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- EMDB-22827: P53 tetramer from Glioblastoma -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22827
タイトルP53 tetramer from Glioblastoma
マップデータP53 tetramer from Glioblastoma
試料
  • 複合体: Tetramer of p53 and DNA
    • タンパク質・ペプチド: Tumor suppressor protein, P53
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.0 Å
データ登録者Solares MJ / Kelly DF
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA193578 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA219700 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA227261 米国
引用ジャーナル: Anal Chem / 年: 2020
タイトル: Microchip-Based Structure Determination of Disease-Relevant p53.
著者: Maria J Solares / G M Jonaid / William Y Luqiu / Yanping Liang / Madison C Evans / William J Dearnaley / Zhi Sheng / Deborah F Kelly /
要旨: The tumor suppressor protein TP53 (p53) plays a multifaceted role in all cells of the human body. Mutations in the gene are often involved in cancer induction and disease progression. Despite its ...The tumor suppressor protein TP53 (p53) plays a multifaceted role in all cells of the human body. Mutations in the gene are often involved in cancer induction and disease progression. Despite its important role in health and development, structural information for p53 remains incomplete. Here, we present a microchip-based technology to facilitate structural studies of p53 assemblies derived from human cancer cells. These devices do not introduce foreign sequences to the gene and maintain naturally occurring post-translational modifications. Using cryo-electron microscopy, structures for the p53 monomer (∼50 kDa) and tetramer (∼200 kDa) were resolved to ∼4.8 and ∼7 Å, respectively. These structures revealed new insights for flexible regions of p53 along with biologically relevant ubiquitination sites. Collectively, the convergence of nanotechnology tools and structural imaging builds a strong framework to understand the oncogenic impact of p53 in human tissues.
履歴
登録2020年10月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年11月11日-
マップ公開2020年11月11日-
更新2020年12月16日-
現状2020年12月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0116
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0116
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22827.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22827.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈P53 tetramer from Glioblastoma
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1 Å/pix.
x 200 pix.
= 200. Å		1 Å/pix.
x 200 pix.
= 200. Å		1 Å/pix.
x 200 pix.
= 200. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0116 / ムービー #1: 0.0116
最小 - 最大-0.009583039 - 0.017134355
平均 (標準偏差)0.0016868218 (±0.0028828138)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-100-100-100
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 200.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z111
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z200.000200.000200.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-100-100-100
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.0100.0170.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Tetramer of p53 and DNA

全体名称: Tetramer of p53 and DNA
要素
  • 複合体: Tetramer of p53 and DNA
    • タンパク質・ペプチド: Tumor suppressor protein, P53

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超分子 #1: Tetramer of p53 and DNA

超分子名称: Tetramer of p53 and DNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: isolated from glioblastoma cells
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Brain / 組織: epithelial / 細胞中の位置: nucleus
分子量理論値: 200 KDa

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分子 #1: Tumor suppressor protein, P53

分子名称: Tumor suppressor protein, P53 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Brain / 組織: epithelial
配列文字列: MEEPQSDPSV EPPLSQETFS DLWKLLPENN VLSPLPSQAM DDLMLSPDDI EQWFTEDPGP DEAPRMPEA APPVAPAPAA PTPAAPAPAP SWPLSSSVPS QKTYQGSYGF RLGFLHSGTA K SVTCTYSP ALNKMFCQLA KTCPVQLWVD STPPPGTRVR AMAIYKQSQH ...文字列:
MEEPQSDPSV EPPLSQETFS DLWKLLPENN VLSPLPSQAM DDLMLSPDDI EQWFTEDPGP DEAPRMPEA APPVAPAPAA PTPAAPAPAP SWPLSSSVPS QKTYQGSYGF RLGFLHSGTA K SVTCTYSP ALNKMFCQLA KTCPVQLWVD STPPPGTRVR AMAIYKQSQH MTEVVRRCPH HE RCSDSDG LAPPQHLIRV EGNLRVEYLD DRNTFRHSVV VPYEPPEVGS DCTTIHYNYM CNS SCMGGM NRRPILTIIT LEDSSGNLLG RNSFEVRVCA CPGRDRRTEE ENLRKKGEPH HELP PGSTK RALPNNTSSS PQPKKKPLDG EYFTLQIRGR ERFEMFRELN EALELKDAQA GKEPG GSRA HSSHLKSKKG QSTSRHKKLM FKTEGPDSD

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.02 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
詳細: 20 mM HEPES, (pH 7.2), 140 mM NaCl, 2 mM CaCl2, 2 mM MgCl2, and 5 mM imidazole
グリッド材質: SILICON NITRIDE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 詳細: blotted for 6 seconds before plunging.
詳細Concentrated onto 25% Ni-NTA coating on silicon nitride microchips

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS TALOS F200C
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / デジタル化 - サンプリング間隔: 14.0 µm / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 150 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 5.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 倍率（補正後）: 92000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 92000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 9558
CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

2ac0

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / 使用した粒子像数: 9558
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
最終 3次元分類クラス数: 1 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2ac0

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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