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MVTSGILQLP RERFRKTSFF VWVIILFHKV FPIPLGVVHN NTLQVSDIDK LVCRDKLSST SQLKSVGLNL EGNGVATDVP TATKRWGFR AGVPPKVVNY EAGEWAENCY NLDIKKADGS ECLPEAPEGV RGFPRCRYVH KVSGTGPCPE GYAFHKEGAF F LYDRLAST ...文字列:
MVTSGILQLP RERFRKTSFF VWVIILFHKV FPIPLGVVHN NTLQVSDIDK LVCRDKLSST SQLKSVGLNL EGNGVATDVP TATKRWGFR AGVPPKVVNY EAGEWAENCY NLDIKKADGS ECLPEAPEGV RGFPRCRYVH KVSGTGPCPE GYAFHKEGAF F LYDRLAST IIYRSTTFSE GVVAFLILPE TKKDFFQSPP LHEPANMTTD PSSYYHTVTL NYVADNFGTN MTNFLFQVDH LT YVQLEPR FTPQFLVQLN ETIYTNGRRS NTTGTLIWKV NPTVDTGVGE WAFWENKKNF TKTLSSEELS VIFVPIDISE STE PGPLTN TTRGAANLLT GSRRTRR

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分子 #2: BDBV-43 Fab heavy chain

分子名称: BDBV-43 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.233672 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MELGLRWVFL VAILEGVQCQ VQLVQSGAEV KKPGSSVKVS CRASGDSFSR KYGISWVRQA PGQGFEWMGT IMPIVGLTTS AQKFQGRVT ITADKSTSTA HMELNSLTSE DTAIYYCARD EIIGARPHWF DSWGQGTLVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS T SGGTAALG ...文字列:
MELGLRWVFL VAILEGVQCQ VQLVQSGAEV KKPGSSVKVS CRASGDSFSR KYGISWVRQA PGQGFEWMGT IMPIVGLTTS AQKFQGRVT ITADKSTSTA HMELNSLTSE DTAIYYCARD EIIGARPHWF DSWGQGTLVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS T SGGTAALG CLVKDYFPEP VTVSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYICNVN HKPSNTKVDK RV EPKSCD

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分子 #3: BDBV-43 Fab light chain

分子名称: BDBV-43 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.397576 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGWSCIILFL VATATGVHEI VMTQSPAIMS VSPGKRATLS CRASQSVSSN LAWYQRKPGQ APRLLIYGSS TRATGIPARF SGSGSGTEF TLTISSLQSE DFAVYYCLQY YNWPRTFGQG TKVEIKRTVA APSVFIFPPS DEQLKSGTAS VVCLLNNFYP R EAKVQWKV ...文字列:
MGWSCIILFL VATATGVHEI VMTQSPAIMS VSPGKRATLS CRASQSVSSN LAWYQRKPGQ APRLLIYGSS TRATGIPARF SGSGSGTEF TLTISSLQSE DFAVYYCLQY YNWPRTFGQG TKVEIKRTVA APSVFIFPPS DEQLKSGTAS VVCLLNNFYP R EAKVQWKV DNALQSGNSQ ESVTEQDSKD STYSLSSTLT LSKADYEKHK VYACEVTHQG LSSPVTKSFN RGEC

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分子 #4: Envelope glycoprotein 2

分子名称: Envelope glycoprotein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bundibugyo ebolavirus (ウイルス)
分子量理論値: 19.683902 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EITLRTQAKC NPNLHYWTTQ DEGAAIGLAW IPYFGPAAEG IYTEGIMHNQ NGLICGLRQL ANETTQALQL FLRATTELRT FSILNRKAI DFLLQRWGGT CHILGPDCCI EPHDWTKNIT DKIDQIIHDF IDKPLPDQTD VEVDDDDKAG WSHPQFEKGG G SGGGSGGG SWSHPQFEK

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分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 3 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: 3D classification
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.16 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 383783
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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