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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2284 | |||||||||
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タイトル | Human TFIID Binds to Core Promoter DNA in a Reorganized Structural State | |||||||||
![]() | 3D reconstruction of rearranged conformation of human TFIID at 35A | |||||||||
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![]() | TFIID / transcription / cryo-electron microscopy / TFIIA / core promoter / RNA polymerase II | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 35.0 Å | |||||||||
![]() | Cianfrocco MA / Kassavetis GA / Grob P / Fang J / Juven-Gershon T / Kadonaga JT / Nogales E | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Human TFIID binds to core promoter DNA in a reorganized structural state. 著者: Michael A Cianfrocco / George A Kassavetis / Patricia Grob / Jie Fang / Tamar Juven-Gershon / James T Kadonaga / Eva Nogales / ![]() 要旨: A mechanistic description of metazoan transcription is essential for understanding the molecular processes that govern cellular decisions. To provide structural insights into the DNA recognition step ...A mechanistic description of metazoan transcription is essential for understanding the molecular processes that govern cellular decisions. To provide structural insights into the DNA recognition step of transcription initiation, we used single-particle electron microscopy (EM) to visualize human TFIID with promoter DNA. This analysis revealed that TFIID coexists in two predominant and distinct structural states that differ by a 100 Å translocation of TFIID's lobe A. The transition between these structural states is modulated by TFIIA, as the presence of TFIIA and promoter DNA facilitates the formation of a rearranged state of TFIID that enables promoter recognition and binding. DNA labeling and footprinting, together with cryo-EM studies, were used to map the locations of TATA, Initiator (Inr), motif ten element (MTE), and downstream core promoter element (DPE) promoter motifs within the TFIID-TFIIA-DNA structure. The existence of two structurally and functionally distinct forms of TFIID suggests that the different conformers may serve as specific targets for the action of regulatory factors. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 2.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 9.5 KB 9.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 52.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
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注釈 | 3D reconstruction of rearranged conformation of human TFIID at 35A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 5.48 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : holo-TFIID (rearranged)
全体 | 名称: holo-TFIID (rearranged) |
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要素 |
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-超分子 #1000: holo-TFIID (rearranged)
超分子 | 名称: holo-TFIID (rearranged) / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
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分子量 | 実験値: 1.3 MDa / 理論値: 1.3 MDa |
-分子 #1: Transcription factor II-D
分子 | 名称: Transcription factor II-D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: TFIID / コピー数: 1 / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 実験値: 1.3 MDa / 理論値: 1.3 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.8 詳細: 20 mM HEPES pH 7.8, 0.2 mM EDTA, 4 mM MgCl2, ~1% glycerol, 1 mM DTT, 3% trehalose, 50 mM KCl, 0.05% NP-40, |
グリッド | 詳細: 400 mesh copper grid on C-flat support carbon with a thin carbon support over 4 um holes space 2 um apart. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK II 手法: Sample was incubated on grid for 30 seconds before blotting 6.5s at -1 offset. The grid was washed in 4 ul buffer to blot again for 6.5 s at -1 offset prior to plunging. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective and condenser lens astigmatism was corrected at 80,000 times magnification |
日付 | 2012年1月31日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) 実像数: 494 / 平均電子線量: 25 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 倍率(補正後): 10500 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 倍率(公称値): 80000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Gatan 626 liquid nitrogen cooled / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
詳細 | Particles were prepared within the APPION processing environment. The particles were automatically selected using Signature and extracted from phase flipped micrographs using values calculated by CTFFIND3. After projection matching within EMAN2/Sparx, the final map was further refined in FREALIGN. |
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CTF補正 | 詳細: Per micrograph for phase flipping, per particles for refinement in FREALIGN |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 35.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Sparx, EMAN2, FREALIGN / 使用した粒子像数: 11292 |