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万見
- EMDB-22738: CryoEM reconstruction of SARS-CoV-2 receptor binding domain in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22738
タイトルCryoEM reconstruction of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with the Fab fragment of neutralizing antibody 46
マップデータFab 46 in complex with RBD domain of SARS-CoV-2 Spike protein.
試料
  • 複合体: SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with the Fab fragment of neutralizing antibody 46
    • 複合体: Fab fragment of neutralizing antibody 46
      • タンパク質・ペプチド: Fab 46 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab 46 light chain
    • 複合体: SARS-CoV-2 receptor binding domain
      • タンパク質・ペプチド: Receptor Binding Domain of SARS-CoV-2 Spike
生物種Homo sapiens (ヒト) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Kucharska I / Tan YZ / Benlekbir S / Rubinstein JL / Julien JP
資金援助 カナダ, 5件
OrganizationGrant number国
Ontario Ministry of Colleges and UniversitiesCOVID-19 Research Fund C-094-2424972-JULIEN カナダ
Canada Foundation for Innovation カナダ
Ontario Research Fund カナダ
The Hospital For Sick Children Foundation カナダ
Canada Research Chairs program カナダ
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Multivalency transforms SARS-CoV-2 antibodies into ultrapotent neutralizers.
著者: Edurne Rujas / Iga Kucharska / Yong Zi Tan / Samir Benlekbir / Hong Cui / Tiantian Zhao / Gregory A Wasney / Patrick Budylowski / Furkan Guvenc / Jocelyn C Newton / Taylor Sicard / Anthony ...著者: Edurne Rujas / Iga Kucharska / Yong Zi Tan / Samir Benlekbir / Hong Cui / Tiantian Zhao / Gregory A Wasney / Patrick Budylowski / Furkan Guvenc / Jocelyn C Newton / Taylor Sicard / Anthony Semesi / Krithika Muthuraman / Amy Nouanesengsy / Clare Burn Aschner / Katherine Prieto / Stephanie A Bueler / Sawsan Youssef / Sindy Liao-Chan / Jacob Glanville / Natasha Christie-Holmes / Samira Mubareka / Scott D Gray-Owen / John L Rubinstein / Bebhinn Treanor / Jean-Philippe Julien /
要旨: SARS-CoV-2, the virus responsible for COVID-19, has caused a global pandemic. Antibodies can be powerful biotherapeutics to fight viral infections. Here, we use the human apoferritin protomer as a ...SARS-CoV-2, the virus responsible for COVID-19, has caused a global pandemic. Antibodies can be powerful biotherapeutics to fight viral infections. Here, we use the human apoferritin protomer as a modular subunit to drive oligomerization of antibody fragments and transform antibodies targeting SARS-CoV-2 into exceptionally potent neutralizers. Using this platform, half-maximal inhibitory concentration (IC) values as low as 9 × 10 M are achieved as a result of up to 10,000-fold potency enhancements compared to corresponding IgGs. Combination of three different antibody specificities and the fragment crystallizable (Fc) domain on a single multivalent molecule conferred the ability to overcome viral sequence variability together with outstanding potency and IgG-like bioavailability. The MULTi-specific, multi-Affinity antiBODY (Multabody or MB) platform thus uniquely leverages binding avidity together with multi-specificity to deliver ultrapotent and broad neutralizers against SARS-CoV-2. The modularity of the platform also makes it relevant for rapid evaluation against other infectious diseases of global health importance. Neutralizing antibodies are a promising therapeutic for SARS-CoV-2.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020
タイトル: Multivalency transforms SARS-CoV-2 antibodies into broad and ultrapotent neutralizers
著者: Rujas E / Kucharska I / Tan YZ / Benlekbir S / Cui H / Zhao T / Wasney G / Budylowski P / Guvenc F / Newton J / Semesi A / Muthuraman K / Nouanesengsy A / Prieto K / Bueler S / Youssef S / ...著者: Rujas E / Kucharska I / Tan YZ / Benlekbir S / Cui H / Zhao T / Wasney G / Budylowski P / Guvenc F / Newton J / Semesi A / Muthuraman K / Nouanesengsy A / Prieto K / Bueler S / Youssef S / Liao-Chan S / Glanville J / Christie-Holmes N / Mubareka S / Gray-Owen SD / Rubinstein JL / Treanor B / Julien JP
履歴
登録2020年9月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年10月28日-
マップ公開2020年10月28日-
更新2021年7月28日-
現状2021年7月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 3.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22738.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22738.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Fab 46 in complex with RBD domain of SARS-CoV-2 Spike protein.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.03 Å/pix.
x 200 pix.
= 206. Å		1.03 Å/pix.
x 200 pix.
= 206. Å		1.03 Å/pix.
x 200 pix.
= 206. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.03 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.4 / ムービー #1: 3.4
最小 - 最大-9.889899 - 19.365408
平均 (標準偏差)0.0036772892 (±0.6295338)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 206.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.031.031.03
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z206.000206.000206.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ1331310
NX/NY/NZ223226424
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-9.89019.3650.004

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with the Fab fragme...

全体名称: SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with the Fab fragment of neutralizing antibody 46
要素
  • 複合体: SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with the Fab fragment of neutralizing antibody 46
    • 複合体: Fab fragment of neutralizing antibody 46
      • タンパク質・ペプチド: Fab 46 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab 46 light chain
    • 複合体: SARS-CoV-2 receptor binding domain
      • タンパク質・ペプチド: Receptor Binding Domain of SARS-CoV-2 Spike

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超分子 #1: SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with the Fab fragme...

超分子名称: SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with the Fab fragment of neutralizing antibody 46
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: Fab fragment of neutralizing antibody 46

超分子名称: Fab fragment of neutralizing antibody 46 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: SARS-CoV-2 receptor binding domain

超分子名称: SARS-CoV-2 receptor binding domain / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Fab 46 heavy chain

分子名称: Fab 46 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVQLLESGGG LVQPGRSLRL SCAASGFTFS SYAMSWVRQA PGKGLEWVST IYSGGSTYY ADSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMNSLRAED TAVYYCARGD S RDAFDIWG QGTMVTVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD YF PEPVTVS WNSGALTSGV ...文字列:
EVQLLESGGG LVQPGRSLRL SCAASGFTFS SYAMSWVRQA PGKGLEWVST IYSGGSTYY ADSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMNSLRAED TAVYYCARGD S RDAFDIWG QGTMVTVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD YF PEPVTVS WNSGALTSGV HTFPAVLQSS GLYSLSSVVT VPSSSLGTQT YIC NVNHKP SNTKVDKKVE PKSC

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分子 #2: Fab 46 light chain

分子名称: Fab 46 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQSIS SWLAWYQQKP GKAPKLLIYD ASNLETGVP SRFSGSGSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYCQ QSYSTPFTFG P GTKVDIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KV DNALQSG NSQESVTEQD ...文字列:
DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQSIS SWLAWYQQKP GKAPKLLIYD ASNLETGVP SRFSGSGSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYCQ QSYSTPFTFG P GTKVDIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KV DNALQSG NSQESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQG LSSPVT KSFNRGEC

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分子 #3: Receptor Binding Domain of SARS-CoV-2 Spike

分子名称: Receptor Binding Domain of SARS-CoV-2 Spike / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: RVQPTESIVR FPNITNLCPF GEVFNATRFA SVYAWNRKRI SNCVADYSVL YNSASFSTFK CYGVSPTKLN DLCFTNVYAD SFVIRGDEVR QIAPGQTGKI ADYNYKLPDD FTGCVIAWNS NNLDSKVGGN YNYLYRLFRK SNLKPFERDI STEIYQAGST PCNGVEGFNC ...文字列:
RVQPTESIVR FPNITNLCPF GEVFNATRFA SVYAWNRKRI SNCVADYSVL YNSASFSTFK CYGVSPTKLN DLCFTNVYAD SFVIRGDEVR QIAPGQTGKI ADYNYKLPDD FTGCVIAWNS NNLDSKVGGN YNYLYRLFRK SNLKPFERDI STEIYQAGST PCNGVEGFNC YFPLQSYGFQ PTNGVGYQPY RVVVLSFELL HAPATVCGPK KSTNLVKNKC VNFHHHHHH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.0 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC4H11NO3TRIS
150.0 mMNaClsodium chloride
0.02 %NaN3sodium azide
グリッドモデル: Homemade / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: glow discharged with PELCO easiGlow (Ted Pella)
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
実像数: 4722 / 平均露光時間: 9.6 sec. / 平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3402345
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM / 使用した粒子像数: 32283
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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